С первых дней войны эффективно вели разведку в Японии, Корее и Китае некоторые русские гражданские подданные, находившиеся в этих странах. Они, используя свои личные связи, привлекали к сотрудничеству с русской военной разведкой иностранцев и руководили их разведывательной деятельностью. Наиболее крупными организаторами агентурной разведки из числа русских граждан, добровольно предложивших свои услуги разведке, были: действительный статский советник А. И. Павлов, член Правления Русско-китайского банка статский советник Давыдов, российский консул в Тяньцзине коллежский советник Лаптев, консул в Чифу надворный советник Тидеман.
Русский дипломат Павлов, например, на протяжении всей войны доставлял важные разведывательные сведения о противнике благодаря обширным связям, которые он имел в Японии и Корее вследствие своей долголетней дипломатической службы на Дальнем Востоке. Павлов завербовал состоявшего при российской миссии в Сеуле корейца М. И. Кима. Киму было дано задание
Член Правления Русско-китайского банка Давыдов сообщал некоторые заслуживающие внимания сведения военного характера о противнике и выполнял отдельные специальные поручения. Главным его помощником в организации разведки был служащий Русско-китайского банка Фридберг, который получал информацию от секретаря японского военного агента в Чифу. Давыдов также посылал китайцев-разведчиков в Маньчжурию, которым поручалось
Число тайных агентов России на Дальнем Востоке постоянно увеличивалось. В документах военного ведомства они известны под именами Бале, Эшар, Колинз, Дори, Гидис и т. д. Тайные агенты прикреплялись к определенным военным атташе или дипломатам, через которых передавали информацию и получали вознаграждение. Так, например, тайный агент в Иокагаме Бале был связан с военным атташе в Тяньцзине полковником Ф. Е. Огородниковым, Дори — с атташе в Париже полковником Лазаревым и т. д.
Однако сведения, добываемые тайными агентами, освещали в основном организацию тыла японской армии. Их донесения поступали в штаб действующей армии кружным путем (через Китай или Европу) и почти всегда опаздывали. Изменения в структуру военной разведки были внесены после создания штаба главнокомандующего русскими войсками на Дальнем Востоке после поражения русской армии в 1904 г. под Ляояном. В каждой из трех сформированных на базе Маньчжурской армии новых (1-й, 2-й и 3-й) армий было сформировано разведывательное отделение штаба армии. Донесения военных агентов из-за рубежа стали теперь поступать напрямую в разведывательное отделение штаба главнокомандующего.
Формально деятельность разведывательных отделений штабов армий объединялась штабом главнокомандующего. Но на практике взаимодействие между ними было слабым и сводилось, в основном, к обмену разведывательными сводками. При этом сводки не отличались полнотой и достоверностью. В начале 1905 г. после неудачи русских в сражении под Мукденом японцам удалось захватить штабной обоз с делами разведывательного отделения. Русские агенты в Японии оказались на грани провала, и многих пришлось отозвать. В целом дальней разведке не удалось решить те задачи, которые были перед ней поставлены.