Биография князя Даниила, как, впрочем, и многих других военачальников той эпохи, может быть представлена лишь сохранившимися в источниках скупыми сведениями об их назначениях и походах. Живое лицо человека и даже степень его личного участия в военных операциях чаще всего скрыты за стеной молчания летописей. Князь Даниил впервые появляется в источниках в 1457 году, когда вместе с дядей, И. Ю. Патрикеевым, и старшим братом Иваном Булгаком он пожертвовал сельцо в Московском уезде митрополичьему дому. Есть основания думать, что отец Даниила князь В. Ю. Патрикеев умер в молодости. Вероятно, воспитанием племянника занимался его дядя — И. Ю. Патрикеев, один из виднейших московских бояр последней трети XV века.
Даниил Щеня явно не принадлежал к числу временщиков, стремительно возносившихся из безвестности и так же внезапно исчезавших во мраке застенка или "молчательной кельи" дальнего монастыря. Он шел к славе путем медленного и неприметного восхождения по лестнице собственных заслуг и достоинств. И потому мы вновь встречаем его в источниках лишь 18 лет спустя, да и то в скромной роли одного из "бояр" — в широком смысле этого слова — свиты Ивана III, сопровождавшей его во время мирного похода в Новгород в 1475 году. После этого он вновь надолго уходит в неизвестность. Лишь в 1488 году Даниил является на исторической сцене, но опять-таки в качестве второстепенной фигуры. Известно, что в числе других знатных лиц он присутствовал на приеме посла, прибывшего в Москву от императора Священной римской империи.
Однако не приходится сомневаться, что Даниил уже в молодости отличился на поле сражения. Об этом косвенно свидетельствует тот факт, что в 1489 году в свой первый отразившийся в источниках поход — на Вятку — Даниил шел уже воеводой Большого полка. Иван III знал цену своим приближенным, и столь ответственное назначение мог получить лишь человек, известный своими полководческими способностями.
Поход на Вятку был далеко не заурядным военным предприятием и имел большую предысторию. Вятская земля в силу своего удаленного и обособленного положения даже во второй половине XV века слабо подчинялась великокняжеской администрации. Московские наместники, иногда там появлявшиеся, конфликтовали с местной знатью как русского, так и удмуртско-татарского происхождения ("арскими князьями"). На Вятке царил дух новгородской вольницы, столь сильно ощущавшейся в соседнем Подвинье. Вятчане, как и новгородцы, поддерживали галицко-звенигородских князей в их борьбе с Василием Темным.
Первая попытка Василия Темного подчинить Вятку была предпринята в 1458 году и оказалась неудачной. Но уже на следующий год из Москвы было послано новое войско, которым командовал князь Иван Юрьевич Патрикеев — родной дядя Даниила Щени. Вторым воеводой был в этом походе князь С. И. Ряполовский. На стороне москвичей выступили против Вятки и устюжане.
Московские воеводы взяли вятские городки Котельнич и Орлов, осадили столицу края — Хлынов (современный город Киров). В итоге вятчане покорились Василию Темному "на всей его воле", то есть безусловно и безоговорочно. Однако, когда войска ушли, ситуация на Вятке вновь осложнилась. Местная знать разделилась на "московскую" и "антимосковскую" партии. Первая из них, поддерживая "государя всея Руси" Ивана III, высылала отряды вятчан для участия в ряде его походов — на Новгород, Пермь и Югру. В тяжелом для Москвы 1471 году вятчане совершили смелый набег на столицу Золотой Орды — Сарай. "Антимосковская" партия, напротив, выступала за полную самостоятельность Вятки. Бояре, принадлежавшие к этой группировке, были организаторами ряда набегов на северные владения великого князя. Особую опасность для Ивана III представляло сближение части вятских бояр с враждебными Москве казанскими ханами, наметившееся в середине 80-х годов.
Прочное освоение вятской земли имело для Москвы большое значение еще и потому, что этот край был богат "мягким золотом" — пушниной. Лесные богатства Вятки имели удобный выход к волжскому торговому пути по рекам Вятке и Каме. Наконец, Вятка была важна для Ивана III и в стратегическом отношении: как плацдарм для выхода "в тыл" Казанского ханства.
В 1485 году была ликвидирована независимость Тверского княжества. В 1487 году войска Ивана III осадили и взяли Казань. Там был посажен хан Мухаммед-Эмин, во всем послушный "государю всея Руси". Теперь настал час Вятки. Поводом для организации похода стало нападение вятчан на Устюг весной 1486 года. Не торопясь, но основательно, как и все свои военно-политические акции, Иван III стал готовить ответный удар, который должен был положить конец своеволию Вятки.