В Петербурге посчитали, что тяжелое польское дело окончено. Конфедерация, как достигшая своей цели, была распущена. Русские войска вышли из Варшавы и готовились выйти из королевства, но неожиданно пришло известие о вооруженном восстании в Подолии. Главным организатором этого восстания стала французская разведка. Она не скупилась на деньги, вербуя противников политики России в Польше. Русское правительство было хорошо информировано о действиях французской разведки и предупреждало своих представителей, что смута в Польше происходит не из одного религиозного фанатизма.
Не успел Репнин заключить трактаты с сеймом о диссидентах, как Красинский, брат епископа Каменецкого, и Пулавский адвокат, захватили город Бар и подняли там знамя восстания за веру и свободу. В Галиции образовалась другая конфедерация под предводительством Потоцкого. В Люблине — третья под предводительством Рожевского. Русские войска вынуждены были перейти к вооруженной борьбе с польскими мятежниками. Не имея за собой широкой народной поддержки, конфедераты нигде не могли выдержать напора русских войск. Занятые конфедератами города Бар, Бердичев, Краков вскоре были отбиты. Мелкие шайки мятежников рассеялись по всей стране. Они захватывали казенные деньги и грабили всех без разбора. Борьба с ними приняла затяжной характер. Награбивши денег, эти шайки уходили в Венгрию или Силезию. Мятежникам с самого начала было ясно, что собственными силами им с русскими не справиться. Каменецкий епископ Красинский объезжают дворы европейских монархов, пытаясь склонить их выступить против России. Его усилия увенчались успехом. Франция и Австрия выступили в поддержку конфедератов. Турция потребовала от русского посла Обрескова обещания вывести войска из Польши. Обресков отказался выполнить это требование, и в сентябре 1768 г. Турция объявила России войну.
Огромная работа, проделанная русской дипломатией и дипломатической разведкой в Польше, оказалась напрасной. Польская проблема осталась не только не разрешенной, но еще и привела к войне. В декабре 1768 г. Н. В. Репнин был освобожден от должности посла в Варшаве и направлен в действующую армию. На его место прибыл князь M. H. Волконский, хорошо знакомый с польскими делами. Ему было предложено, сохраняя внешнее приличие по отношению к польскому правительству, продолжать вести диссидентскую политику в прежнем направлении и не допустить поляков к объединению с турками.
Для достижения поставленной цели M. Н. Волконский предложил создать новую шляхетскую партию, назвав ее «патриотической». При формировании такой конфедерации Волконский предполагал обойтись без участия короля. Основой партии должны были стать влиятельные польские вельможи, настроенные враждебно по отношению к Чарторыйским. Такую конфедерацию без короля и против короля, по мысли Волконского, можно было бы подкупить и использовать для проведения российской политики в сейме. Однако Екатерина II не поддержала идею детронизации короля. Панин в свою очередь предлагал Волконскому не форсировать события в Польше. Осторожность руководителя дипломатического ведомства в польском вопросе в этот период объяснялась тем, что Панин еще держался за свою идею «Северной системы». В письмах Волконскому Никита Иванович предлагал основную борьбу направить против Чарторыйских.
Наиболее ценную и влиятельную агентуру Волконский получил от Репнина и Панина. В числе русских агентов были примас Подоский, коронный кухмистер Понинский, Минский воевода Гюльзен, граф Флемминг, графы Гуровский, Браницкий, Мнишек и другие. Новым и совсем необычным для работы разведки стало то, что русское правительство сочло необходимым главным агентам написать личные письма с предложением связаться с Волконским и оказывать ему услуги и доверие. Так, Екатерина II писала Флеммингу. Панин писал Понинскому, Браницкому, Гюльзену и др. Все они получали деньги, подарки, должности. Даже их женам императрица присылала ценные подарки (табакерки, портреты с бриллиантами).