Незадолго до начала операции в Старобельск выехали капитан госбезопасности М. Е. Ефимов, возглавлявший ранее оперативную бригаду центрального аппарата НКВД СССР в этом лагере, и В. Д. Миронов, работник 5‑го отдела (ИНО) ГУГБ НКВД СССР, отвечавший за агентуру. В Козельский лагерь вновь прибыл майор госбезопасности В. М. Зарубин, в Осташковский – ст. лейтенант ГБ Д. К. Холичев.
В лагерях находились и представители Главного управления конвойных войск (ГУКВ) – И. А. Степанов (Козельск), А. А. Рыбаков (Старобельск), М. С. Кривенко (Осташков), ответственные работники Комендантского отдела АХУ, ГЭУ, ГТУ и др. подразделений НКВД СССР.
Тщательно готовился и расстрел узников тюрем западных областей УССР и БССР. 22 марта Л. П. Берия подписал приказ № 00350 «О разгрузке тюрем НКВД УССР и БССР» (см. № 13). Он был нацелен на то, чтобы централизовать расстрел заключенных, свести к минимуму число лиц, задействованных в операции. Для этого было решено сосредоточить заключенных, подлежащих расстрелу, в тюрьмах Киева, Харькова, Херсона и Минска, предварительно отправив из них заключенных в лагеря ГУЛАГа. Всю операцию по переводу заключенных из Львовской, Ровенской, Волынской, Тарнопольской, Дрогобыческой, Станиславской, Брестской, Вилейской, Пинской и Барановической областей в Киев, Минск, Харьков и Херсон следовало провести в 10‑дневный срок. Для оказания помощи республиканским НКВД в Киев был направлен начальник Главного тюремного управления НКВД СССР майор госбезопасности П. Н. Зуев, в Минск – начальник отдела ГТУ НКВД СССР капитан госбезопасности А. А. Чечев. Перевозку заключенных украинских и белорусских тюрем должен был обеспечить нарком путей сообщения Л. М. Каганович (см. № 12).
Как и в лагерях военнопленных, в республиканских органах НКВД усиленно занимались подготовкой следственных дел и справок на заключенных. Начальники тюремных отделов составляли справки на заключенных, вносили уточнения в следственные дела и передавали их в 1‑е спецотделы республиканских НКВД. Там заполнялась последняя графа справки – заключение. По мере готовности дел и справок они пересылались в 1‑й спецотдел НКВД СССР, где и готовились списки‑предписания на расстрел, которые затем штамповались «тройкой», или, как она называлась во внутренней переписке органов НКВД, Комиссией.
В ходе операции контингент заключенных тюрем продолжал пополняться. 4 апреля Л. П. Берия приказал И. А. Серову и Л. Ф. Цанаве арестовать в западных областях Украины и Белоруссии всех проводящих контрреволюционную работу унтер‑офицеров бывшей польской армии, которые играли руководящую роль в подпольном движении. Остальных унтер‑офицеров следовало взять на оперативный учет, обеспечив агентурным наблюдением за ними (см. № 22). В Киев и Минск свозились и заключенные – в недавнем прошлом граждане Польши, находившиеся в тюрьмах других регионов страны. Их также ждал расстрел (см. № 33, 83).
Распоряжения приступить к операции поступили в Старобельский, Козельский и Осташковский лагеря в последних числах марта – 1 апреля. 28 марта П. К. Сопруненко отправил А. Г. Бережкову и М. М. Киршину телеграмму‑молнию с распоряжением выехать в Ворошиловград и связаться с ним по ВЧ. Начальнику же Козельского лагеря В. Н. Королеву он приказал связаться с ним по телефону ночью 1 апреля.
К этому времени в трех спецлагерях находились 14 857 человек, подавляющему большинству из которых был уготован расстрел (см. № 10, 34). Среди них – генералы, полковники, подполковники, майоры, капитаны, офицеры в других званиях, полицейские, пограничники, тюремные работники, а также ксендзы, помещики, крупные государственные чиновники и даже один лакей бывшего президента Польши… В процессе операции туда свозили все новых и новых выявленных в трудовых лагерях офицеров, полицейских, осадников, а также тех из них, кто находился в больницах и госпиталях (см. № 16, 38, 41, 48, 52, 77). Расстрелу подлежали и те, кого в конце февраля – первых числах марта отправили в УНКВД трех областей по директиве В. Н. Меркулова от 22 февраля 1940 г. (см. № 79, 80, 81).