Становится понятно, каким образом аристократия создавала себе алиби, объяснявшее смену польского гражданства на российское подданство, а кроме того – маскирующее собственные интересы и космополитическую индифферентность. Этот образованный слой все в меньшей степени отождествлял себя с идеями французского универсализма: если Французская революция нарушила представления аристократии о мировом порядке, то Бонапарт извратил саму суть революции. Подобно Фихте, подменившему идеи универсального общества идеями германского мира, Потоцкий одним из первых заключил, что славянский мир может играть не меньшую роль благодаря ведущей силе – России. Польское славянофильство явно опережало российское. В 1796 г. Потоцкий посвятил свое новое произведение
Ян Потоцкий желал выступить в качестве историографа завоевания Армении Валерианом Зубовым, но по приказу Павла I эта кампания была прекращена. Однако Потоцкий, следуя идеям К.Ф. Вольнея о том, что каждый внимательный путешественник может быть полезен при завоеваниях, провел около года (с мая 1797 по апрель 1798 г.) среди чеченцев и других кавказских народов. Следуя идеям французских теоретиков колонизации, таких как Г.Т. Рейналь и Д. де Прадт, он намеревался, узнав их обычаи, облегчить их захват Россией. Его отчет о поездке переполнен замечаниями, обосновывающими долг человека эпохи Просвещения распространять «плоды цивилизации» среди диких горцев. Уже тогда он вынашивал теорию «округления границ», которую вскоре представил в Петербурге, возможно не осознавая, что его презрительное отношение к кавказским народам ничем не отличалось от отношения Екатерины II к Речи Посполитой.
Его второй брак в 1799 г. на Констанции, дочери Щ. Потоцкого (получил в приданом 16 сел с 4296 крестьянами), еще сильнее связал его с польскими олигархами, близкими российской власти. Тем временем А. Чарторыйский, движущая сила этого клана и двоюродный брат покойной первой жены Потоцкого, нашел ему место в Министерстве иностранных дел и вызвал в столицу. В 1802 г. Ян Потоцкий посвятил свой труд
В декабре 1804 г. Ян Потоцкий, назначенный Александром в Азиатский департамент Министерства иностранных дел, объявил Чарторыйскому, что начинает трудиться над «Азиатской системой» – подобием программы будущих завоеваний России (работал над ней до 1807 г.). Если вначале его советами воспользовались частично: в 1805 г. был взят Карабах, в 1806 г. усилиями П.Д. Цицианова – Баку, то по пути завоеваний через Сибирь в сторону Индии и Китая, очерченному в этой работе, Россия двигалась на протяжении всего XIX в. В 1806 г. Потоцкий лично участвовал в посольстве графа Ю.А. Головкина в Пекин. И хотя экспедиция закончилась в Улан-Баторе, она дала возможность Потоцкому переработать свой «Азиатский план». Обосновывая необходимость захвата Афганистана, ключа к Китаю и Индии, он предлагал осуществить это ценой циничнейших провокаций, поставив идеи Просвещения на службу интересам государства.
Его умопомрачительные планы были несколько приостановлены в связи с поражением России при Аустерлице, после которого Чарторыйский потерял должность министра иностранных дел, а Александр начал с растущим недоверием относиться к полякам, чьи взоры обернулись в сторону Княжества Варшавского. После заключения Тильзитского мира Ян Потоцкий надеялся, что будет вновь проявлен интерес к его азиатским планам теперь уже под франко-российской эгидой. В 1808 г. он познакомил со своим проектом эмиссара Наполеона, однако нараставший конфликт между двумя императорами не позволил ему вдохновить русских на завоевание Кабула, захват Пенджаба и преграждение пути англичанам к Кантону. Потоцкий продолжал развивать свои идеи в сочинении