18 мая 1942 года подводная лодка Щ-205 артиллерийским огнем потопила шхуну противника и повредила транспорт. 23 мая 1942 года Щ-205 потопила сухогрузный транспорт «Safak». В начале лета 1942 года боевая активность подводных лодок Черноморского флота на коммуникациях противника резко снизилась, с 20 июня 1942 года практически прекратилась. Все подводные лодки были перенацелены на оказание помощи осажденному Севастополю и вернулись к действиям на морских путях лишь после того, как Севастополь был оставлен нашими войсками.
10 октября 1942 года Щ-216 торпедировала румынский транспорт «Karpati». 21 октября 1942 года подводная лодка М-35 потопила транспорт «Progres». В кампанию 1942 года подводные лодки Черноморского флота 40 раз выходили в торпедные атаки.
В августе 1942 года командование флота поставило перед подводными лодками цель заминировать подходные фарватеры. Эта задача выполнялась подводными лодками Л-4 и Л-5. Совершив три похода, подводные лодки поставили в районе мысов Фиолент и Сарыч 56 мин. Всего в 1942 году подводными лодками Черноморского флота было поставлено 196 мин.
Всего за кампанию 1942 года подводные лодки Черноморского флота уничтожили 16 транспортов и других судов противника.
Подводные лодки были переразвернуты из западной части Черного моря в район Феодосии. На позиции от мыса Киик-Атлама до мыса Опук вышли четыре подводные лодки. После того как Крым оказался отрезанным нашими войсками, движение транспортных средств противника между Севастополем, Феодосией, Анапой, Керчью и западными портами Черного моря значительно усилилось. Особенно возрос объем перевозок к концу года. В сентябре число транспортов противника, прошедших по этим направлениям, превысило 1300 единиц. В качестве главной перевалочной базы использовался Севастополь. В связи с этими обстоятельствами подводные лодки снова вернулись на коммуникации, начинавшиеся у побережья Крыма.
Здесь условия для боевых действий были благоприятными: открытая часть моря, большие глубины и, следовательно, незначительная минная опасность (до конца войны потерь подводных лодок из-за подрыва на минах не было). Благодаря усилению интенсивности перевозок за три последних месяца 1943 года наши подводные лодки имели около 540 контактов с кораблями и судами противника.
Подводные лодки С-33, М-35, Щ-209 развертывались на позициях ожидания в северо-западной части Черного моря. 23 апреля 1942 года подводная лодка М-35 атаковала конвой, С-33 потопила транспорт. Подводная лодка Щ-201 торпедировала судно.
Минные постановки осуществляли подводные лодки Л-4, Л-6, Л-23. Все они действовали в минно-торпедном варианте – сначала ставили мины, а затем направлялись на коммуникации противника. Было совершено шесть Боевых походов, поставлено 120 мин.
В ходе кампании 1943 года подводные лодки Черноморского флота совершили 102 Боевых похода, большинство пришлось на действия у южного побережья Крыма. Было выполнено 87 торпедных атак. Подводные лодки потопили и повредили 27 транспортов и других легких судов, уничтожили 18 боевых кораблей и вспомогательных судов противника.
За два месяца – январь и февраль – подводные лодки совершили 17 Боевых походов. Из семи выполненных торпедных атак три были успешными. 10 февраля 1944 года подводная лодка Щ-216 потопила транспорт, 27 марта 1944 год атаковала транспорт, шедший в охранении трех сторожевых кораблей. Подводная лодка М-117 потопила транспорт противника.
В марте 1944 года на позициях оставались подводные лодки С-31 и Щ-215.
Развертывание подводных лодок для участия в Крымской операции началось 11 апреля 1944 года. Первыми вышли в поход Л-6, М-35, М-111 и А-5, за ними – М-62. Находившиеся в море С-31 и Щ-215 заняли места в соответствии с общим планом операции. До 9 мая 1944 года было развернуто еще шесть подводных лодок: М-55, Л-4, М-54, Щ-202, Щ-201 и С-33.
За 28 суток было выполнено 50 торпедных атак, потоплено 23 транспорта противника.
На завершающем этапе войны подводные лодки совершили 15 Боевых походов, выполнили семь торпедных атак, три из которых – успешно. В сентябре 1944 года подводные лодки были возвращены в свои базы. Больше им не пришлось выходить на задания.
Всего за войну подводные лодки Черноморского флота, участвовавшие в Боевых действиях, выполнили 191 торпедную атаку, израсходовали 387 торпед. Подводники – черноморцы добились 90 попаданий, уничтожив при этом 62 транспорта.
1-я Бригада подводных лодок Черноморского флота была удостоена ордена Красного Знамени и наименования «Севастопольская», 2-я Бригада – ордена Ушакова I степени и наименования «Констанская».
Подводные лодки Л-4, М-111, М-117, С-31, Щ-201, Щ-209, А-5 были награждены орденом Красного Знамени, подводные лодки М-35, М-62, Щ-215, С-33, щ -205 стали гвардейскими. Подводники-черноморцы – капитан 2 ранга Б.А.Алексеев, капитаны 3 ранга М.В.Грешилов и Я.К.Иосселиани, капитан-лейтенанты А.Н.Кесаев, Н.И.Малышев, М.И.Хомяков, мичман И.С.Перов и старший краснофлотец А.С.Морухов – удостоены звания Героя Советского Союза.