Вскоре на территории республики была учреждена епархия Русской Православной Церкви, и 3 декабря того же года Московская Патриархия командировала в Кишинев епископа Тульского Алексия (Сергеева) в качестве управляющего православными общинами Кишиневской, Бельской, Измаильской и Черновицкой епархий сроком на 6 месяцев. 12 мая 1941 г. владыку утвердили на Кишиневской кафедре с присвоением титула архиепископа Кишиневского и Бессарабского, оставив в его управлении Измаильскую и Белецкую епархии, и временно возложив на него общее попечение о самостоятельной Черновицкой епархии. В начале лета 1941 г. Московской Патриархией был назначен епископ Черновицкий и Хотинский Дамаскин (Малюта)[947]
.В 1945 г. архимандрит Варлаам (Кирица) вспоминал: «Во главе бесс[арабского] духовенства появилась сильная воля и светлый ум… епескоп Алексий в очень короткий срок учредил епархиальное управление, назначил благочинных из достойнейших и вообще серьезно приступил к управлению Бесс[арабской] Церковью, сея в сердцах уверенность в завтрашнем дне; подкупая всех своей простотой и своими манерами, он сумел заставить уважать его епископский сан и исполнять приказания владычны. С приездом епископа Алексия Бессарабская Церковь входит в те покойные берега, откуда вышибли ее исторические обстоятельства после ухода архиепископа Анастасия (1918 г.). Кишиневские жители искренне полюбили и привязались к епископ Алексию. При его вдохновенной службе кафедральный собор был переполнен молящимися»[948]
.Патриарший Местоблюститель митрополит Сергий (Старогородский) относился к владыке Алексию «с некоторым недоверием, считая его человеком, близким к советской власти». Однако тот в качестве епископа Кишиневского и Бессарабского сумел реабилитироваться перед Московской Патриархией, проведя достаточно сложную операцию по воссоединению приходов с Русской Православной Церковью. Для этого ему необходимо было получить личные заявления священников о приеме их приходов в каноническое подчинение Московского Патриархата, что и было сделано в довольно короткие сроки. Подобная деятельность получила высокую оценку Патриархии, по словам самого владыки Алексия, он был возведен в сан архиепископа именно «за успешное воссоединение румынских приходов к Московской Патриархии»[949]
.Следует отметить, что накануне и после прихода советских войск значительная часть духовенства Бессарабии и Северной Буковины — около 500 священнослужителей — уехали в Румынию, где их временно распределили по всем епархиям в качестве помощников настоятелей[950]
. Боровшиеся же ранее с румынизацией священники были поощрены. Так, например, летом 1940 г., по ходатайству верующих г. Кишинева, резолюцией Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского) протоиерей Владимир Поляков был назначен настоятелем Всехсвятской кладбищенской церкви и награжден митрой[951]. Во всех приходах был вновь введен юлианский богослужебный стиль.После начала 22 июня 1941 г. Великой Отечественной войны архиепископ Алексий (Сергеев) выпустил патриотическое воззвание к православным верующим Молдавии, призывая их «на непримиримую борьбу с врагом славян». Однако вскоре он эвакуировался в Центральную Россию и был назначен управляющим Орловской и Курской епархиями, а после занятия немцами Орла ему 14 октября 1941 г. присвоили титул архиепископа Тамбовского[952]
. В Молдавию владыка уже не вернулся. Его отъезд из Бессарабии оказался внезапным и неизвестным для местного духовенства, в связи с чем румынские власти распространяли слухи, что епископ был убит. В ходе боевых действий первых недель войны, прежде всего в результате бомбардировок немецкой авиацией, были разрушены некоторые православные храмы в Кишиневе, Бельцах и других городах, погибли сотни верующих[953].Захваченная союзными нацистской Германии румынскими войсками Молдавская ССР как единая административная единица была ликвидирована и разделена на три региона, включавшие часть территории Украины. При Бессарабском генерал-губернаторстве был создан специальный директорат просвещения и религиозных культов, а Кишиневская епархия вновь оказалась включена в состав Румынской Православной Церкви. В первый же день войны с радиообращением к молдавскому народу выступил румынский министр культов, радикально настроенный националист профессор Чебану, уходивший ранее в отставку в знак протеста против включения Бессарабии в состав СССР. Чебану заявил, что немцы и румыны идут в Бессарабию как освободители.