В то время Корабельная слободка Севастополя начиналась у берега Корабельной бухты и доходила до Малахова кургана. В слободке насчитывалось 352 дома и 1120 жителей. Кроме Корабельной слободки, беднейшее население Севастополя ютилось в Артиллерийской слободке по берегам балки и скатам холма за Артиллерийской бухтой, а также в Каторжной слободке вдоль глубокой балки в конце Южной бухты и в первом из севастопольских посёлков такого типа — Хребте беззакония (ныне Городской холм). Но карантин коснулся больше всего именно Корабельной слободки. Когда прошёл и семидневный запрет, начальство приказало вывести жителей слободки за город и продлило карантин ещё на две недели. Это распоряжение окончательно возмутило тамошних жителей и матросов.
В слободке проживало более трёхсот матросов, у многих там были родные и знакомые. Военный губернатор Севастополя Столыпин направил в слободку контр-адмирала И.С. Скаловского и других высших командиров, но их уговоры оказались бесполезны. Тогда 31 мая Скаловский усилил оцепление слободки двумя батальонами пехоты при двух орудиях под командованием полковника Воробьёва. По просьбе губернатора для увещевания непокорных явился протопоп Софроний Гаврилов. На его просьбы о смирении люди ответили, что больше не могут терпеть, у них нет ни заработка, ни пищи, ни дров, ни даже воды. Жаловались, что в самые холода их в гигиенических целях насильно купали не в бане, а в море, что карантинные чиновники (подчиняющиеся непосредственно Грейгу) продают им по баснословным ценам муку, которую нельзя есть. Доведённые до отчаяния жители начали готовиться к вооружённому отпору опостылевшему «начальству». Под руководством квартирмейстера 37-го флотского экипажа Тимофея Иванова, отставного квартирмейстера яличника Кондратия Шкуропелова и боцмана 34-го флотского экипажа Фёдора Пискарёва были сформированы три вооружённые группы. Военное обучение гражданского населения и организацию караульной службы поручили шкиперскому помощнику Кульмину. На приказ губернатора Столыпина выдать зачинщиков мятежные жители ответили: «Мы не бунтовщики, и зачинщиков между нами никаких нет, нам всё равно, умереть ли с голоду или от чего другого». Квартальному надзирателю Юрьеву непокорные матросы заявили: «Скоро ли откроют огонь, мы только того и ожидаем, мы готовы».
Вечером 3 июня губернатор расставил в городе войска, полсотни солдат охраняли губернаторский дом. Караулы в городе вызвали негодование севастопольцев, особенно жителей слободок. Люди ударили на соборной колокольне в набат, толпа с криками «Ура!» двинулась к дому губернатора, Адмиралтейству и собору. Наибольшую активность проявляло население Корабельной и Артиллерийской слободок. К мятежникам примкнули матросы флотских экипажей, 17-й и 18-й рабочие экипажи и рабочие военного ведомства. Все они требовали отменить карантин и убрать ненавистных чиновников и начать доставку в город дешёвого хлеба.
Восставших возглавила так называемая «Добрая партия» — совет, в который вошли Т. Иванов, Ф. Пискарёв, К. Шкуропелов, а также фельдфебель Пётр Щукин, слесарь Матвей Соловьёв и мещанин Яков Попков.
У дома губернатора толпу встретил и пытался остановить генерал Примо. Но с него сорвали эполеты, мятежники ворвались в дом и убили губернатора. К бунту присоединились 29-й, 38-й и 39-й флотские и 16-й ластовый экипажи. С криками «Бей и коли офицеров!» толпа разделилась на две части. Одна направилась снимать блокаду с Корабельной слободки. Охранявшие слободку солдаты сочувствовали народу, и дело едва не кончилось мирно, как вдруг с тыла на солдат бросились в штыки матросы, за ними мастеровые с кольями и ломами, а жители слободки, видя это, напали на солдат с фронта. Тогда солдаты восстали, убили полковника Воробьёва и присоединились к мятежникам.
Вторая часть бунтовщиков пошла к Хребту беззакония, где схватила адмирала Скаловского, сорвала с него эполеты и потребовала выдать расписку об отсутствии в городе чумы. Такие же расписки были получены от городского головы Носова, протопопа С. Гаврилова и коменданта Севастополя.
К 22 часам мятежники захватили весь город. Они разгромили дома и квартиры 42 чиновников и офицеров, убили одного из «чумных» комиссаров чиновника Степанова, инспектора военного карантина Стулли, избили плац-адъютанта военного губернатора Родионова. Вся полиция бежала из Севастополя. Войска гарнизона (860 человек при трёх пушках) отказались подавлять бунт. Комиссар Батищев, капитан Матусевич, штабс-капитан Перекрёстов, лейтенант Энгельгардт, прапорщики Дмитриев, Кулаков и многие другие офицеры сочувствовали восставшим. Этот факт весьма примечателен. Рядовые офицеры оказались в фактически осаждённом Севастополе в таком же положении, как и матросские семьи. Они понимали суть происходившего, но одновременно были связаны присягой.