Но времена уже менялись. С каждым месяцем Николай I всё сильнее и сильнее брал в руки волоки государственного руководства. Не забыл император и о доках. Спустя некоторое время император снова запрашивает Грейга о начале строительства казённых доков в Севастополе. В ответ, как мы уже знаем, был инспирирован знаменитый Севастопольский чумной бунт, который, как и предполагали его организаторы, задержал развитие казённого кораблестроения в Севастополе, но, как оказалось, ненадолго. О самом бунте мы поговорим ещё ниже.
Император Николай I оказался человеком последовательным и упрямым. Уже в начале 1831 года он снова требует от Грейга доложить ему о начале работ по строительству севастопольских сухих доков. В конце февраля 1831 года Грейг и директор департамента Главного управления путей сообщения инженер-генерал Опперман сообща представили Николаю I доклад о постройке доков и положение о строительном комитете севастопольских доков. Председателем комитета Грейг предложил назначить генерал-майора Берха, главным строителем — упомянутого выше английского инженера Уптона. Пока кандидатуры утверждались царём, Грейг попросил Берха подобрать в соответствии с положением штаты и немедленно начать работу.
Тем временем понемногу начали активизироваться и те немногие антигрейговские силы, которые ещё сохранились к тому времени на Черноморском флоте. Возглавил их начальник штаба флота капитан 1-го ранга Мелихов. Дело в том, что, согласно существовавшей тогда вертикали подчинённости, начальник штаба флота не являлся заместителем командующего, а занимался исключительно канцелярскими вопросами, а кроме этого являлся подчинённым не только командующего флотом, а начальника Главного морского штаба. Последним обстоятельством Мелихов при передаче своего письма и воспользовался. Начальником Главного морского штаба в то время был любимец императора известный князь Меншиков. К его помощи и решил прибегнуть Мелихов.
Пока решался вопрос о доках, капитан 1-го ранга Мелихов весной 1829 года, минуя Грейга, представил в Морское министерство свой проект сосредоточения черноморского судостроения и руководства флотом в Севастополе. Мелихов указывал, что хотя Николаев удобно расположен для дешёвой доставки туда из внутренних губерний необходимых материалов, но зато, во-первых, Ингул и Южный Буг замерзают на 4 месяца; во-вторых, малые глубины Буга и Днепро-Бугского лимана не позволяют проводить готовые линкоры с полной загрузкой из Николаева к Очакову, из-за чего теряются два месяца работы и возникают дополнительные трудовые затраты; в-третьих, по той же причине паровая землечерпалка в устье Ингула должна непрерывно работать 6 месяцев; в-четвёртых, из Таганрога в Николаев ежегодно доставляется 20 тыс. пудов железных изделий, а путь от Таганрога до Севастополя вдвое короче; в-пятых, лес везут из Херсона в Николаев на транспортах или буксируют плотами, в то время как эти транспорты могут идти прямо в Севастополь. Кроме того, цена доставки леса из Подольской губернии в Николаев и Севастополь почти одинакова, и если устроить порт в Очакове, то можно будет сразу направлять лес туда без перевалки в Херсоне, а из Очакова везти в Севастополь, используя вместо транспортов старые линкоры и фрегаты. Перевод морских учреждений из Николаева в Севастополь и их слияние с соответствующими севастопольскими учреждениями позволяли вдвое сократить руководящий персонал. Сосредоточение всей главной администрации в Севастополе повышало оперативность в управлении флотом и боевую подготовку кораблей. Главным же был вывод начальника штаба флота — частное кораблестроение для военного флота на Чёрном море идёт во вред флоту и государству и надо как можно скорее от него избавляться. Рассмотрев проект Мелихова, Меншиков полностью согласился с доводами автора и подготовил решение, по которому Николаев становился тыловой базой флота, т.е. все финансовые потоки пойдут теперь не туда, а в Севастополь. Свой проект Меншиков передал на отзыв Черноморскому ведомству. 9 июня 1833 года её дополнил проект указа императора прекратить расширение Николаевской базы и перевести часть подразделений флота из Николаева в Севастополь так, «чтобы сей порт находился к Николаеву в том отношении, как Кронштадт к Санкт-Петербургу».
Ответный ход последовал незамедлительно! Адмиралом Грейгом немедленно была организована собственная кораблестроительная экспедиция, в которую, разумеется, вошли лично преданные Грейгу люди — известные черноморские мафиози — контр-адмирал Критский и купец-судостроитель Серебряный. Комиссия в самых резких тонах выступила против предложения Меншикова, ссылаясь на дороговизну доставки в Севастополь леса и большие затраты на сооружение там адмиралтейства и пр. Грейг, разумеется, выводы экспедиции полностью поддержал и 23 сентября 1833 года в представлении в Морское министерство пополнил эти доводы ещё одним соображением, указав на «угрозу одновременного уничтожения флота и судостроения на Чёрном море».