Бесчисленные трудности при вербовке и подготовке «вервольфов» были вызваны отсутствием у «Вервольфа» устойчивой бюрократической основы. К концу войны стало очевидно, что эта организация не могла эффективно действовать, не имея определенного патронажа какой-либо военной или военизированной организации. Только в этом случае «Вервольф» мог получить необходимые ресурсы, за которые в последние годы войны в Германии шла ожесточенная бюрократическая война. Гиммлер, весьма преуспевший в аппаратных боях, сразу же обратил внимание на это обстоятельство. В ноябре 1944 года рейхсфюрер СС проводил совещание с руководством РСХА, в ходе которого предложил передать «Вервольф» под контроль Скорцени. По мнению Гиммлера это сохранило бы контроль СС над «вервольфами». Прюцману, присутствовавшему при этом, оставалось только полагаться на судьбу. Скорцени вежливо отклонил предложение своего шефа, сославшись на то, что у него и без того хватало работы. В действительности «диверсант № 1» отказался по причине того, что не считал «Вервольф» эффективным инструментом. На практике же «вервольфы» были активно вовлечены в деятельность по запугиванию населения и убийству политически неугодных деятелей. В октябре 1944 года Гиммлер подписал декрет, в котором любым чиновникам, оказавшимся на оккупированной территории, под страхом смерти запрещалось сотрудничать с противником. Хотя в этом декрете немецким чиновникам предписывалось выполнение своих обязанностей, в частности помощь немецкому населению. Вслед за этим декретом последовал приказ об уничтожении всех предателей, «решившихся на сотрудничество с врагом».
Однако террор, запугивание и контроль над населением недолго оставались темами, волновавшими Гиммлера. Когда к осени 1944 года войска западных союзников освободили от немцев почти всю территорию Франции, западные границы рейха оказались под ударом. В это время Гиммлер получил новое задание. В ноябре 1944 года он был назначен командующим группой армий «Верхний Рейн». Его задача состояла в том, чтобы в оперативном порядке создать подобие оборонительного рубежа из наспех собранных частей резервной армии, подразделений фольксштурма, отрядов пограничной охраны и полиции. На первой неделе января 1945 года соединения группы армий «Верхний Рейн» оказали тактическую поддержку группе армий Г, которая в ходе операции «Северный ветер» должна была совершить отвлекающее наступление. Целью этой операции был отход немецких войск после провала Арденнского наступления. В целом соединения группы армий «Верхний Рейн» предприняли три наступления, однако ни в одном из них не смогли добиться успеха. В журналах боевых действий фактически не осталось никаких записей, которые позволили бы оценить или хотя бы характеризовать деятельность Генриха Гиммлера в качестве командующего.
В конце 1944 года штаб-квартира Генриха Гиммлера располагалась в его специальном поезде, который стоял на вокзале Триберг в Шварцвальде. Главное преимущество этого подвижного офиса заключалось в том, что в случае бомбардировок он мог укрыться в безопасных железнодорожных тоннелях. 21 января 1945 года Гиммлер на своем поезде направился в Шнайдемюль, где ему предстояло приступить к выполнению нового задания. На этот раз Гитлер назначил главу СС командующим группой армий «Висла». В те дни Геббельс записал в своем дневнике, что это решение было продиктовано целым рядом обстоятельств. «Общевойсковые соединения, которые откатывались под ударами Советов, были склонны к разложению. Здесь требовалась сильная рука, чтобы вновь их превратить в боевые части». Если верить дневникам Геббельса, то в то время «фюрер был исключительно доволен деятельностью Гиммлера», а потому выбор пал именно на него. («Он идеально подходит для выполнения этого задания».) Осознавая, насколько увеличилось влияние Гиммлера, Геббельс предложил сделать его главнокомандующим. Однако Гитлер не был готов поделиться властью, «до тех пор пока Гиммлер не окажется пригодным для выполнения больших оперативных заданий». Можно предположить, что назначение на пост командующего армиями «Висла» было своего рода экзаменом.