С началом войны катер был передан в оперативное подчинение Черноморскому флоту, в декабре 1941 г. он вошел в состав 4-го дивизиона сторожевых катеров ОВР Главной базы и переименован в «СКА-074». В марте 1942 г. зачислен в состав 5-го дивизиона сторожевых катеров Туапсинской ВМБ и получил наименование «СКА-065». Под командованием старшего лейтенанта П.П. Сивенко отконвоировал без потерь 118 транспортов, высадил под Керчью, Новороссийском и в других местах около 2 тыс. десантников. Выдержал десятки боев с торпедными катерами и авиацией противника, сбив при этом 2 и повредив 6 самолетов. Катер успешно нес дозорную службу, участвовал в поисках и атаках подводных лодок. В августе 1942 г. когда немцы были в 17 км от Туапсе, «СКА-065» принял на борт группу женщин с детьми для эвакуации их в Батуми. В пути не доходя 20 миль до Сухуми, краснофлотец Салеев принял роды у молодой женщины.
25 марта 1943 г. «СКА-065» конвоировал транспорт «Ахиллеон» с грузами для фронта. В районе Фальшивого Геленджика при волнении моря до 7 баллов на транспорт и катер налетели 30 бомбардировщиков противника, атаковавшими катер несколькими группами. Командир катера, умело маневрируя, постоянно менял курс и скорость. Экипаж сторожевого катера огнем пушек и пулеметов отразил несколько атак фашистских бомбардировщиков, сбросивших на маленький корабль и охраняемый им транспорт свыше 100 авиабомб. Многие моряки получили ранения тяжело ранило находившегося на борту командира звена капитан-лейтенанта В. Тимошенко. Но никто не покидал своих постов. В этом бою старшине 2 статьи Г.А. Куропятникову осколком снаряда оторвало кисть левой руки. Но он не покинул боевого поста и продолжал стрелять из пулемета. Вдруг он увидел, что на корме горят дымовые шашки, уложенные рядом с глубинными бомбами. В любую минуту мог произойти взрыв. Он собрал последние силы и пополз на корму. Развязав найтовы единственной рукой и зубами, Г.А. Куропятников стал сбрасывать шашки за борт. Гибель катера была предотвращена. Отважный катерник за этот подвиг был удостоен звания Героя Советского Союза.
Немецкие самолеты вынуждены были ни с чем вернуться на свой аэродром, транспорт и катер продолжали плавание.
От осколков, сброшенных на него бомб, снарядов авиационных пушек и пулеметов, корпус «СКА-065» имел около 2000 пробоин, расположенных выше и ниже ватерлинии, была разрушена левая скула, повреждена верхняя палуба, правый борт в носовой части, разбит форштевень, сорвано ограждение ходового мостика, сместилась рулевая рубка, сорвана с фундамента 45- мм носовая пушка, пробита левая бензоцистерна и две масляные цистерны, а также ряд трубопроводов различного назначения, в нескольких местах повредило электропроводку.
Потери составили 12 человек, один моряк был убит. От поступившей внутрь воды катер получил дифферент на нос 15°. Уцелевшие 7 человек во главе с командиром решительно и быстро приняли все меры, чтобы спасти катер. Как только бой закончился, и самолеты улетели, немедленно началась борьба за живучесть. Главные моторы были введены в строй через 40 мин, что позволило в шторм преодолеть 50 миль до базы. После боя 25 марта 1943 г. весь экипаж катера был награжден орденами и медалями.
Приказом Наркома ВМФ № 263 от 27 июля 1943 г. «СКА-065», единственному среди боевых катеров, присвоено звание гвардейского.
В июле 1945 г. гвардейский катер «СКА-065» был возвращен в состав Морской погранохраны.
Водоизмещение полное 126,4 т, длина 34,2 м, ширина 5,47 м, осадка 1,87 м, мощность механизмов 1960 л.с., скорость хода максимальная 17 уз, экономическая — 12 уз. Дальность плавания до 1450 миль. Вооружение: 1 — 40-мм, 3 — 20-мм орудия, 2 пулемета, 4 бомбомета, 10 бомбосбрасывателей. Принимал на борт 18 больших и 60 малых глубинных бомб. Экипаж 32 человека.
До 10 января 1945 г. — SC.661. Бывший американский. Построен в 1942 г. на верфи «Burqer» в Мэнтвоке (США) 26 октября 1942 г. вступил в строй. 10 января 1945 г. зачислен в списки кораблей ВМФ СССР и 25 мая 1945 г. принят советским экипажем от союзников в счет поставок по ленд-лизу, поднял Военно-морской флаг. С 30 мая по 8 июня 1945 г. перешел из Колд-Бея в Петропавловск-Камчатский и вошел в состав ТОФ, в 1-ю бригаду больших охотников.
Во время войны с Японией кораблем командовал капитан-лейтенант И.Ф. Власов. БО-303 участвовал в высадке десанта в северокорейский порт Расин. 11 августа в 18 ч совместно с БО-305 вышел из б. Золотой Рог с ротой автоматчиков из первого броска десанта. В 9 ч 12 августа рота была высажена в порт Расин и к 10 ч десантники заняли порт.
22-31 августа корабль эскортировал транспорты с войсками из Владивостока в порт Маока на Южном Сахалине.