Николай Нилович Бурденко поддерживал тесный контакт с научными сотрудниками ВИЭМа, часто подсказывал им направление экспериментальных исследований. Бурденко, однако, не закрывал глаза и на недостатки в работе этого крупнейшего научно-исследовательского института. Дело в том, что в ВИЭМе были представлены лишь теоретические медицинские специальности — анатомия, физиология, гистология и др. Исследований же по клиническим специальностям, таким, как терапия, хирургия, акушерство и гинекология, почти не осуществлялось. Это могло привести (и порой приводило) к разрыву между теорией и практикой.
По мере развития медицины, выделения новых отраслей и специальностей опасность такого разрыва все более возрастала. Каждая специальность начинала развиваться самостоятельно, изолированно, вне связи с достижениями других отраслей медицины и науки вообще. Комплексные исследования становились все более трудными.
В годы Великой Отечественной войны медицинская наука призвана была решать новые, большие и важные задачи.
Всенародный призыв «Все для фронта! Все для победы!» обязывал ученых в кратчайшие сроки поставить достижения науки на службу здравоохранению. Ученым-медикам следовало в первую очередь разрабатывать и внедрять новые методы лечения раненых и восстановления их трудоспособности, создавать новые, более совершенные лекарства, медицинские аппараты, инструменты и приборы, вооружать врачей на фронте и в тылу новыми способами предупреждения инфекционных заболеваний. Для успешного решения всех этих задач нужно было объединить усилия отдельных ученых и научных коллективов.
«Советская медицинская наука, — писал в те годы в «Правде» академик Бурденко,—настоятельно нуждается в создании авторитетного научного органа, подводящего
итоги работы во всех частных ее разделах, синтезирующего их, могущего давать новые концепции, направляющего научные мысли, вовремя подмечающего творческие ценные искания, гипотезы, предположения и практические предложения». Бурденко считал необходимым создать Академию медицинских наук СССР.
Это мнение академика Бурденко было хорошо известно ученым. Однако многие считали его неосуществимым.
В сентябре 1943 г. Николай Нилович принимал участие в работе сессии Академии наук СССР. В перерыве между заседаниями к нему подсел один известный ученый — филолог.
— Что, Николай Нилович, задумали создать свою академию? — спросил он Бурденко.
Николай Нилович прочитал вопрос и утвердительно кивнул.
— Но ведь сейчас идет война...
— Да, — сразу же оживился Бурденко, — мы, медики, еще в большом долгу перед Красной Армией. Столько проблем предстоит решить...
— Простите, Николай Нилович, — перебил его филолог. — Я не о том. Я хочу напомнить вам одно крылатое выражение: «Когда говорят пушки, музы молчат».
— Это смотря какие музы, — ответил Бурденко.
— Конечно, — тотчас согласился его собеседник, а затем после секундной паузы поставил вопрос прямо: — Неужели вы думаете, что сейчас, во время войны, правительство пойдет на создание вашей академии? Ведь на это понадобятся немалые средства...
— Я не думаю — я уверен, — резко ответил Николай Нилович. — Когда речь идет о здоровье советских людей, правительство никогда и ни в чем не отказывает нам. Даже во время войны.
Через несколько месяцев стало известно: партия и правительство вновь пошли навстречу ученым. В июне 1944 г., в суровую военную пору, Совет Народных Комиссаров СССР постановил учредить Академию медицинских наук СССР. Одновременно было утверждено Оргбюро по созданию академии — в его состав вошел и академик Н. Н. Бурденко.
Николай Нилович принял самое деятельное участие в организации Академии медицинских наук. Он определял структуру научно-исследовательских институтов, предусмотрев создание в каждом из них экспериментального отделения — так, как это было сделано в руководимом им Институте нейрохирургии. Бурденко добился признания принципа комплексности научных исследований, разработал примерный план деятельности академии.
В этот организационный период, еще до открытия первой сессии Академии медицинских наук СССР, Бурденко опубликовал в двух номерах «Правды» (8 и 9 декабря 1944 г.) большую статью «Исторический этап в развитии советской медицины». Николай Нилович писал о том, что в годы Великой Отечественной воины советской медицине удалось добиться немалых успехов в научно-исследовательской работе, в лечении раненых, в решении ряда профилактических вопросов.
Во время войны многие ранее не решенные проблемы медицины, а также новые, вновь выдвинутые войной вопросы нашли свое плодотворное разрешение. Однако война со всей остротой поставила перед медицинской наукой задачу дальнейшей разработки серьезнейших вопросов эпидемиологии, проблемы движения населения, неотложные вопросы питания, изыскания новых пищевых средств, широкого использования в медицинских целях местных природных ресурсов и, наконец, вопросы военной травмы.