В оренбургской периодической печати он выступает со статьями о виднейших представителях татарской литературы. Но неожиданно настоящей кладезью для него оказался творческий архив татарского писателя-демократа начала XX века Шакира Мухамедова (1865–1923), хранившийся в его семье. Ш. Мухамедов начал писать на стыке двух столетий, его повести, разоблачающие алчность купцов, ложность буржуазного патриотизма в период русско-японской войны, выходили в основном в Оренбурге. В 1906–1907 годах там же он издавал сатирический журнал «Карчыга» («Ястреб»). С 1910-х годов он уже не печатался, хотя и продолжал писать прозаические и драматические произведения, которые оставались в рукописях. В советские годы ни один из историков литературы не интересовался этим богатым творческим наследием, и писатель был незаслуженно забыт. С. Байков, тесно общаясь с семьей писателя, ознакомился с его творческим и эпистолярным наследием и решил написать монографию о нем.
В 1939 году в Оренбургском пединституте упраздняется факультет татарского языка и литературы, и Султан Байков приезжает на родину и становится преподавателем татарской литературы и заместителем декана факультета Башкирского государственного педагогического института им. К. А. Тимирязева, одновременно с марта 1940 года работает старшим научным сотрудником Башкирского научно-исследовательского института языка и литературы. Султан Байков был одним из первых деятелей, внесших огромный вклад в развитие норм башкирского литературного языка и литературы, воспитания башкирских национальных кадров писателей, литературоведов и языковедов.
В Уфу он привозит с собой основную часть творческого архива Шакира Мухамедова и интенсивно продолжает работу над монографией. В результате разностороннего, углубленного изучения повестей, стихотворных произведений, публицистических выступлений и писем писателя, а также воспоминаний о нем С. Байков написал большую литературоведческую работу, сокращенный вариант которой был опубликован в 1940 году в четвертом номере литературного журнала «Совет эдэбияте» («Советская литература», ныне журнал «Казан утлары») под названием «О писателе Шакире Мухамедове».
Автор вначале подробно рассказывает о жизненном пути писателя. Впервые обнародованные факты биографии впоследствии перекочевали из одной статьи в другую, из одного учебника в другой, подготовленные другими исследователями. Отметив, что произведения Ш. Мухамедова наряду с творчеством Г. Тукая, М. Гафури, Г. Камала, М. Файзи внесли весомый вклад в развитие татарской литературы начала двадцатого столетия, С. Байков сетовал на то, что писатель в советские годы был совсем забыт, его имя никем и ни разу упоминалось, произведения оказались «спрятанными от народа». Он отмечал, что писатель во всех произведениях с заботой говорил о простом народе и бичевал буржуев-стяжателей, «донкихотствующих» лжепатриотов, заботящихся лишь о своем животе. Для подтверждения того, как в свое время оценивались произведения Ш. Мухамедова, С. Байков со ссылкой на письма Г. Камала отмечает такой факт: классик татарской драматургии время от времени просил Мухамедова присылать в Казань по 200 экземпляров его книг. Байков в заключение пишет, что творческий путь и литературное творчество писателя должно внимательно изучаться и, безусловно, занимать свое достойное место в истории татарской литературы.
Можно сказать, таким образом, что С. Байков возродил имя забытого писателя, ибо с того времени произведения Ш. Мухамедова включались в школьные учебники, стали изучаться в национальных отделениях высших учебных заведений.
Следует отметить, что 1940 год был весьма плодотворным для героя нашего очерка в смысле публикации научных литературоведческих работ. В том году в Казани, в соавторстве с товарищем по аспирантуре Латифом Заляем, Байков опубликовал учебник-хрестоматию по литературе для 8-го класса средних школ. В нем излагалась история татарской литературы XVII–XIX столетий. В предисловии к учебнику отмечалось, что биографии многих писателей минувшего малоизвестны, и поэтому авторам пришлось приложить немало усилий для поисков и выяснений материалов прошлого. В этом же году в 5-м номере башкирского литературного журнала «Октябрь» (ныне «Агидель») С. Байков опубликовал большую статью о выдающемся татарском писателе Шарифе Камале.