В основу учебных курсов для «вервольфов» (как ни парадоксально это прозвучит) был положен перевод советского «Руководства для партизана», написанного в начале войны. В Германии эта книга вышла под названием «Советы вервольфу». В ходе этого скоротечного инструктажа будущие «вервольфы» изучали методы саботажа, азбуку Морзе, способы беспроволочной передачи информации, технологии убийств. К этим специфическим «дисциплинам» добавлялись усиленные тренировки, повышение выносливости. Женщины, завербованные в «Вервольф», проходили специальное обучение, чтобы действовать в качестве разведчиц. Им рекомендовалось устраиваться в оккупационные органы власти в качестве секретарш или обслуживающего персонала. Каждый будущий «вервольф» лишался всех персональных документов. Его личность фактически стирали. Это должно было помешать их идентификации контрразведкой союзников в случае провала. Этот шаг имел еще и психологическую сторону — человек как бы лишался личности, а став частью тайной организации, он жил только во имя выполнения своей цели. Собственно «вервольфами» рекруты становились после того, как подписывали бумагу, которая больше напоминала клятву. В ней рекрут просил принять его в «Вервольф». Он соглашался с тем, что любые его проступки карались смертью. В качестве таковых могли быть и попытка дезертировать, и сдача в плен противнику, и т. д. Интересен тот факт, что второй стороной, подписавшей бумаги, являлся рейхсфюрер СС Генрих Гиммлер. То есть «вервольфы» присягали не на верность итлеру, но непосредственно организации, давая «обет» национальному сопротивлению.
Бесчисленные трудности при вербовке и подготовке «вервольфов» были вызваны отсутствием у «Вервольфа» устойчивой бюрократической основы. К концу войны стало очевидно, что эта организация не могла эффективно действовать, не имея определенного патронажа какой-либо военной или военизированной организации. Только в этом случае «Вервольф» мог получить необходимые ресурсы, за которые в последние годы войны в Германии шла ожесточенная бюрократическая война. Гиммлер, весьма преуспевший в аппаратных боях, сразу же обратил внимание на это обстоятельство. В ноябре 1944 года рейхсфюрер СС проводил совещание с руководством РСХА, в ходе которого предложил передать «Вервольф» под контроль Скорцени. По мнению Гиммлера это сохранило бы контроль СС над «вервольфами». Прюцману, присутствовавшему при этом, оставалось только полагаться на судьбу. Скорцени вежливо отклонил предложение своего шефа, сославшись на то, что у него и без того хватало работы. В действительности «диверсант № 1» отказался по причине того, что не считал «Вервольф» эффективным инструментом. На практике же «вервольфы» были активно вовлечены в деятельность по запугиванию населения и убийству политически неугодных деятелей. В октябре 1944 года Гиммлер подписал декрет, в котором любым чиновникам, оказавшимся на оккупированной территории, под страхом смерти запрещалось сотрудничать с противником. Хотя в этом декрете немецким чиновникам предписывалось выполнение своих обязанностей, в частности помощь немецкому населению. Вслед за этим декретом последовал приказ об уничтожении всех предателей, «решившихся на сотрудничество с врагом».
Однако террор, запугивание и контроль над населением недолго оставались темами, волновавшими Гиммлера. Когда к осени 1944 года войска западных союзников освободили от немцев почти всю территорию Франции, западные границы рейха оказались под ударом. В это время Гиммлер получил новое задание. В ноябре 1944 года он был назначен командующим группой армий «Верхний Рейн». Его задача состояла в том, чтобы в оперативном порядке создать подобие оборонительного рубежа из наспех собранных частей резервной армии, подразделений фольксштурма, отрядов пограничной охраны и полиции. На первой неделе января 1945 года соединения группы армий «Верхний Рейн» оказали тактическую поддержку группе армий Г, которая в ходе операции «Северный ветер» должна была совершить отвлекающее наступление. Целью этой операции был отход немецких войск после провала Арденнского наступления. В целом соединения группы армий «Верхний Рейн» предприняли три наступления, однако ни в одном из них не смогли добиться успеха. В журналах боевых действий фактически не осталось никаких записей, которые позволили бы оценить или хотя бы характеризовать деятельность Генриха Гиммлера в качестве командующего.