Однако Феодора никому не позволяла безнаказанно играть собою. Как раз в это время она доказала на деле, как опасно лицемерить с ней. У нее был некогда друг Арсений, человек невысокого разбора, принадлежавший к секте самаритян. Императрица обогатила его, сделала его сенатором. В момент возмущения самаритян в Палестине она охотно поддавалась его наветам на православных. Но Арсений изменил впоследствии тактику, примкнул к православным и, желая угодить императору, в бытность свою в Александрии, старался всеми силами способствовать Халкедонской реакции, во главе которой стоял патриарх Павел, преемник Феодосия. Конечно Феодора возмутилась поведением Арсения и дала ему это почувствовать. Оппозиция со стороны монофизитов не утихала в Египте. Арсений переусердствовал. Он убедил Родона, императорского префекта, казнить без суда одного из главнейших противников патриарха. Это был незаконный поступок; утонченная жестокость, с какой он был приведен в исполнение, еще усиливала ужасное впечатление. Императрица не преминула воспользоваться удобным случаем, чтобы отомстить. Арсений и Родон были арестованы, осуждены и казнены, а имущество их конфисковали. Патриарх Павел, несмотря на все его протесты, был обвинен в соучастии и предан синодальному суду. Императрица могла гордиться собою: одним ударом она низвергла ненавистного монофизитам патриарха, показала, как опасно было слишком ревностно защищать интересы православия, даже по приказанию императора, и подвергла наказанию изменившего ей друга. Вигилию также скоро довелось считаться со страстной ненавистью Феодоры и вероломный папа может быть не раз раскаялся в том, что обманул надежды Феодоры.
Наступали дни, когда, благодаря заботам императрицы, монофизитская церковь начинала возрождаться. Уже придворное духовенство в угоду императрице отыскивало почву, на которой оно могло столковаться с еретиками. Так Феодору Аскидасу, епископу, удалась отыскать среди текстов, одобренных Халкедонским собором, три пункта, Извлеченных из несторианского еретического учения, крайне ненавистного для монофизитов. Обрадованный этим открытием, с помощью которого он хотел подставить ловушку своему влиятельному врагу, нунцию Пелагию, он обратился к Юстиниану и, играя на его слабой струне, страсти к теологическим спорам, просил его рассмотреть дело. Он указывал императору, что на этой почве можно найти средство рассеять предубеждения монофизитов, и что собор, таким образом пересмотренный, может быть принят всеми. Юстиниан, который возвращался тогда под влияние Феодоры, к политике умиротворения дал уговорить себя; еретики в восторге от того, что пересмотр собора нанесет непоправимое поражение делу св. папы Льва, готовы были все, даже самые непримиримые, подать руку православным. Обсуждение «Трех глав» началось.
Тут Феодора опять принялась за Вигилия. Папа приглашен был дать свое показание относительно эдикта, которым император осудил «три пункта», и чтобы заставить его высказаться в благоприятном смысле, Юстиниан обошелся с ним довольно грубо. 22 ноября 545 года, в то время как папа служил мессу в базилике св. Цецилии в Транстевере, церковь была внезапно оцеплена солдатами, Начальник стражи, посланный императором, вошел в алтарь и приказал папе немедленно следовать за собою. Еще присутствующие не успели прийти в себя, когда Вигилий был арестован и поспешно посажен на корабль, дожидавшийся его на Тибре. Толпа на берегу тем временем увеличивалась. Верующие, последовавшие за папой, встретили его арест жалобными криками, и толпами подходили под благословение. С палубы корабля Вигилий произнес молитву. «Аминь!» — воскликнул народ. Тем временем императорский чиновник торопил с отъездом и скоро корабль начал спускаться вниз по реке. Тогда толпа, среди которой находилось много недругов папы, разразилась свистом и проклятиями. В корабль, полетели камни и палки. «Смерть тебе, горе тебе, из-за тебя страдают римляне! — кричал народ. — Да погибнешь ты там, куда тебя увозят!» Наконец корабль, уносимый течением, скрылся из глаз. Вигилий достиг порта, а оттуда поплыл в Сиракузы.