В результате деятельность Иакова Барадея привела к посвящению двух патриархов из монофизитов, более ста тысяч священников и дьяконов. Вера его творила чудеса: он изгонял демонов, воскрешал мертвых, пророчествовал; слава о его подвигах распространилась по всему миру и далеко перешла за пределы империи. Благодаря его деятельности, большая часть Востока вернулась к вере, известной под именем «веры св. Иакова и Феодосия», и могущественные церкви Персии, Аравии, Абиссинии, Нубии принадлежали к монофизитской общине. Феодора, которая всю жизнь покровительствовала этим отдаленным церквам, которая всю жизнь энергично трудилась, подготовляя торжество монофизитов, могла быть довольной делом своих рук. Безвестный монах, которого видела она однажды во сне, окроплявший святой водою римских граждан, благочестивый отшельник, которого она некогда приняла в Константинополе и в которого уверовала, превзошел ее ожидания.
Когда в 536 году папа Агапит неожиданно скончался в Константинополе, Феодора составила смелый план воспользоваться вакантным папским престолом. В Византии жил с некоторых пор, в качестве папского нунция, некто Вигилий-дьякон. Это был честолюбивый и весьма свободных убеждений человек, способный на всевозможные компромиссы, лишь бы только достигнуть цели. Происходя из важного сенаторского рода, он уже не раз пытался овладеть троном св. Петра и добился, чтобы папа Бонифаций объявил его своим преемником. Но встретив сильное сопротивление со стороны римского духовенства, он должен был отказаться от своих планов и перенес свои надежды на Византию. Отправленный в Константинополь для дипломатических переговоров, он употребил всю свою ловкость, чтобы вкрасться в доверие Феодоры. Когда императрица, взбешенная тем, что должна была уступить настояниям Агапита, решила провести в Рим угодного ей папу, способного жить в мире с монофизитами, Вигилий, хорошо принятый при дворе, готовый на все, лишь бы добиться осуществления своих честолюбивых планов, показался ей как нельзя подходящим к той роли, которую она хотела поручить ему.
Вигилий и Феодора сразу поняли друг друга. Императрица предложила нунцию вакантный папский престол; он обещал в свою очередь, что в случае его назначения он отдает себя вполне в распоряжение Феодоры. Рассказывали, что он обещал отменить постановление Халкедонского собора, вернуть патриарший, престол Антиму, списаться с главными вождями монофизитского движения Феодосием и Севером, чтобы объявить им о своей с ними солидарности. Рассказывали также, что Феодора подкупила Вигилия. «Для того, кто хоть несколько знаком был с Вигилием, не может быть ни малейшего сомнения в его готовности обещать все», — говорит один из современных историков. Вигилий поспешно уехал в Рим, увозя с собою письма Велизарию и Антонине, содержавшие в себе некоторые распоряжения императрицы, которые рекомендовалось исполнить без всяких возражений. Очевидно в деле избрания нового папы Юстиниан предоставил полную свободу действий Феодоре, счастливый тем, что может смягчить таким образом понесенное ею поражение, а втайне, может быть, надеясь водворить с помощью нового папы единство в церкви, примирив Запад с Востоком.
Пока все это происходило в Византии, события в вечном городе шли своим чередом. Хотя Велизарий успел уже высадиться в это время в Италии, Рим находился еще в руках остготов. Король Феодот, сознавая, как важно было заручиться в это время содействием папы, назначил в это время для выборов нунция Сильвера, предполагая, что последний будет отстаивать его интересы. И, когда Вигилий прибыл в Италию, место, к которому он так стремился, было уже занято. Чтобы взойти по желанию Феодоры на папский престол, следовало предварительно столкнуть оттуда Сильвера. Это было делом не легким, тем более, что, желая заручиться расположением Константинополя, новый папа первым делом призвал в Рим императорские войска и сдал им вечный город в 536 году.
Вигилий был сражен. Феодора выказывала неудовольствие. Так как было все равно, кто сидел на папском престоле, она попыталась добиться от Сильвера тех уступок, на которые соглашался Вигилий: она обратилась к нему прежде всего с просьбой возвратить патриархат Антиму. Сильвер решительно отказал. Тогда императрица решила действовать. Велизарию послан был энергичный приказ низложить Сильвера и посадить на его место Вигилия. Полководец медлил; это поручение сильно не нравилось ему. Но Антонина, желавшая во что бы то ни стало угодить Феодоре, сумела убедить его исполнить желание императрицы и честолюбивый Вигилий, увивавшийся около Велизария, пустил в дело не менее веские аргументы. Он обещал денег и так как, кроме того, поступать против воли императрицы было не безопасно, Велизарий принял участие в заговоре против папы.