В начале 2001 года
, когда Кремль повел решительную атаку на медиаактивы Владимира Гусинского и в итоге отнял их у него, передав в ОАО «Газпром», Парфенов принял сторону Кремля. Он отмежевался от своих коллег-энтэвэшников, защищавших Гусинского, уволился с ТВ и даже опубликовал в газете «Коммерсантъ» письмо, где назвал своих коллег «заложниками политики». За этот шаг многие журналисты осудили Парфенова. Он же, как только НТВ перешло под контроль «Газпрома», вернулся туда и возобновил выпуск передачи «Намедни», а также возглавил программу «Сегодня в мире». Однако по-настоящему развернуться в новом качестве Парфенову не удалось. И в конце мая 2004 года он сам стал «заложником политики», оказавшись замешанным в громкий скандал, который поставил крест на его телевизионной карьере. Что же произошло?Камнем преткновения в этом скандале стала большая политика. В то время Президент России В. Путин, придя на второй срок, начал активно закручивать гайки в информационной политике Кремля, результатом чего стало негласное возрождение цензуры в СМИ. Под этот каток и суждено было угодить Парфенову, который на свой страх и риск решил показать в «Намедни» сюжет об убийстве в Катаре российскими спецслужбами бывшего президента Ичкерии Зелимхана Яндарбиева. Что из этого вышло рассказывает журналист Алина Ребель:
«В «Намедни» должен был появиться сюжет журналистки Елены Самойловой под названием «Выйти замуж за Зелимхана». В нем вдова бывшего президента Ичкерии Зелимхана Яндарбиева рассказывала о том, как выглядит Анатолий Яблоков (обвиняемый в убийстве ее мужа), как отнесся к осиротевшей семье президента катарский эмир Хамад Аль-Тани. Но увидеть сюжет зрителям так и не довелось – на дневной выпуск передачи, который транслируется в отдаленные уголки страны, пришел заместитель Сенкевича (Николай Сенкевич – генеральный директор НТВ. –
В те дни российские СМИ подробно описывали этот скандал и пытались понять логику поступка Парфенова: зачем он пошел на конфликт, рискуя увольнением. На мой взгляд, сделал это журналист вполне осознанно. Видимо, клеймо предателя, которое пристало к нему с весны 2001 года
, когда он не поддержал своих товарищей по НТВ и не ушел с канала, все сильнее угнетало его. К тому же он видел, что новое руководство НТВ все больше строит свою политику под диктовку Кремля, что только усиливало негативное отношение либерального сообщества к журналистам НТВ. В итоге Парфенов принял решение уйти с канала. Но сделать это по-тихому он не захотел, поскольку подобный поступок не смыл бы с него клеймо предателя. Тогда он сделал то, что сделал. И выиграл. Скандал получился вселенский, и либеральное сообщество тут же простило журналисту все его прошлые грехи и даже предложило ему хорошую работу: он был приглашен на пост главного редактора журнала «Русский Newsweek». Причем и с телевидением он связей не порвал, снимая для него документальные фильмы.Осенью 2006 года
должно было состояться возвращение Парфенова на ТВ в качестве ведущего: он должен был вести вместе с Аллой Пугачевой шоу «Две звезды» (Первый канал). Однако в самом конце августа, во время одной из репетиций программы случилось непредвиденное: Парфенов упал с двухметрового подиума и серьезно повредил себе ногу – сломал пяточную кость. На этом его участие в шоу было завершено.