20 августа «Незаможник» был отправлен к Очакову, к которому подошли войска противника. В этот день корабль выполнил пять стрельб. 21 августа эсминец прикрывал отход гарнизона Очакова на о-ва Березань и Первомайский.
С 24 августа по 4 сентября «Незаможник» находился на Одесском рейде, обстреливая позиции войск противника в районе Александровка, Ильичека, Гильдендорф, Вознесенка и др. 4–5 сентября он конвоировал из Одессы в Севастополь транспорт «Днепр».
В сентябре 1941 г. командиром корабля был назначен капитан-лейтенант (впоследствии капитан 3 ранга, капитан 2 ранга) П.А, Бобровников.
9-10 октября эсминец конвоировал плавбазу «Волга» из Севастополя в Одессу, а 10–11 октября транспорт «Грузия» из Одессы в главную базу.
«Незаможник» участвовал в эвакуации Одессы. 12–13 октября он конвоировал из Севастополя в Одессу три транспорта. Во время стоянки в Одессе 13 и 14 октября, четыре раза открывал огонь по самолетам противника, отражая налеты на порт. Утром 15 октября эсминец вышел из Одесского порта на траверз Дофиновского лимана с задачей прикрыть отход правого фланга войск OOP. Корабль вел огонь по берегу в течение дня и вечера по заявкам с берега, а также четыре раза открывал огонь по батарее противника в районе Чебанки, которая периодически обстреливала корабли. Он отразил четыре налета авиации противника. По целям на берегу выпустил 468 102-мм снарядов, при отражении атак авиации: 36 102-мм шрапнелей, 60 76-мм шрапнелей, 98 45-мм снарядов.
16-17 октября с эсминцем «Шаумян» конвоировал теплоход «Грузия» из Одессы в Севастополь.
8-11 ноября «Незаможник» буксировал из Севастополя в Батуми недостроенный эсминец «Огневой».
С 15 по 26 ноября эсминец конвоировал транспорты, доставлявшие из Новороссийска и Туапсе в Севастополь войска и вывозившие раненых и эвакуируемых.
8-11 декабря, конвоируя два транспорта, он перешел из Поти в Севастополь. 12 декабря стоя на якоре в Северной бухте «Незаможник» обстрелял скопление пехоты и батарею противника у дер. Заланкой выпустив 14 снарядов.
20-21 декабря «Незаможник» в составе отряда кораблей доставил из Новороссийска в Севастополь 79-ю морскую стрелковую бригаду.
Вечером 22 декабря эсминец с крейсером «Красный Крым» вышел из главной базы. Маневрируя в районе Балаклавы, корабли обстреливали позиции противника («Незаможник» выпустил 100 снарядов), затем они легли на курс отхода и утром 23 декабря прибыли в Туапсе.
«Незаможник» участвовал в Керченско-Феодосийской операции. На первом этапе он был включен в отряд кораблей поддержки отряда высадки десанта «Б» (под Керчью). Вечером 25 декабря он с крейсером «Красный Кавказ» вышел из Новороссийска. С 26 до 27 декабря корабли маневрировали в районе горы Опук, но десантные суда не появились, и 27 декабря корабли вернулись в Новороссийск.
28 декабря «Незаможник», приняв 289 бойцов и командиров, 76-мм орудие и 17 ящиков мин, в 20.20 в составе отряда «А», вышел из Новороссийска. 29 декабря в 3.10 корабли отряда легли на огневой галс. С 3.53 до 4.05 эсминец вел огонь по порту Феодосии выпустив 40 102-мм снарядов, в т. ч. 15 осветительных и 70 45-мм. В 4.56 эсминец вошел в порт, но из-за отказа машинного телеграфа врезался в причал. В результате был разбит форштевень, срезан и загнут на правый борт нос корабля на длине 0-10 шп., на высоте 1,5 м выше от ватерлинии. Закончив высадку бойцов и выгрузку боезапаса, эсминец вышел в район огневого маневрирования. Трижды он открывал огонь по целям на м. Ильи, у дер. Каронелли и Б. Камыши, выпустив 54 снаряда, отразил атаку двух самолетов. В 9.15 эсминец ушел из Феодосийского залива и утром 30 декабря прибыл в Новороссийск. За время операции израсходовал: 79 102-мм фугасных снарядов, 15 осветительных, 5 шрапнелей, 35 76,2-мм шрапнелей, 130 45-мм осколочно-трассирующих снарядов. Потерь в личном составе нет.
С 1 января по 12 марта 1942 г. корабль находился на ремонте в Поти.
В марте — июне 1942 г. «Незаможник» участвовал в доставке в Севастополь войск и боеприпасов, а также в эвакуации на Кавказ раненых и мирных жителей.
22-23 апреля буксировал из Новороссийска в Туапсе поврежденный эсминец «Способный». С 28 мая по 3 июня охранял танкер «И. Сталин» на переходах между Батуми, Туапсе и Новороссийском.
2 июля немецкая авиация произвела массированный налет на Новороссийский порт, 77 самолетов сбросили 170 бомб. Погибли лидер «Ташкент» и эсминец «Бдительный». «Незаможник» получил незначительные повреждения и срочно ушел в Поти. Утром 2 августа «Незаможник» вышел из Туапсе на помощь крейсеру «Молотов» и лидеру «Харьков», поврежденным при набеге на Феодосию (у «Молотова» торпедой была оторвана корма). В 7.52 эсминец вступил в охранение крейсера и лидера и в 22.00 прибыл с ними в Поти.