После освобождения советской территории от оккупантов встал вопрос об организации гарнизонной службы в населенных пунктах, взятия под охрану стратегических объектов и коммуникаций и оказания помощи в организации органов власти и управления. Постановлением ГКО от 4.01.1942 г. эти функции также возлагались на войска НКВД, а детализировались приказом по Наркомату внутренних дел от 5.01.1942. Подразделения внутренних войск передвигались вслед за армейскими боевыми порядками и должны были в течение 3–4 часов после освобождения населенного пункта взять под охрану важнейшие объекты, обеспечить помощь органам внутренних дел по борьбе со шпионами и диверсантами, организовать патрулирование и проверку документов, контрольно-пропускные пункты, выявление заминированных объектов и их разминирование, сбор и изъятие оружия.
В 1944 г. в связи с освобождением Западной Украины и выходом на государственную границу СССР на войска по охране тыла также были возложены функции по охране западной границы. Это привело к конфликту между Наркоматом обороны и НКВД — руководство органов внутренних дел потребовало снять пограничные полки с охраны тыла и дислоцировать их для охраны госграницы. Военное ведомство старалось сохранить существующий статус-кво. ГКО, по большей части, стал на сторону военных и Постановлением № 5584сс от 8.04.1944 обязал НКВД сформировать управления пограничных войск западных округов и 34 пограничных отряда за счет части войск по охране тыла, южных и восточных пограничных округов и других родов войск НКВД. Впоследствии, на конец 1944 г. численность отрядов увеличилась до 44.
На Украине было организовано три пограничных округа: Украинский под командованием генерал-майора П.В. Бурмака в составе 2, 88, 89, 90, 93, 98 и 104 погранотрядов (в сентябре 1944 г. для борьбы с УПА округу был придан 42 мотострелковый полк НКВД, резервный погранотряд и 6 авиационный полк); Прикарпатский под командованием генерал-майора Д.И. Демишина в составе 13, 24, 27, 31, 33 и 87 погранотрядов; Черноморский под командованием генерал-майора Н.З. Киселева в составе 26, 79 и 105 погранотрядов.
Сложность обстановки на украинском участке границы обуславливалась не только боевыми действиями с УПА, но также и отсутствием соглашений о демаркации границы между соседними государствами (по причине отсутствия таковых). Граница, по сути, охранялась только с советской стороны, и на ней невозможно было оборудовать нормальные инженерные сооружения (даже пограничные знаки были временные). В связи с этим наркомат внутренних дел разработал отдельную Инструкцию пограничным войскам по охране пограничной полосы между СССР и Польшей, в которой на погранвойска, помимо охраны госграницы и предотвращения ее нарушения, предписывалось также выявлять и ликвидировать националистические вооруженные формирования и организации в пограничной полосе, вплоть до разрешения преследования их на территории Польши и Румынии.
Также в пограничных округах организовывались бригады содействия погранвойскам, в частности по Украинскому было создано 209 таких бригад общей численностью 2341 человек, с помощью которых было задержано 76 нарушителей и разгромлено 3 бандгруппы.
Помимо этого следует отметить, что к борьбе с националистическими вооруженными формированиями временно привлекали не только подразделения, дислоцировавшиеся на территории Украины, но и подразделения Внутренних Войск из других районов СССР. В частности на территории Украины в 1944 году действовали:
Дивизии:
Орджоникидзевская стрелковая дивизия (сд) (позднее 9 сд) — место дислокации г. Луцк, участие в боевых операциях 23.03–13.04.1944, боевые операции по Волынской области.
Сухумская сд (позднее 10 сд) — г. Сарны, 26.03–13.04.1944, Ровенская область и западные области Белоруссии.
32 дивизия войск НКВД по охране железных дорог — г. Львов, 15.04.1944 — 15.05.1946, Львовская обл.
Бригады:
16 стрелковая бригада (сб) ВВ НКВД — г. Сарны, январь-март и август-октябрь 1944 г., Ровенская обл.
18 сб — г. Киев, 10.06–31.10.1944, Волынская и Львовская обл.
19 сб — г. Станислав, 26.03.1944 — 10.10.1945, Станиславская обл.
20 сб — гг. Костополь, Кременец, с марта по октябрь 1944 г., Ровенская и Тернопольская обл.
21 сб — гг. Острог и Копычинцы, 24.03.1944 — 10.10.1945, Ровенская и Тернопольская обл.
24 сб — гг. Ровно, Дубно, 2.03.1944 — 10.10.1945, Ровенская обл.
25 сб — гг. Жовкив и Рогатин, 26.08.1944 — 15.10.1945, Станиславская обл.
Также в разное время за период 1.01.1944 — 31.12.1951 привлекались около 100 отдельных полков ВВ НКВД-МВД-МГБ, 12 отрядов, около 50 отдельных батальонов, 2 маневренные группы, 6 школ сержантского состава, курсанты Ленинградского, Орджоникидзевского и Саратовского военных училищ МВД СССР и слушатели Московской пограншколы усовершенствования офицерского состава.
Что представляли собой советские органы государственной безопасности необходимо также кратко охарактеризовать и во временном аспекте.