Среди 91 военнопленного, оставленного в живых по личному указанию В. Н. Меркулова, были как те, кто представлял интерес в качестве источника информации, так и те, кто заявлял о своих коммунистических убеждениях, оказывал различные услуги администрации лагерей, не разделял патриотических чувств большинства своих товарищей по плену. В разряд «прочие» были зачислены 167 человек: те, кто не являлся офицерами или служащими карательных органов (рядовые, унтер‑офицеры, подхорунжие, беженцы, юнаки), а также несколько десятков осведомителей, поставлявших особым отделениям лагерей компромат на солагерников (см. № 92). Им также сохранили жизнь.
4 апреля начальникам трех лагерей и представителям центрального аппарата НКВД СССР В. М. Зарубину, В. Д. Миронову и Д. К. Холичеву было передано задание В. Н. Меркулова: составить справки и характеристики на «доверенных лиц» и вместе с их делами направить в УПВ (см. № 23). Кроме того, предписывалось проверять все списки и в случае обнаружения в них фамилий агентов задерживать их в лагере до получения дополнительного указания.
Этому вопросу придавалось столь большое значение, что 7 и 12 апреля П. К. Сопруненко от имени В. Н. Меркулова вновь потребовал от начальников трех спецлагерей представлять Зарубину, Миронову и Холичеву на просмотр списки‑предписания и оставлять в лагерях «их людей» (см. № 32, 39).
Дела остальных 97 процентов военнопленных, по всей видимости, проходили следующим образом: из лагерей в УПВ поступали учетные дела и справки‑заключения с незаполненной последней графой, а также списки следственных дел по порядку их номеров, которые сосредотачивались в 1‑м спецотделе НКВД СССР. В Управлении справки и учетные дела проверяли и в случае недочетов отправляли на доработку в лагерь. УПВ требовало уточнить фамилии, которые по‑разному писались в опросных листах и дополнениях к ним, прислать фотографии, если они отсутствовали в деле, уточнить даты рождения, имя, отчество, должности, которые военнопленные занимали в армии или полиции, место жительства и состав семьи, партийную принадлежность и т. д. (см. № 68).
Если все бумаги были в порядке, в УПВ готовили дело на доклад В. Н. Меркулову, записав рекомендацию в справку «кобуловской» формы. Затем дело передавалось в 1‑й спецотдел, где их изучали под руководством заместителя начальника этого отдела капитана госбезопасности А. Я. Герцовского. В НКВД УССР и БССР дела намеченных к расстрелу готовили начальники тюремных отделов, над списками работали заместители начальников 1‑х спецотделов республиканских НКВД.
Часть досье ставилась на контроль, решение по ним принимал лично В. Н. Меркулов. Они на «Комиссию» не передавались. Остальные фамилии включались в списки подлежавших расстрелу, которые передавались на утверждение «Комиссии», то есть «тройки» в составе В. Н. Меркулова, Б. З. Кобулова и Л. Ф. Баштакова. После утверждения списка фигурировавшие в нем военнопленные или заключенные считались осужденными к высшей мере наказания – расстрелу. Решения «Комиссии» оформлялись специальными протоколами (см. № 227). После этого списки‑предписания на отправку, подписанные начальником УПВ или его заместителем, направлялись в Козельский, Старобельский и Осташковский лагеря; предписания о расстреле, подписанные Меркуловым, – начальникам УНКВД Смоленской, Харьковской и Калининской областей, а также наркомам внутренних дел УССР и БССР.
Первые три списка‑предписания на отправку из Осташковского лагеря были подписаны П. К. Сопруненко еще 1 апреля и включали 343 человека (см. № 19). Именно столько людей были отправлены поездом Осташков – Калинин (см. № 24) и приняты от конвоя помощником начальника УНКВД по Калининской области Т. Ф. Качиным (см. № 25). А 5 апреля Д. С. Токарев доложил В. Н. Меркулову:
1‑2 апреля были подписаны и семь списков на отправку 692 офицеров в распоряжение начальника УНКВД по Смоленской области. Эти списки поступили в Козельский лагерь 3 апреля. Первые 74 человека были отправлены в распоряжение Смоленского УНКВД в тот же день, следующие 323 – 4 апреля, 285 – 5 апреля (см. № 79). Из Старобельского лагеря по шести спискам от 3 апреля были отправлены в Харьков 195 человек – 5 апреля, 200 – 6 апреля и 195 – 7 апреля (см. № 81).
20‑22 апреля были подписаны первые списки на расстрел 1070 заключенных украинских тюрем, 23–26 апреля – списки № 047, 048 и 049 на расстрел заключенных, сосредоточенных в минской тюрьме. Белорусские списки расстрелянных узников тюрем до сих пор не найдены. Крайне скудны и другие материалы, касающиеся проведения расстрельной операции на Украине и в Белоруссии.