За год своего формирования, подразделения УПА успели подготовить значительные материальные запасы, организовать систему складов оружия и продовольствия, наладить систему связи, сформировать невоенные снабженческие структуры, ориентированные на местное население — фактически, организовать мощную базу на территориальной основе для последующей партизанской войны на подконтрольной территории. По приказу оуновского руководства данная база была «наполнена» личным составом полицейских батальонов, которые уходили «в лес», также в структуры УПА влились остатки разгромленной ваффен-гренадерской дивизии СС «Галичина» и отдельные подразделения охранных полков СС и полицейских частей СД. Кроме того, проводились широкие вербовочные и мобилизационные (в том числе и принудительные, под угрозой смерти близких) мероприятия с целью привлечь под знамена борьбы «за свободную и независимую Украину» местное население и военнопленных.
Таким образом, Советской власти на Западной Украине противостояла достаточно мощная, хорошо законспирированная и вооруженная, опытная разветвленная подпольно-партизанская структура, готовая бороться с «Совитами» до последней капли крови — чужой крови, естественно.
Началась крайне жестокая и кровавая партизанская война.
Однако прежде, чем описывать непосредственно боевые операции против УПА, необходимо вкратце охарактеризовать состав и структуру органов государственной безопасности СССР и войск, непосредственно принимавших участие в разгроме ОУНовских банд. Наиболее целесообразно сделать это во временном аспекте, чтобы непосредственно представлять себе динамику развития как органов госбезопасности, так и войск НКВД. Такой подход значительно упростит видение их сильных и слабых сторон и поможет выяснить причины как побед, так и неудач.
Начало Великой Отечественной войны остро поставило вопрос о мобилизации всех сил и средств на борьбу с оккупантами, что автоматически предрешало создание чрезвычайных органов с соответствующими чрезвычайными полномочиями. Поэтому 30 июня 1941 г. совместным постановлением Президиума Верховного Совета СССР, Совнаркома и ЦК ВКП(б) был создан Государственный Комитет Обороны (ГКО), в состав которого вошел также нарком внутренних дел Л.П. Берия.
Помимо этого встал вопрос о создании единого центра координации органов госбезопасности и войск НКВД. Сначала эту функцию выполняли специальные Оперативные штабы, в состав которых входили представители НКВД, НКГБ и начальники управления пограничных и оперативных войск НКВД. Позднее, на основании Указа Президиума ВС СССР НКВД и НКГБ были объединены в единый Наркомат внутренних дел.
Отступление советских частей обусловило также крайне тяжелое положение в тыловых районах действующих фронтов. В связи с этим, приказом № 001376-9 от 25.06.1941 войска НКВД должны были обеспечивать охрану тыла с созданием соответствующих управлений по охране тыла армий и фронтов. Однако армейские управления часто дублировали функции фронтовых и вскоре были расформированы. В оперативное подчинение начальникам войск по охране тыла были переданы части пограничных войск, оперативных войск НКВД, войск по охране железнодорожных сооружений, промышленных сооружений и конвойных войск. 8 июля 1941 г. был создан Штаб войск НКВД.
Первоначально надежную охрану тыла наладить не удавалось. Одной из главных причин было то, что по решению армейского командования войска НКВД неоднократно привлекались к выполнению боевых задач как обычные армейские подразделения. Также на базе войск НКВД (особенно погранвойск) формировались армейские части, которые сразу же бросались в бой. Это часто приводило к большим и необоснованным потерям среди личного состава последних.
Такое положение вызвало соответствующую реакцию высшего руководства СССР, которое прекрасно понимало специфику работы внутренних войск, а также то, что устойчивый тыл во многом обеспечивает устойчивость фронтовых частей. 15 декабря 1941 г. решением Ставки Верховного Главнокомандования все части войск НКВД передавались из армий назад в подчинение наркомата внутренних дел.
Однако, к сожалению, в дальнейшем практика передачи военнослужащих НКВД в армейские части и формирования армейских частей на базе войск НКВД не прекратилась. В частности, создаваемая по Постановлению ГКО от 14.10.42 г. единственная 70-я отдельная армия войск НКВД была в феврале 1943 г. передана в состав Красной Армии.