Гоголь был на панихиде, которая состоялась, вероятно, в церкви Николая в Плотниках. По воспоминаниям А.С. Хомякова, писатель по окончании службы сказал ему: «Для меня все кончено». На другой день он посетил Аксаковых, пребывал в подавленном состоянии, был задумчив и грустен. В начале февраля, на Масляной неделе, Гоголь начал поститься. В это время его посещает отец Матвей Константиновский. Разговоры с ним усугубили покаянное настояние Гоголя. 7 февраля он ездил к своему духовнику в церковь Саввы Освященного на Девичьем поле. По свидетельству Погодина, писатель: «Перед принятием св. даров, за обеднею, пал ниц и много плакал. Был уже слаб и почти шатался».
Причащение не успокоило Гоголя, он пребывал в мрачном состоянии духа, терзался и постоянно думал о смерти и своей греховности. С этого времени писатель отказывается от пищи, тяготится посещениями друзей и знакомых, проводит время в молитвах, слезах и тягостных раздумьях. 10 февраля он обращается к Толстому с просьбой забрать рукописи «Мертвых душ» для передачи их митрополиту московскому Филарету. Но граф отказался это сделать, поскольку опасался, что это укрепит в Гоголе мысли о близкой кончине. На следующий день, в первый понедельник Великого поста на втором этаже, в комнатах Толстого прошла церковная служба. Гоголь присутствовал на ней, хотя и был очень слаб. Видя, как богослужение изнуряет Гоголя, граф распорядился больше не проводить его у себя. В эту же ночь, с 11 на 12 февраля, Гоголь в присутствии своего слуги, мальчика Семена, сжег рукопись второго тома «Мертвых душ». Толстые тетради горели долго, и Гоголю пришлось перекладывать их в камине. Уничтожив рукопись, Гоголь перекрестился и лег в постель. С этого времени он стал сознательно готовиться к смерти. «Я уже готов, и умру…», – сказал он Хомякову. «Он смотрел как человек, для которого все задачи решены», – свидетельствует доктор А.Т. Тарасенков, увидевший Гоголя 13 февраля.
Пытаясь спасти жизнь Гоголя, Толстой обратился к митрополиту Филарету, который передал больному, что ему следует слушаться врачебных предписаний. По мысли митрополита, Гоголя надо было убеждать в том, что «смирение не в посте, а в послушании». Филарет внимательно следил за ходом болезни Гоголя, призывая к себе священников, посещавших писателя и подробно расспрашивая их (сам владыка в это время был болен). Ежедневно у Гоголя бывал настоятель церкви Симеона Столпника Алексий Соколов, часто приходил и духовник – священник церкви Саввы Освященного Иоанн Никольский. Однако их увещевания ни имели влияния на писателя, он отказывался питаться и следовать врачебным предписаниям.
К Гоголю призывались лучшие московские врачи – А.А. Альфонский, А.И. Овер, А.Е. Эвениус, О.В. Варвинский, С.И. Клименков, А.Т. Тарасенков. Делались попытки подвергнуть его гипнозу. Наконец, решено было насильно лечить Гоголя, за что принялись Овер и Клименков. Методы этого лечения – пиявки, холодное обливание головы в теплой ванне, горчичники – ускорили кончину писателя. 20 февраля Николай Васильевич впал в беспамятство, начался бред, на следующий день, в восемь часов утра он скончался во сне.