Последний раз перед усопшей повелительницей прошла в торжественной процессии вся Византия: патриарх Менас, сопровождаемый многочисленным соборным духовенством, папа Вигилий, окруженный прелатами и епископами, сенат в парадных одеждах, патриции, сановники, войска, длинный ряд патрицианок — жен префектов, консулов, квесторов, придворных и свитских дам. Великая процессия замыкалась принцами крови и самим Юстинианом, который плакал, уничтоженный горем потери — непоправимой, как он не без основания думал. Он принес последний подарок обожаемой им женщине: бесценные алмазы, дорогие, шитые золотом и драгоценными камнями ткани, которые должны были быть положены в могилу Феодоры, как последнее воспоминание о той роскоши и величии, которые она так любила при жизни. И, заключив в свои объятия безжизненное тело императрицы, старый базилевс рыдая прощался с Феодорой.
Потом, по знаку Юстиниана, сановники приподняли ложе покойной и главный распорядитель похорон, приблизясь к телу, воскликнул, согласно церемониалу три риза: «Удались отсюда, повелительница, Царь царей и Господь господствующих призывает тебя». И за гробом в последний раз потянулась вся процессия. Под портиками Августеона толпа в траурных одеждах ожидала кортеж; на дверях, на террасах, в окнах домов толпились женщины с распущенными волосами, рыдавшие громко или молчаливо обливавшиеся слезами. По улицам, посыпанным Золотистым песком, в облаках кадильного дыма, между несметным скопищем народа, торжественная процессия продвигалась медленно и величаво. Пение священников и псалмы смешивались с рыданьями толпы, со звуками серебряных труб. Миллионы свечей образовали над процессией огненный круг. Печальный кортеж проследовал в церковь св. Апостолов, к месту последнего упокоения Феодоры.
В базилике совершена была торжественная погребальная литургия; снова церемониймейстер, приблизясь к бездыханному телу, воскликнул: «Войди в недра упокоения, повелительница. Царь царствующих и Господь, господствующих призывает тебя!» Затем с головы императрицы сняли золотую корону и заменили ее пурпурной повязкой. Наконец в приготовленную Феодорой для себя мраморную гробницу опустили ее золотой тяжелый гроб.
Когда весть о кончине грозной повелительницы распространилась по империи — все, гонимые ею при жизни, воспрянули духом. Иоанн Каппадокийский вернулся в Константинополь, льстя себя надеждой вновь приобрести доверие Юстиниана; Артабан, ненавидевший жену, навязанную ему Феодорой, рассчитывал, что настал благоприятный момент отомстить императору, и составил заговор против него; Германос и его сыновья, взволнованные, обрадованные, решили, что пришел час, когда они могут восстановить свое утраченное значение. Даже Антонина, фаворитка Феодоры, мгновенно забыла свою покровительницу и уже искала новой поддержки. Согласно всеобщему убеждению, смерть императрицы должна была повести к полнейшей перемене политики, и уже православные заводили интриги, побуждая императора принять строгие меры против монофизитов, ошеломленных смертью их покровительницы. Уже поговаривали о том, что пора очистить священный дворец от святотатственного присутствия еретических монахов; уже побуждали императора силой заставить еретиков признать постановление Халкедонского собора; раз императрица умерла — монофизиты, которые слишком зазнались благодаря ее доброте, должны были быть уничтожены за то, что осмеливались противиться распоряжениям императора.
Но враги Феодоры забыли о глубокой любви, которую Юстиниан питал к Феодоре, о слишком укоренившейся в его душу привычке повиноваться ее советам или не знали также о том, что умирая она завещала императору свою последнюю волю и поручила его доброте всех, кто любил ее и верно ей служил. «Стремясь согласовать все свои поступки с волей своей покойной жены, — говорит один из историков, — базилевс упорно придерживался ее намерений и ее политических взглядов и не изменил ее друзьям и советникам. Иоанн Каппадокийский, несмотря на все усилия; не вернул расположения императора; Велизарий, несмотря на все свои услуги, остался под подозрением; Петр Барцимес и Нарзес сохранили милость Юстиниана; Антонина, в память покойной, сохранила все свое влияние при дворе; Германос и его сыновья действительно выиграли от смерти Феодоры, но фаворитом старого императора остался из принцев крови только Юстин, женатый на племяннице Феодоры и предназначенный ею в наследники византийского престола.
В делах религии Юстиниан не менее слепо следовал предначертаниям Феодоры. Когда в ее гинекее обнаружен был патриарх Антим, император отнесся к нему чрезвычайно милостиво, и ко всеобщему изумлению главные вожди монофизитов приняты были с почетом при дворе, и император обсуждал с ними средства восстановить мир в церкви. До последнего дня Юстиниан стремился осуществить примирительные замыслы Феодоры. Император не переставал созывать соборы и устраивать теологические совещания, и если усилия его ни к чему не привели, они доказали все же, насколько он предан был намерениям усопшей.