Достигнув вершины своей боевой славы, Манас задумал большой поход (чон чабуул) на столицу могучего соседа - Бейджин. Путь к Бейджину был полон неслыханных опасностей, но киргизы преодолели их. Они вошли в столицу огромного государства, и Манас занял золотой трон царя этой страны. Однако обида и гнев покоренного народа легли черной тенью на победу киргизских богатырей. Манас вернулся с чон чабуула тяжело раненным и умер.
Смерть Манаса и гибель его славных богатырей положили начало трагическим страданиям киргизского народа от внутренних распрей. Завистливые и алчущие богатства родичи узурпировали власть вожака киргизских племен, разорили и разграбили дом Манаса и пытались убить его малолетнего сына Семетея. Жена Манаса спаслась бегством. Она растила сына вдалеке от Таласа.
Вторая часть трилогии рассказывает о возвращении на родину достигшего совершеннолетия сына Манаса - Семетея, о его походе против вражеского богатыря Конурбая, о его безуспешных попытках восстановить былую сплоченность и боевую мощь киргизских племен. Семетей погиб не в бою с иноземными врагами, как его отец, а от руки изменников-родичей.
Герой третьей части трилогии Сейтек родился после трагической гибели отца. Изменники пытались уничтожить мальчика, но Айчурек - верная жена Семетея - сумела спасти сына.
Однажды во время охоты Сейтек встретил богатыря, оказавшегося одним из дружинников Семетея. Незнакомец открыл юноше его родословную и судьбу его родичей. Сейтек поклялся жестоко наказать изменников. Ему помогают чудесным образом воскресшие Семетей и его конь Тайбурул, Айчурек и Каныкей (мать и бабушка героя), старик Бакай (первый соратник Манаса).
В сюжете "Манаса" отчетливо прослеживаются как своеобразные отголоски исторических столкновений киргизов с враждующими соседями, так и типические черты эволюции общественной жизни этого народа от общинно-родового уклада до эпохи социального неравенства и ханско-феодальной деспотии. Не случайно во второй и особенно в третьей части трилогии меняется отношение масс к ханскому титулу. В первой части трилогии этот титул присваивается герою, избранному народом вожаку, за его превосходство в мужестве и храбрости. В последующих частях повествования ханский титул носят уже узурпаторы и насильники. Меняется и облик героев. Вместе с уходом со сцены Манаса и его сподвижников в эпосе стираются гиперболизированные черты героев. Потомки Манаса утрачивают былую грозную силу могучих богатырей.
Грандиозный объем "Манаса" и его многоплановая структура обусловлены стремлением сказителей выразить все, что волновало народ, вызывая его восторг или сострадание на протяжении многовековой истории. В эпосе сконцентрированы картины, изображающие все стороны национальной жизни, как: охота, свадьбы, поминки, многодневные и многолюдные праздники, состязания, боевые походы, победы и поражения.
Обстоятельность рассказа со всеми бытовыми подробностями чудесным образом сплетена с необыкновенной патетикой, с романтической торжественностью, с цветистыми речами и ратными призывами. Эпос "Манас" является энциклопедией древнего киргизского красноречия, пословиц, поговорок, афоризмов.
Основная форма повествования в "Манасе" - это своеобразные монологи. В них раскрываются характерные черты героя, его душевного склада, его возвышенные или низменные помыслы. Следует отметить традиционность разнообразных форм монологов: это - речи-призывы, обращенные к воинам, речи-угрозы в адрес врага, речи-наставления, речи-воспоминания, речи-повествования, речи-душеизлияния т. д. Монологи демонстрируют самобытную речевую культуру древних киргизов, отличающуюся оригинальной выразительностью и меткостью характеристик, многообразием словесно-поэтических приемов.
С помощью канонизированных в киргизской народной поэзии звуковых повторов в виде внешней и внутренней аллитерации, с применением тирадных объединений строф в форме "джельдирме" или "джоргосёз", певцы достигали большой впечатляемости стихотворного сказа.
Вся жизнь героев "Манаса" проходит под открытым небом. Горы, степи, пастбища, звери, птицы, кони живут с героями эпоса единой жизнью, вместе с людьми они одинаково "чувствуют" горе и радость, приносимые нескончаемым потоком трудной походной жизни. Все события происходят на фоне соответствующего состояния природы. Дождь, буран, мороз или сияние весеннего солнца как бы аккомпанируют людским радостям или огорчениям. Характерно, что в трагические или радостные моменты жизни, произнося клятву или заклинание, герой обращается не к богу, а к природе, например:
Того, кто не выполняет обещание,
Пусть покарает бездонное небо,
Пусть покарает того лохматая грудь земли...
Обширное место в киргизском героическом эпосе занимают описания игр, в которых принимают участие все богатыри - в том числе сам Манас.
Жизнерадостный юмор - неотъемлемый компонент повествования. Страстная патетика в "Манасе" сочетается с мягким лиризмом, картины трагических событий проходят параллельно с комическими приключениями. Кровавые жестокости героев сочетаются с их сентиментальной жалостью.