20 июля 1941 г. в связи с необходимостью координации всех спецслужб в условиях военного времени, Наркоматы внутренних дел и государственной безопасности были объединены в один Наркомат внутренних дел под руководством Л.П. Берия. Напомним, что непосредственно борьба с националистическим подпольем в системе НКВД возлагалась на отделы по борьбе с бандитизмом (ОББ). Приказом НКВД СССР № 001414 от 30.09.1941 г. в системе наркомата ОББ был реорганизован в самостоятельный отдел (до этого он находился в структуре Главного Управления Милиции, которое курировал замнаркома И.А. Серов). Начальником ОББ был назначен С.А. Клепов, а с 20.07.1942 — М.А. Завгородний, 24.04.1943 его сменил В.А. Дроздов, а 13.09.1943 г. начальником ОББ был назначен А.М. Леонтьев. Отдел состоял из трех отделений, второе из которых во главе с Г.С. Стариновым курировало УССР.
В Наркомате внутренних дел УССР было организовано соответствующее отделение по борьбе с бандитизмом. При проведении отделением операций по ликвидации бандформирований должны были привлекаться силы истребительных батальонов, войск НКВД и милиции.
12 декабря 1941 г. в связи с разгромом немецко-фашистских войск под Москвой вышел приказ № 001683, в котором начальникам прифронтовых УНКВД ставилась задача по организации органов внутренних дел на освобожденных территориях. Также отдельно такие задачи ставились директивой № 33881/СВ НКВД УССР, в которой указывалось, что необходимо «…иметь в виду возможность оставления немцами на нелегальном положении своей агентуры из оуновцев-западников, украинских националистов других районов УССР…».
18 февраля 1942 г. выходит указание НКВД СССР № 64 о задачах и постановке оперативно-чекистской работы на освобожденной территории, в которой предписывалось устанавливать и брать на учет «…участников контрреволюционных белогвардейских и националистических организаций, созданных немцами… участников созданных немцами банд, которые использовались для охраны населенных пунктов, выполнения карательных и реквизиционных функций, выявления и задержания партизан и военнослужащих Красной Армии, бежавших из плена и вышедших из окружения, а также для бандитских налетов в нашем тылу…». Выявленных лиц надлежало немедленно арестовывать.
Следует отметить, что создаваемые для выполнения этих задач оперативно-чекистские группы являлись самостоятельными оперативными единицами, возглавляемыми руководством НКВД СССР или республиканских наркоматов. Для работы на определенной территории они готовились заранее и тесно взаимодействовали с существующими территориальными органами внутренних дел и особыми отделами НКВД. В состав групп входили опытные следователи и оперативные работники. Позднее, обобщив опыт работы войск по охране тыла, руководство органов внутренних дел предписывало создавать также и оперативно-разведывательные группы в составе командира-разведчика, строевого командира и 12–17 бойцов-пограничников. В задачу этих групп входило выявление и изъятие шпионов, диверсантов и бандгрупп непосредственно в оперативном тылу войск.
1 июня 1942 г приказом НКВД СССР № 001124 было утверждено положение о четвертом управлении НКВД СССР и четвертых отделах НКВД-УНКВД республик, краев и областей. В частности, отделы должны были руководить и организовывать агентурно-оперативную работу в тылу врага и заниматься сбором военно-политической информации о положении на оккупированной территории, в том числе и об антисоветской деятельности различных политических объединений. Четвертое управление НКВД СССР возглавил Павел Анатольевич Судоплатов.
11 декабря 1942 г. вышла директива НКВД СССР № 558, которой особым отделам фронтов и армий приказывалось собирать подробнейшую информацию о «национальных формированиях», создаваемых немцами. Имеющиеся материалы, в частности об «украинских батальонах» приказывалось до 10 января 1943 г. передать в управления особых отделов, появляющиеся новые материалы регулярно передавать туда же.
В связи с освобождением оккупированных территорий круг задач, поставленных перед органами внутренних дел, значительно расширился. Объединенное управление внутренними войсками, органами внутренних дел и государственной безопасности стало нецелесообразным. Поэтому 14 апреля 1943 г. Наркомат внутренних дел был разделен на два наркомата — внутренних дел под руководством Л.П. Берия и государственной безопасности под руководством В.Н. Меркулова.
На НКГБ были возложены обязанности по ведению разведывательной работы за границей, борьба с деятельностью иностранных разведок на территории СССР (за исключением частей и учреждений армии и флота), борьба с антисоветскими элементами и проявлениями, а также охрана руководящих кадров ВКП(б) и правительства. В связи с этим в НКГБ передавалось 4-е управление и 4 отделы на местах и Транспортное управление (реорганизовано в 3-е Управление НКГБ) и отделы. Также во 2-е Управление НКГБ были объединены Контрразведывательное, Секретно-политическое и Экономическое управления. Внутренние войска и ОББ оставались в системе НКВД.