В 1795 г. якобинцы решили принять новую конституцию. Роялисты, со своей стороны, видели в ее статьях средства для достижения контрреволюционных целей. Рассчитывая на враждебное отношение к якобинскому правительству как черни, так и именитых парижских горожан, они задумали произвести государственный переворот и низложить якобинцев, а потому принялись активно агитировать в военных и политических кругах. Летом 1795 г. республиканские армии оказались охваченными каким-то странным бездействием. Полагали, что Пишегрю умышленно парализовал как свои собственные войска, так и армию Журдана. Бесцельное перемирие, заключенное ими с австрийцами, похоже, подтверждает это предположение. Как впоследствии выяснилось, некоторые члены Конвента поддерживали тесные связи с роялистами.
14 марта 1796 г. генерал Моро принимает на себя командование Рейнско-Мозельской армией, куда он прибывает 23 апреля. В это время ее штаб-квартира находилась в Страсбурге. С июня по октябрь 1796 г. разворачивается знаменитая Рейнско-Дунайская кампания. Журдан переправляется через Рейн в Дюссельдорф, а Моро в Келе. У каждого из них имелось около 75 000 человек, тогда как армия эрцгерцога Карла, ослабленная войсками, отправленными Вурмзеру в Италию, оказалась численно слабее. По плану кампании, одобренному Директорией, обе французские армии должны были двигаться параллельно друг другу в глубь Германии, держась южнее нейтральной полосы, а затем, вступив через Тироль в связь с армией Бонапарта, надлежало всем сообща ударить по австрийской столице. Сражаясь против эрцгерцога Карла, Моро выходит победителем в битве при Раштатте 5 июля и продвигается до Штутгарта, а затем и Мюнхена, столицы Баварии. Следует череда блестящих, но малоизвестных побед Моро — Эттлинген (8 июля), взятие Пфорцхайма (14 июля) и, наконец, Штутгарт. Затем следуют Нересхайм (И августа) и Фрайдберг (24 августа). Тогда Вюртемберг и Баден заключают с Францией сепаратный договор, а Саксония, отозвав свои войска из коалиционной армии, объявляет себя нейтральной по примеру Пруссии. В свою очередь Журдан овладевает Вюрцбургом 11 сентября и выигрывает сражение под Альтенкирхеном, но на пути к Регенсбургу (Ратисбон) встречается близ Ноймаркта с армией эрцгерцога Карла и терпит сокрушительное поражение. Молодой эрцгерцог сумел воспользоваться уроком, который преподнес ему командующий Рейнской армией. Однако поражение Журдана при Вюрцбурге поставило под удар всю армию Моро. Вынужденный отступить, отбивая стремительные атаки австрийского генерала Латура (в корпус Байе-Латура входили французские эмигранты герцога Конде), ему удается остановить последнего у Бибераха. Кстати, знамена для корпуса Конде были вышиты воспитанницами Смольного института благородных девиц в Петербурге по просьбе Павла I.
Сдерживая напор и искусное преследование эрцгерцога Карла, Моро с армией пересекает лесной массив Шварцвальд; вновь переходит р. Рейн и приводит во Францию целой и невредимой лучшую из революционных армий республики, даже несмотря на поражение, которое он потерпел при Эммендингене 19 октября 1796 г. «Если Моро и не обладал тем ярким гением, который его соперник с успехом применял в Италии, — пишет Тьер, — то он имел твердость духа и стойкость, неподвластную несчастьям… Он командовал армией, численностью более 60 000 человек, моральный дух которой не могло сломить ни одно поражение, а вера в своего командира только придавала ей силы. Имея такой ресурс за спиной, он ничего не опасался и принял решение отвести войска во Францию». Моро отступал в образцовом порядке вдоль правого берега Дуная на Биберах, имея в качестве прикрытия озеро Констанц. Здесь, под деревушкой, полное название которой Биберах-ан-ден-Рисс, Моро одержал одну из своих блестящих побед этой кампании. 2 октября он взял 5000 пленных, 20 пушек и несколько знамен у Байе-Латура.
Некоторые историки считают, что генерал Моро оставался в оборонительной позиции в течение всей осени 1796 г. На самом деле это не совсем так.
Находясь у истоков Дуная на высотах Донауэшингена, Моро созывает военный совет с командирами трех корпусов. Вопреки мнению Гувьона Сен-Сира, он принимает решение передислоцироваться на Рейн через Нойштадт — Фрайбург в Брайзахе. В Шварцвальде на высоте 1000 м над уровнем моря Моро в диких местах