Главной силой, использованной В. Шуйским для идеологического воздействия на массы, была церковь. Особенно непримиримую позицию по отношению к восстанию Болотникова занимал патриарх Гермоген, грамоты которого, рассылавшиеся патриархом из Москвы во время осады ее Болотниковым, являются ярким памятником борьбы церкви против восстания. В этих грамотах, призывавших «всех православных христиан» на борьбу с Болотниковым, делалась попытка изобразить участников восстания Болотникова как людей, которые «отступили от бога и от православный веры и повинулись сатане и дьяволским четам», а Василия Шуйского — как «воистину свята и праведна истиннаго крестьянского (т. е. „христианского“) царя». Наибольшего размаха идеологическая деятельность церкви достигла к середине октября 1606 г., когда положение внутри осажденной Москвы было особенно острым. Именно в этот момент появляется написанная протопопом Благовещенского собора в Кремле Терентием «Повесть о видении некоему мужу духовному», изображавшая восстание Болотникова как проявление божьего гнева, как наказание, посланное богом за грехи общества, и объявлявшая единственным путем спасения всенародное покаяние, прекращение «межусобной брани» и объединение всего народа вокруг царя. «Повесть» протопопа Терентия была использована правительством В. Шуйского для развертывания грандиозной агитационной кампании с церковными церемониями и молениями о том, чтобы «господь бог отвратил свой праведный гнев и послал бы милость свою на град свой святой и на люди своя во граде сем, не предал бы в руце врагом и злым разбойником и кровоядцем».
Особое место в политике В. Шуйского занимала борьба за разложение сил, восставших изнутри, путем политической интриги. Возможность такой интриги крылась в самом составе лагеря Болотникова. Наличие в войсках Болотникова столь разнородных в социальном отношении групп, как крепостные крестьяне и холопы, с одной стороны, дворянско-помещичьи отряды — с другой, делало неминуемым рост классовых противоречий и борьбы внутри войска Болотникова. Эти противоречия делались все более острыми, по мере того как расширялся размах восстания Болотникова и определялась его социальная программа. Грамоты Болотникова с призывом к холопам восстать против господ были столь же неприемлемы для дворянских элементов внутри лагеря Болотникова, как и для дворян вообще. Все это создавало благоприятную почву для завязывания тайных сношений В. Шуйского с отдельными военачальниками из войска Болотникова — сношений, имевших целью подготовить разрыв этих лиц с Болотниковым и переход их в лагерь В. Шуйского. Итогом действий Шуйского по разложению лагеря Болотникова явились «измены» — сначала Г. Сумбулова и П. Ляпунова, перешедших с своим отрядом на сторону В. Шуйского, а затем — Истомы Пашкова, также «изменившего» Болотникову и превратившегося из одного из руководителей восстания в его врага.
Центр войска Болотникова находился в селе Коломенском. Именно здесь был устроен укрепленный лагерь, называемый в русских источниках «острогом», а в иностранных источниках — «шанцами» или «обозом». Другим центром сосредоточения войск восставших было село Заборье (точное местонахождение села Заборья пока не установлено).
Исаак Масса подробно рассказывает о том, как был устроен лагерь в селе Заборье. После занятия войском Болотникова села Заборья его «тотчас укрепили шанцами». Кроме того, у войска восставших «было несколько сот саней, и поставили их в два и в три ряда одни на другие, и плотно набили сеном и соломою, и несколько раз полили водою, так что все смерзлось, как камень». По-видимому, и лагерь в селе Коломенском представлял собой сочетание земляных укреплений («шанцев») с «обозом» в собственном смысле слова, т. е. укреплением, образованным из повозок или саней, поставленных рядами вокруг лагеря и преграждавших таким образом доступ в него.
Важнейшим моментом, определявшим стратегическую обстановку под Москвой во время осады ее Болотниковым, являлось то, что осадившие Москву войска не блокировали полностью город, что давало возможность правительству Василия Шуйского получать подкрепления войсками и припасами. Новый план Болотникова заключался в том, чтобы перерезать дорогу, ведшую из Москвы в Ярославль, замкнуть окружение Москвы с севера и таким образом установить ее полную блокаду. Осуществление этого плана началось 26 ноября, когда отряды восставших перешли через Москву-реку и продвинулись к Рогожской слободе, а другой отряд, под начальством И. Пашкова, посланный для захвата Ярославской и Вологодской дорог, занял Красное село.