Однако не все было так гладко, как хотелось бы. В частности, начальник оперативных групп НКВД УССР старший лейтенант госбезопасности Положинский докладывал И.А. Серову 23 ноября 1939 г., что организация Станиславовского УНКВД не закончена, штаты не укомплектованы, большая часть оперативных работников еще не прибыла и находится на прежних должностях, отделы на отделения еще не разбиты, а оперативно-чекистская работа по националистическому подполью, фактически только начинается.
Такая же проверка по Тернопольской области показала несколько лучшие результаты. Это объясняелось тем, что начальником УНКВД остался руководитель оперативно-чекистской группы. Однако отмечались те же недостатки — отсутствие глубокой агентурной работы по подполью, разработка подпольщиков прежде всего по данным захваченных документов польских спецслужб, упрощенное окончание следственных дел и плохая оперативная связь с районами. Также существенным недостатком было то, что во вновь организуемых управлениях было много офицеров-пограничников, которые, прекрасно разбираясь в боевых операциях, очень слабо знали следственное дело, а об агентурных разработках имели лишь общее представление. Этих оперативников еще нужно было научить.
Тем не мене, первые результаты уже были. Так на 27 ноября 1939 года по Западной Украине было арестовано 5972 человека. Из них основная масса — бывшие офицеры, жандармы, полицейские и агенты полиции и уголовники. Оуновцев среди арестованных было 280 человек, по Львовской области — 65, Тарнопольской — 108, Станиславовской — 53, Луцкой — 54. На указанную дату было 389 законченных дел, переданных на рассмотрение в военные трибуналы (напомним, судебная система на тот момент только начинала организовываться и в связи с военным положением дела рассматривались в трибуналах), из них заслушано 156. Всего же предстояло разобрать дел 5583, кстати, в этой записке И.А. Серов отмечает, что дела начали направлять не только в военные трибуналы, но и в областные суды.
Следует отметить, что, несмотря на первоначальный шок от вступления РККА на территорию Западной Украины и организацию советской власти — совсем не так себе видело руководство ОУН развитие политической ситуации на территории Польши — и, не смотря на внутренние разборки, организация довольно быстро начала восстанавливать первоначальные связи. Помогло в этом определенная «прозрачность» границы между СССР и Германией в начальный период. И помощь немецких спецслужб. Эмиссары ОУН достаточно легко проникали на сопредельную территорию в 1939 и начале 1940 гг. и постепенно восстанавливали былые связи и конспиративную сетку. Кроме того, опытные нелегалы были выпущены из польских тюрем — и тут же включились в организацию подпольной работы, как в самом Краковском центре, так и непосредственно на местах.
Уже в начале 1940 года началась активная переброска эмиссаров ОУН из-за кордона с целью оценить ситуацию на местах, составить представление о кадровом составе, наличия оружия (а его было много попрятано по селам в «наследство» от польской армии и полиции) и настроении местных жителей. Усилилась разведывательная работа против СССР в плане установления данных о Красной Армии и органах НКВД. Кроме того, началась активная пропагандистская кампания среди местного населения на тему создания независимой Украины и усилилась вербовка в члены организации.
Начинаются первые вооруженные выступления украинских националистов против советской власти. Так в докладной записке на имя И.А. Серова от 5 марта 1940 г. руководство УНКВД Тарнопольской области указывало, что первоначально ОУН взяло курс на максимальное представительство в Народном Собрании путем баллотирования своих членов с целью легитимизации курса на независимую Украину. Когда эта акция полностью провалилась, началась подготовка к вооруженному восстанию. Кстати, докладная записка была посвящена расследованию попытки вооруженного восстания в Збаражском районе Тарнопольской области 18–19 декабря 1939 г. Всего было арестовано 64 человека. Восстание удалось быстро и практически бескровно (был ранен один сотрудник НКВД и убит один из повстанцев) подавить. Однако части организаторов удалось скрыться.
Исходя из оперативных данных, вся серьезность ситуации осознавалась руководством органов госбезопасности. Так, оперативно чекистской группой по Волыни был арестован один из руководителей ОУН на Волыни, который сознался, что был переброшен на территорию Западной Украины для организации повстанческой деятельности. Сходные данные поступали от оперативно-чекистской группы по Тарнопольщине. Была вскрыта мощная подпольная организация, готовившая вооруженное восстание на территории Западной Украины. При чем, организация была многослойная — тесно переплетались украинские и польские националистические организации с привлечением бывших офицеров польской армии и, что самое серьезное, молодежи вплоть до учеников средних школ. Всего было арестовано 540 человек. Организации имели оружие, даже ручные и станковые пулеметы.