Служил в учебной десантной дивизии на территории Литовской ССР, в Средней Азии, затем, с 25 декабря 1979 года – в составе 103-й Витебской воздушно-десантной дивизии – принимал участие в боевых действиях в Афганистане, где «проявил незаурядные морально-боевые качества». Из публикации «Каждый выбирает для себя…»:
«Боевое крещение 19-летнего сержанта Млынника состоялось в один из первых дней «интернациональной миссии» шурави в Афганистане. Первый для него боевой приказ звучал по-военному предметно и емко: обеспечить безопасную посадку наших транспортных «АНов» на аэродром Баграм. Обеспечить – значит, свести к минимуму риск неоправданных потерь. Для этого – на господствующей над аэродромом высотке – он сначала обезвредил афганских часовых, тогда еще аминовцев – то ли союзников, то ли…
К тому времени штурм кабульского дворца диктатора только предстоял. Скрытно подобравшись к часовым, он встал перед ними из укрытия – в полный рост. С гранатами в обеих руках. Продев пальцы в кольца предохранительных чек. В его жизни ситуация «или-или» возникнет не раз… А тогда часовые предпочли не шуметь. Тем же способом десантники разоружили еще около 80 других аэродромных охранников.
«Ну вы даете!» – подвел итог командир десантников. И почти сразу же перебросил группу в Кабул на блокирование аминовского дворца «Тадж-Бек». Успели к штурму, успех которого в той обстановке гарантирован не был. Когда на штурм поднялись «альфовцы» с «мусульманским батальоном», в их боевом резерве находилось подразделение, в котором служил Чеслав Млынник…
После Баграма и Кабула одна из 18 афганских боевых операций сержанта, потом старшины, пришлась на июль 1980-го. Недалеко от афганского местечка Гудан его роте предстояло по открытой, почти 5-километровой долине пройти к учебному центру моджахедов. Чтобы их блокировать и удерживать до подхода правительственных сил. Но защитники афганского отечества, как это часто бывало, не торопились.
В километре от Гудана на атакующих обрушился шквальный огонь. Четверо десантников, находившихся на острие атаки, тем не менее, вывели из строя до 30 душманов. Четверку пытались отсечь, окружить, лишить путей для маневра, засыпать минами… На личном счету первого, кто ворвался в Гудан, – сержанта Млынника – 2 минометных расчета противника. За 2 часа боя… Когда все стихло, комбат доложил о 500 уничтоженных душманах. Назовем поименно тех, кто шел в лобовую атаку: прапорщик Готовкин, сержант Млынник, рядовой Долгов (убит в бою), рядовой Саадуев…
Медаль «За отвагу» воин-интернационалист Млынник получил уже на завершении своего афганского пути в ноябре 80-го. Следом за ранением в грудь и контузией, стоивших ему нескольких месяцев госпиталей – в Шинданде и узбекском Чирчике…».
С 1980 года, после ранения и мобилизации из рядов СА Чеслав Геннадьевич был принят на службу в Бауский РОВД МВД Латвийской ССР. В органах МВД работал водителем, участковым инспектором, оперуполномоченным уголовного розыска, оперуполномоченным исправительно-трудового учреждения.
В 1984 г. заочно окончил Рижскую специальную среднюю школу МВД СССР. В 1988 году, после завершения учебы в Минской высшей школе МВД СССР, Чеслав Млынник был направлен в состав рижского ОМОНа. В феврале 1991 года назначен на должность командира отряда, игравшего заметную роль в известных политических условиях того времени.
19 августа 1991 года, когда в Москве начался так называемый «путч», министр внутренних дел латыш Борис Пуго отдал приказ командиру рижского ОМОНа восстановить порядок в Риге. Как вспоминал позднее сам Млынник: «…в понедельник, 19 августа, в 6 утра получил указание Пуго вскрыть секретный пакет… И через 8 часов все объекты, относящиеся к категории особой важности, были полностью взяты нами под контроль…».
Омоновец Сергей Русанов в своей книге о Рижском ОМОН «Между молотом и наковальней» описывает события так: «Черные береты» пятью группами по 10–15 человек на нескольких специально присланных боевых армейских вертолетах МИ-8 десантировались на важные объекты и без единого выстрела заняли и взяли под охрану здания городского УВД, МВД, телецентра на острове Закюсала, междугородной телефонно-телеграфной станции на улице Дзирнаву и латвийского радиокомитета на Домской площади.
Утром 20 августа бойцы ОМОНа передали взятые объекты армейским десантникам и вместе с контрразведкой взялись за поиск оружия сепаратистов, но оперативная информация по оружию оказалась ложной. К вечеру 20 августа правительство Латвии спряталось в бункерах бомбоубежища, а в Ригу вернулась советская власть.
В результате ОМОН отстранил от власти все сепаратистские силы. За два дня бойцы практически без единого выстрела взяли под контроль все стратегические объекты Латвии. И при этом никто из сепаратистов не выходил на митинги и демонстрации протеста.
Активисты Народного фронта Латвии (НФЛ) были напуганы и добросовестно выполняли все распоряжения «оккупантов».
21 августа бойцы ОМОНа готовились взять под свой контроль последний объект, находившийся под контролем сторонников НФЛ, – здание Верховного Совета Латвии.