Также в марте-апреле 1940 г. Львовское УНКВД арестовало руководство Краевой экзекутивы и основной актив ОУН по Львовской области.
В ориентировке от 17 мая 1940 г. четко указывалось, что ОУН взяла курс на вооруженное восстание, которое планировалось на весну 1940 г. Во время боевых действий РККА против Польши оуновским организациям была дана установка не проявлять себя, а инфильтровываться в местные органы самоуправления, милицию и стремиться проникнуть в комсомол и партию. Впоследствии эта схема будет реализована в послевоенные годы в виде специальной тактической схемы и принесет успех. Отмечаются указания руководства ОУН по ведению активного саботажа, восстановлению конспиративных структур и созданию боевых групп («боивок»). Также отмечается активная работа по созданию новых оуновских ячеек и тщательной фильтрации имеющихся от подозреваемых в сотрудничестве с органами госбезопасности и «ненадежных» элементов. Указывается на организацию разведотделов при уездных и областных экзекутивах, поиск путей приобретения оружия и его переброски из Германии, а также ведение активной работы по подготовке террористических актов и партизанской войны. Это же отмечалось и в специальной директиве НКВД УССР руководству УНКВД по Тарнопольской области. Судя по всему, и небезосновательно, руководство украинских органов госбезопасности считало Тарнопольщину центром организации повстанческого движения.
Такая активность не оставалась незамеченной. В директиве начальникам областных УНКВД нарком внутренних дел И.А. Серов требовал активизировать агентурно-оперативную работу, тщательно разработать архивы польских спецслужб, пересмотреть ранее ликвидированные агентурные дела и активизировать агентурное обслуживание и разработку беженцев и безработных. Все это требовалось в связи с активизацией немецкой агентуры, в частности, из среды украинских националистов.
Появились и первые результат перестройки работы. По агентурным делам «Недобитые» и «Выродки» Волынским УНКВД была разгромлена ячейка ОУН по Луцкому району, два руководителя застрелились при вооруженном захвате, остальные участники (за исключением одного) были арестованы. Также была разгромлена подпольная оружейная мастерская, изъято оружие и списки участников организации по селам. Были ликвидированы ячейки ОУН по Косовскому и Жабьевскому районам Станиславовской области — по агентурному делу «Террористы». Организация имела в своем составе боевую группу и занималась террором сельского актива (всего было 6 терактов). По агентурному делу арестовано и предано суду 23 человека. Однако части подпольщиков удалось скрыться, на них было заведена агентурная разработка «Охвостье».
Наконец, в сентябре 1940 г. была разгромлена Львовская краевая экзекутива ОУН. Как уже ранее упоминалось, первый раз ее разгромили еще весной, однако часть оуновцев перешла на нелегальное положение, а часть — скрылась за кордоном. Позднее, для восстановления сетки были присланы эмиссары из-за кордона, в частности, руководитель экзекутивы Дмитро Мирон (ему удалось скрыться). За лето удалось полностью восстановить оуновскую сетку и 1 сентября состоялось первое совещание нового состава Львовской экзекутивы. Однако уже 4 сентября секретно был задержан руководитель организационного отдела Максимов Иван, который сразу же дал развернутые показания. В результате этого весь состав экзекутивы был арестован.
Всего по делу арестовано в ходе спецоперации 107 человек, из них курьеров краевой экзекутивы — 8, областных — 3, окружных и районных — 11 и содержателей конспиративных квартир — 9. Также агентурно-следственным путем вскрыты областные и районные центры по Тарнопольской, Дрогобычской, Станиславовской, Ровенской и Волынской области. Руководители оуновского подполья по Тарнопольщине (Вальчик Олег) и Дрогобычской области (Цмоц) также были арестованы.
Было установлено, что на 1 сентября численность оуновского подполья составляла 5500 человек, подчиненных единому руководству из Львова, которое подготавливало вооруженное восстание (не получилось по Волыни и Тарнопольщине — центр был перенесен во Львов).
Также является важным, что львовские эмиссары подняли вопрос об организации работы ОУН на территории Восточной Украины. Бандера же собирался втянуть в ОУН Президента АН УССР А.А. Богомольца.
По результатам разработки дела установлено нахождение складов с оружием. По показаниям арестованных проходило 206 человек.
Параллельно в связи с разгромом Львовской экзекутивы вскрывалась Ровенская областная организация (ряд руководителей арестовано, началась агентурная разработка фигурантов), Дрогобычская окружная экзекутива (арестовано 85 человек, изъято оружие), Станиславовская окружная экзекутива (арестовано 97 человек, изъято оружие, печатные аппараты, директивы ОУН) и часть организации по Тарнопольской области.