Затем следовало оглашение малого образа (мантии) говорилось краткое поучение, читались две молитвы. Новопостригаемый боярин продолжал рыдать неутешно. Но когда игумен, по уставу, сказал ему: «приими ножницы и даждь ми я», — боярин не повиновался. Многого труда стоило его потом успокоить. На него, после крестообразного пострижения надели нижнюю одежду, положили параманд, надели пояс. Затем обули в сандалии и, наконец, облекли в волосяную мантию со словами:
— Брат наш
— Аминь! — отвечал за Филарета пристав.
С именем Филарета, новопоставленный старец отведён был в трапезу, не получал пищи во весь тот день и, после многих молитв, за литургиею следующего дня приобщен был святых тайн, как новый член Сийской обители.
О дальнейшем пребывании в монастыре и, о строгости заключения можно судить по тому, что царь остался недоволен первым приставом, Романом Дуровым, и прислал на место его другого пристава — Богдана Воейкова. Этот обязан был доносить обо всем, что говорит вновь постриженный боярин, не позволять никому глядеть на оглашенного изменника, ни ходить близ того места, где он был заключен.
В Списком монастыре до сих еще пор указывают на келью под соборным храмом с одним окном в стене и оконцем над дверями кельи (в 6 сажен длины, в 3 ширины и в 1 сажен высоты), в которой содержался Филарет на первых порах заточения.
И вот что доносил о нем через год (от 25 ноября 1602) пристав Богдан Воейков царю московскому:
«Твой государев изменник, старец Филарет Романов, мне, холопутвоему, в разговоре говорил: бояре-де мне великие недруги, искали-де голов наших, а иные-де научили на нас говорити людей наших; а я-де сам видал то не единожды». Да он же про твоих бояр про всех говорил: «не станет-де их с дело ни с которое; нет-де у них разумново; один-де у них разумен Богдан Бельской; к посольским и ко всяким делам добре досуж...». Коли жену спомянет и дети, и он говорит: «милыя мои детки - маленьки бедныя осталися: кому их кормить и поить? А жена моя бедная на удачу уже жива ли? Чаю, она где близко таково же замчена, где и слух не зайдет. Мне уже што надобно? Лихо на меня жена да дети; как их вспомянешь, ино што рогатиной в сердце толкнет. Много они мне мешают; дай Господи то слышать, чтобы их ранее Бог прибрал; и аз бы тому обрадовался: а чаю, и жена моя сама рада, чтоб им Бог дал смерть; а мне бы уже не мешали: я бы стал промышлять одною своею душою».
Монастырь был строго заперт от всех богомольцев и никто не мог принести Филарету вести об его родных, хотя вести эти, в то время, и могли быть не радостны. Жену его Ксению Ивановну, также постриженную (с именем Марфы), сослали в один из заонежских погостов; мать ее, тещу Филарета, Шатову, — в Чебоксарский (Никольский) девичий монастырь; братьев: Александра — в Усолье-Луду к Белому морю, Михаила — в Ныробскую волость, в Великую Пермь, Ивана — в Пелым, Василия — в Яренск, зятя его князя Черкасского - Бориса с шестилетним сыном Филарета, Михаилом (будущим царем) — на Белоозеро. Вотчины и поместья опальных раздали другим; дома и недвижимое имение отобрали в казну. Один из братьев Филарета, Василий (сосланный в Яренск), после многих мучений от пристава Некрасова, и соединенный в Пельше с братом Иваном, скончался от долговременной болезни (15 февраля 1602 года). Михаила Никитича, отличавшегося дородством, ростом и необыкновенною силою, сторожа, по преданию, уморили голодом. Александр Никитич умер от горести и от скудости содержания. Иван, лишившийся владения рукою и едва передвигавшийся от недугов ноги, первый получил смягчение приговора: ему царь в 1602 году милостиво указал ехать в Уфу на службу, откуда в Нижний Новгород и, наконец, в Москву. За ним оставлен был надзор, но уже без имени злодея. Смягчен был приговор и над Филаретом.
27 января 1857 года я оставил монастырь Сийский. 28-го числа мелькнула мимо и осталась назади граница Архангельской губернии, которую привелось изъездить почти вдоль и поперек и истратить на все эт долгое время целого года. Расстался я теперь с недав нею знакомою, расстался, может быть, навсегда, и грустно бы, тосковать... Но на душе так весело, на сердце так легко и приятно.
Разболтался я с ямщиком с последней Архангельской (Дениславской) станции и поведал ему тут же о своей радости, без обиняков, прямо и откровенно...
— Вот, слава Богу! — из Архангельской губернии выбрался. Целый год она меня мучила, целый год ни днем, ни ночью не давала покою.
— А зачем твоя милость туда ездила? Я рассказал ему во всей подробности.
— Ну, стоило же, паря, для экого дела свои кости ломать! Нечего же, гляжу, вам там в Питере-то, делать. На ко место какое обвалял! Добро бы уж снаряды, лодки и суда ты там смотрел — это стало, может, так надо. Ну, а песни-то тебе на кой черт?
— Да мне, брат, иная песня пуще всяких судов, пуще всех рыболовных снарядов.
— Ну, это ты врешь — смеешься!..
— Ей - Богу!