24 февраля из России в Порт-Артур прибыл новый командующий русской Тихоокеанской эскадрой вице-адмирал С. О. Макаров. Он сразу же предпринял серию вылазок против осуществляющих блокаду японских крейсеров, избегая столкновений с броненосцами вице-адмирала Того. Однако 31 марта во время возвращения в порт флагманский броненосец адмирала Макарова «Петропавловск», наскочив на японскую мину, затонул почти со всем экипажем. Гибель адмирала Макарова явилась настоящим бедствием для судьбы Порт-Артура. Русское командование было деморализовано, а корабли российской Тихоокеанской эскадры стали трусливо отсиживаться на внутреннем рейде Порт-Артура. В результате наш флот в самый важный период борьбы, когда сосредотачивались японские войска, не оказал им никакого сопротивления. При высадке японцев вблизи Порт-Артура русские корабли не делали даже попыток помешать этим операциям. Результаты такого преступного бездействия флота имели катастрофические последствия для хода всей русско-японской войны.
В итоге вместо предполагаемой высадки японских войск в Корее (с последующим тяжелейшим переходом их в Маньчжурию), они совершенно спокойно высадили три армии на Ляодунском полуострове, в непосредственной близости от Порт-Артура. При этом противник практически без боя захватил почему-то оставленный нашими войсками в целостности и сохранности порт Дальний (ныне Далянь), который под самым носом русских стал интенсивно использоваться для снабжения своих войск в Маньчжурии.
Здесь надо отметить, что порт Дальний был построен по настоянию Витте для обеспечения торговых операций в Маньчжурии. При строительстве этого торгового порта использовались ресурсы, которые были крайне необходимы для окончания строительства и оборудования крепости Порт-Артур. Именно в результате всех этих махинаций Витте, к началу русско-японской войны Порт-Артур фактически не был готов к войне и длительной осаде крепости.
В июне — июле японские армии развивали концентрическое наступление на Ляоян. Русские войска, после ряда неудачных для них схваток, в начале августа заняли оборонительные позиции на дальних подступах к Ляояну. Однако в Ляоянском сражении, состоявшемся 24 августа — 3 сентября, Куропаткин не сумел использовать сложившуюся благоприятную обстановку, дававшую ему реальные шансы на победу, а отдал приказ об отступлении на север. При этом командующий маньчжурской армией, памятуя о разгроме Наполеона в России, утверждал, что «чем дальше заберутся японцы, тем лучше!».
К середине сентября русская армия в Маньчжурии усилилась до 195 тыс. штыков, 19 тыс. сабель, 758 орудий и 12 пулеметов (против 150 тысяч штыков и сабель, 648 орудий и 18 пулеметов в японских армиях). Это позволило русским войскам перейти в контрнаступление на реке Шахэ, продолжавшееся с 5 по 17 октября, которое, к сожалению, закончилось безрезультатно. Обессиленные тяжелыми потерями, противники перешли к обороне.
Тем временем японское командование прилагало все усилия, чтобы быстрее овладеть Порт-Артуром и уничтожить русскую эскадру, но неоднократные штурмы были отражены героически оборонявшимся русским гарнизоном. Порт-Артурская эскадра, которой грозило уничтожение, дважды безуспешно пыталась прорваться во Владивосток, но после боя в Желтом море была вынуждена вернуться в Порт-Артур в ослабленном составе. Тем временем 2 января 1905 г. начальник Квантунского укрепленного района генерал А. М. Стессель предательски сдал крепость, явно не исчерпав еще возможностей ее обороны.
Героическая оборона Порт-Артура отвлекла около 200 тыс. японских солдат с маньчжурского стратегического направления. Захват же Порт-Артура позволил японскому командованию перебросить 3-ю армию на усиление своих главных сил, а флот получил время для подготовки к встрече со 2-й русской Тихоокеанской эскадрой, вышедшей 15 октября 1904 г. из порта Либавы.
После капитуляции Порт-Артура и переброски сил 3-й японской армии в район Мукдена (ныне Шэньян) стратегическая ситуация русской армии на главном направлении сражений значительно ухудшилась. И хотя силы русской армии все же несколько превосходили силы японцев, тем не менее они явно уступали своему противнику в боевой готовности и грамотности командного состава всех уровней.
Японцы упредили наступление русских войск и в ночь на 6 февраля перешли в наступление, оттеснив русский Цинхэчэнский отряд к Далинскому перешейку, а затем в наступление перешла 1-я японская армия генерала Куроки, которая с ходу не смогла прорвать оборону 1-й русской армии генерала Линевича. Куропаткин, считая, что именно здесь противник наносит главный удар, уже 12 февраля направил почти все резервы на поддержку 1-й армии и Цинхэчэнского отряда.
Однако 13 февраля начала наступление 3-я японская армия генерала Ноги, а 16 февраля 2-я японская армия генерала Оку. И лишь 16 февраля, когда выяснилась угроза обхода правого крыла русского фронта, Куропаткин приказал 1-й армии вернуть направленные ей подкрепления для прикрытия Мукдена, а 2-й армии генерала Н. В. Каульбарса было приказано нанести контрудар.