Как и Пий II, Папы Павел II и Павел III отлично владели греческим языком — однако они не разделяли его убеждённости в высокой значимости античной культуры. Павел II, собиравший разнообразные и разнородные коллекции, любитель спорта и дорогостоящих удовольствий, основатель первой в Риме печатни, издал указ, запрещающий школам знакомить детей с языческими поэтами. Павел III, покровитель таких гениальных художников, как Тициан и Микеланджело, в 1542 году основал Конгрегацию священной инквизиции, в чью задачу входили, кроме всего прочего, запрет, поиск и изъятие еретической и языческой литературы[190]. В период с 1468 (когда Павел II по подозрению в проведении языческих ритуалов под прикрытием изучения классической культуры постановил закрыть академию в Риме) по 1549 годы, когда скончался Павел III, интерес к изучению греческого языка и культуры на Апеннинском полуострове начал необратимо падать[191]. Однако в этот период в Италии всё же были деятели, благосклонно относившиеся к греческой культуре. Одним из самых влиятельных был Лев X, второй сын Лоренцо Великолепного. Став в 1513 году Папой, он приказал вновь открыть академию, а также основать высшее учебное заведение для молодых греков, начальство над которым получил именитый учёный Джованни Ласкарис. За семь лет работы Квиринальского колледжа десятки молодых людей, греков по происхождению, обучились греческому языку, литературе и образу мыслей. Сохранилось письмо от греческого нотариуса, писанное в Венеции. В этом письме подробно описывается церемония представления студентов Папе, в процессе которой каждый должен был произнести напыщенную речь на древнегреческом языке (выражения, которыми изъяснялись студенты, были почерпнуты ими из классической литературы, включая, безусловно, Гомера)[192].
Позже началось переселение греческих учёных из северных стран. Пользуясь волной эмиграции, известные гуманисты (Эразм Роттердамский, Томас Мор, Гийом Бюде) возобновили прерванную католической церковью работу по толкованию и редакции греческих трудов. Петер Шаде, профессор греческого в Лейпцигском университете, молодой друг Эразма, в 1518 году опубликовал книгу, озаглавленную «Спор о необходимости изучения разнообразных языков», в которой отстаивал языкознание. На аргументы противников, заключавшиеся в отсылках к Библии и ветхозаветной истории Вавилонского столпотворения, когда Господь покарал человечество множеством языков, Шаде отвечал, что и сам Господь многоязычен, поскольку ему ведомы все языки людские, и что многоязычны также ангелы и святые, поскольку они ходатайствуют за человечество перед Господом. «Если бы они не понимали молитв, произнесённых на одном из множества языков, присущих людям, то было бы лишено смысла обращение француза или немца к святым других народов с молитвой на родном языке. Сами же молящиеся в таком случае были бы столь же смешны, как если бы пытались говорить с мёртвыми»[193].
После Реформации латынь была признана языком католической церкви, в то время как греческий и местные языки, на которые была переведена протестантская Библия, стали языками протестантства. Тридентский собор, проходивший в городе Тренто с 1545 по 1563 год, запретил католикам (кроме некоторых назначенных церковью учёных) толковать греческую и еврейскую Библии; студенты, изучающие греческий язык, в глазах Рима стали еретиками. В 1546 году по приказу короля Франции, католика Франциска I (несмотря на любовь монарха к искусствам и литературе), несколько греческих учёных были приговорены к смерти на костре, обвинённые в «оскорблении веры». В протестантских странах, напротив, изучение греческого языка поощрялось — даже в колониях стран, исповедующих протестантизм, греческий язык стал частью школьной программы. Так, в 1788 году на Виргинских островах, принадлежавших тогда Дании, пастор Ганс Вест открыл школу, где дети плантаторов знакомились с сочинениями Гомера и других поэтов античности[194].