Последний же, в задачи которого по большей части входил сбор сведений именно военного характера, значительно активизировал свою работу против Советского Союза после окончания войны с Польшей и получения Германией единой с СССР госграницы. Усилилась она с лета 1940 года, когда Гитлер принял решение отказаться от захвата Британских островов и сконцентрировать усилия на восточном направлении. Впрочем, операция «Морской лев» продолжала до самого начала войны на Востоке оставаться некой дезинформирующей ширмой не только для советских спецслужб и Сталина, но и для собственно немецких солдат, которым их сосредоточение на границах с СССР преподносилось в качестве временного отхода в тыл для дальнейшего решительного броска на Запад, а далее на десантных кораблях в Великобританию. Кампания по дезинформации удалась немцам в обоих случаях. Советский лидер на протяжении нескольких месяцев получал по разведывательным каналам неопровержимые доказательства военных приготовлений Германии. Дошло до того, что Сталин спросил о причине концентрации дивизий вермахта в Польше напрямую у Гитлера. Тот вновь упомянул о подготовке вторжения в Великобританию и заверил, что речь не идет о вторжении в СССР и советскому руководству не о чем беспокоиться. Как оказалось, побеспокоиться стоило.
С конца 1940 года и до самого начала боевых действий абвер неустанно работал, собирая и обновляя данные о боеспособности Красной Армии, дислокации ее частей, расположения советских военно-промышленных объектов и экономических центров. Подчиненные Канариса на протяжении нескольких месяцев до июня 1941 года создавали опорные пункты и агентуру. Вдоль советско-немецкой границы была развернута широкая сеть технических средств разведки, с помощью которых осуществлялся перехват радиопереговоров. Однако, по отзывам многих немецких военачальников, абверу, не смотря на все приложенные усилия, так и не удалось предоставить в распоряжение военного руководства в достаточной мере точную и обширную информацию по интересующим направлениям. Да и сами высокопоставленные офицеры военной разведки на местах признавали, что при всем старании агентам так и не удалось проникнуть вглубь СССР — советские спецслужбы их оперативно обезвреживали.
Одним из предметов спора между абвером и СД стала работа военной разведки с украинскими националистами. Канарис привлекал к сотрудничеству таких лидеров националистов, как Мельник и Бендер. В службе же безопасности резонно указывали на то, что это крыло сопротивления советской власти, а регионы, в которых действовали националисты лишь недавно вошли в состав СССР будучи ранее частью Польши, преследует лишь собственные политически цели, используя немцев в своей борьбе. Время подтвердило эти слова. Во время немецкой оккупации Украины местные националисты сражались с самими немцами, как прежде с занявшими эти территории русскими. После 1945 года бендеровцы вернулись к старой практике и оказывали сопротивление Москве и «красному» Киеву вплоть до начала 50-х годов.
Бывало, важнейшие сведения, касавшиеся конкретных направлений обеспечения обороноспособности Советского Союза и предоставляемые Гитлеру и высшему военному руководству вермахта абвером и СД, серьезно отличались друг от друга, хотя часто затрагиваемый вопрос был принципиальным.
Накануне вторжения фюрер, безусловно, понимающий сколь сложная задача стоит перед ним, постоянно требовал от военной разведки предоставления сведений о мерах, предпринимаемых будущим противником по организации отпора. Интенсивность приказов, направляемых Гитлером в абвер относительно уточнения той или иной информация, была столь высокой, что сотрудники Канариса быстро утратили возможность выделять из них самые главные. Как следствие, на стол фюрера ложилась целая кипа документов, в которой он был вынужден самостоятельно разбираться, определяя наиболее важные для себя. Во многом по этой причине его мнение об абвере, профессионализме его руководителя и сотрудников в это время сильно ухудшилось. Таковым оно и оставалось до 1944 года, когда военная разведка была упразднена и вошла в состав РСХА.
На этом же этапе, за несколько месяцев до начала вторжения, между командованием вермахта и СД начались переговоры о работе полиции безопасности на оккупированных советских территориях. Причем речь шла не только о ее деятельности в тылу, но и недалеко от передовой, что было необычно. Тогда же Гейдрих начал обсуждать реальное воплощение идеи, авторство которой приписывают самому Гитлеру, о создании и обеспечении работы на захваченных землях подразделений со специальными заданиями и полномочиями — айнзацгрупп. Приказ, как писал в своих воспоминаниях Шелленберг, был отдан фюрером в устной форме и держался в строжайшей тайне. Изначально руководителями айнзацгрупп были назначены ряд начальников управлений РСХА. Со временем эти группы получили весьма печальную мировую известность.
Десять пунктов