21 мая 1920 года И. Э. Якир был назначен командующим группой войск фастовского направления, в которую вошли 44-я, 45-я дивизии и часть сил Днепровской военной флотилии. В июне войска группы приняли участие в контрнаступлении Красной Армии, освободили от белополяков Фастов, Брусилов, Радомысль, Казатин. В августе Иона Эммануилович возглавлял группу войск золочевского (затем Львовского) направления из 45-й, 47-й стрелковых дивизий и 8-й дивизии червонного казачества. На заключительном этапе войны бойцы 45-й под командованием Якира разгромили банды Петлюры под Проскуровом и Волочиском. За эту победу Иона Эммануилович был награжден почетным золотым оружием.
После окончания гражданской войны И. Э. Якир занимал ответственные командные должности на Украине, полтора года работал начальником Главного управления военно-учебных заведений РККА. В ноябре 1925 года Иона Эммануилович был назначен командующим войсками Украины и Крыма. На этом важнейшем посту (во главе Украинского, затем Киевского военного округа) Якир плодотворно трудился до конца жизни.
Все свои силы, знания и энергию отдавал Якир неустанной, напряженнейшей работе по строительству Красной Армии, по укреплению обороны страны.
Учения войск Украинского военного округа носили решительный, подлинно боевой характер. Тщательно отрабатывались все виды боя, в частях не жалели сил на устройство минных полей, лесных завалов, противотанковых рвов, Якир всегда стремился к тому, чтобы каждое занятие приносило воинам пользу, серьезно повышало их боевое мастерство. Ученик и Соратник Якира генерал М. Ф. Лукин отмечает, что Иона Эммануилович не раз говорил:
— Нам не нужны учения ради учений… Отбыть номер и доложить об исполнении — для этого большого ума не требуется. Нет, каждый боец и командир за эти дни, потопав и изрядно попотев, должен вырасти и почувствовать, что он вырос. Ведь учимся не для отчетов…
На занятиях с командирами Якир требовал от подчиненных умения мыслить и действовать самостоятельно. Генерал армии А. В. Горбатов вспоминает характерные слова командующего на разборе занятий:
— Есть, к сожалению, у нас неустойчивые командиры. Примет такой командир правильное, обоснованное решение. Казалось бы, все хорошо, действуй! Однако стоит задать товарищу вопрос или спросить, почему он принял именно такое решение, а не иное, как он начинает колебаться и пытается угадать, чего хочет начальство. Видите, он уже думает о начальстве, а не о деле… В результате отменяет правильное решение и допускает ошибки. Не годится так, товарищи, не годится!
Большое внимание уделял Иона Эммануилович взаимодействию войск. Он часто вылетал на самолете вместе с сухопутными начальниками и предлагал им с воздуха определять огневые позиции для артиллеристов, наиболее выгодные места подхода и развертывания крупных частей. Нередко после таких «воздушных поездок» начиналось «оморячивание» — совместные игры начальствующего состава округа и Черноморского флота.
Якир вкладывал в эти трудные армейские будни всю свою душу — иначе он не мог. «Я не помню случая, — пишет М, Ф. Лукин, — чтобы командующий перепоручил учение войск, полевую поездку начсостава, военную игру кому-либо из своих помощников. А ведь рядом с ним работали отличные специалисты военного дела: начальники штаба округа П. П. Лебедев и Д. А. Кучинский, начальник управления боевой — подготовки С. А. Калинин, начальник оперативного отдела В. С. Сидоренко, его помощник В. П. Бутырский, наконец, его заместитель и боевой друг Иван Наумович Дубовой. Всех их Якир высоко ценил, всем доверял, но он должен был все видеть сам, во все вникать, быть всюду с войсками — в бою, на учениях, на отдыхе. Только при этом условии, по его глубокому убеждению, можно было руководить частями и соединениями, нести полную ответственность за их подготовку и наиболее разумно использовать знания и опыт подчиненных».
Иона Эммануилович регулярно следил за военной литературой — советской и зарубежной. Он высоко ценил опыт гражданской войны, но относился к нему творчески. В новых условиях, справедливо полагал Якир, нельзя отводить первое место коннице и ее массированным ударам. Всеми силами ратовал он за ускоренное развитие мотомеханизированных войск, за создание крупных механизированных соединений. В 1933 году под непосредственным руководством Якира его любимая 45-я Краснознаменная Волынская стрелковая дивизия реорганизовалась в мехкорпус. Вслед за этим на Украине была создана значительная часть первых в Красной Армии подобных соединений.
В сентябре 1935 года у станции Бровары под Киевом был осуществлен небывалый тогда воздушный десант. Целая дивизия с пушками и автомашинами выгрузилась из самолетов на захваченный парашютистами аэродром. Эта блестящая операция, получившая восторженную оценку зарубежного генералитета, соответствовала взглядам Якира на массированное использование авиации.