Торжественное венчание в Успенском соборе было важным политическим событием. Церемония подчеркивала величие Русского государства и его главы. По мнению некоторых исследователей, с этой церемонией связан публицистический памятник «Сказание о князьях Владимирских», выводивший происхождение русской княжеской династии от императора Августа. Так или иначе, эта версия отнюдь не носила характера официальной доктрины. В официальных документах эпохи нет никаких признаков подобного баснословия. В переговорах с иностранными государями Иван Васильевич неизменно выступает как наследственный глава исконно суверенного Русского государства. В апелляциях к «Августу-кесарю» он не нуждался.
Прошел год, и Москва увидела новые удивительные события. В январе 1499 г. были «пойманы» бояре князь Иван Юрьевич Патрикеев с сыновьями и его зять князь Семен Иванович Ряполовский. 5 февраля, во вторник, князю Ряполовскому «отсекоша... главу на реце на Москве, пониже мосту». Такая же участь угрожала, как утверждает летописец, и князьям Патрикеевым, но «упросил их от смертные казни митрополит Симон да владыки». Закованные в «железа», они были пострижены в монахи и разосланы по монастырям: князь Иван Юрьевич — к Троице, его сын Василий — в Кириллов монастырь на Белоозеро.
Произошел крутой поворот и в судьбе князя Василия Ивановича: он был не только выпущен из-под стражи, но и «наречен» титулом великого князя и получил «во княжение» Новгород и Псков. Освобождение и «пожалование» Василия означали второй этап династического кризиса.
Династический кризис конца 90-х гг. и опала Патрикеевых и Ряполовского привлекали внимание исследователей со времен Карамзина и Соловьева. Предлагались самые разные гипотезы. Долгое время считалось, что Дмитрия поддерживало консервативное боярство, тогда как Василий опирался на детей, боярских и дьячество. Сравнительно недавно эта точка зрения стала пересматриваться — по мнению ряда новейших исследователей, на консервативные силы (связанные с удельными традициями) опирался как раз Василий, а сторонниками Дмитрия были прогрессивные элементы феодальных верхов. Высказывались и мнения о связи событий 1497—1499 гг. с внешней политикой — отношениями с Молдавией и Литвой.
Каждая из этих гипотез имеет свои достоинства и недостатки, но их общей чертой является в значительной мере спекулятивный, умозрительный характер. Что делать — источники не всегда дают прямой ответ на вопросы исследователей.
Следует признать, что мы слишком мало знаем о событиях конца 90-х гг., чтобы делать широкие построения социально-политического характера. Например, из того более или менее достоверного факта, что в заговоре Василия в 1497 г. участвовали его дьяк и группа детей боярских, нельзя заключить, что дети боярские и дьяки как таковые, т. е. как социальная прослойка, поддерживали притязания Василия. С другой стороны, родственные связи некоторых заговорщиков с бывшими удельными дворами, установленные новейшими исследователями, тоже не могут быть достаточным аргументом для утверждения об их консервативной настроенности. До последних десятилетий XV в. служилые люди зачастую переходили (или переводились) из одного княжеского двора в другой и нередко служили попеременно удельным и великим князьям. Да и другие родственники тех же заговорщиков верно служили великому князю и ценились им.
Не менее труден вопрос об опале Патрикеевых и Ряполовского. Прежде всего не ясно, связана ли эта опала с династическим кризисом. Новейшие исследователи в этом сомневаются — о такой связи говорит только Степенная книга середины XVI в., источник поздний, публицистический и достаточно тенденциозный. Сейчас больше склоняются к мысли, что опала была связана с литовской ориентацией Патрикеевых и Ряполовского. Но опять-таки об этой ориентации нам ничего не известно. Мы знаем только, что будущие опальные участвовали в переговорах, приведших к заключению мира 1494 г., а Василий Патрикеев и Семен Ряполовский, кроме того, входили в свиту княжны Елены во время ее поездки в Вильно в 1495 г. Но в переговорах участвовали и многие другие лица (например, бояре Яков Захарьич и Борис Васильевич Кутузов, казначей Дмитрий Владимирович Ховрин, дьяк Федор Курицын и др.). В свиту Елены входили десятки людей. Из этого никак нельзя вывести заключение о каких-либо их литовских «симпатиях». Правда, в наказе 1503 г. послам в Литву, П. М. Плещееву и К. Г. Заболотскому сказано, чтобы они не «высокоумничали», как Семен Ряполовский и Василий Патрикеев, но в чем заключалось это «высокоумничанье»— остается не известным.
Князь Иван Юрьевич, двоюродный брат государя всея Руси, на протяжении сорока лет был виднейшим боярином, наместником Москвы, выполнял ответственнейшие поручения. Что он пли его сын могли сделать такого, чтобы над их головами вознесся топор палача? Ответа на этот вопрос у нас, к сожалению, нет.