К участию в походе были привлечены ополченцы из северных городов и волостей — из Устюга, Каргополя, Вологды, Белоозера, из Подвинья, с Ваги, из городков и сел в бассейне Вычегды. По требованию Ивана III казанский хан Мухаммед-Эмин также послал на вятскую землю отряд своих татар. По существу, вятчане были взяты в кольцо силами москвичей и их союзников. По некоторым сведениям, общая численность войск, посланных на покорение Вятки, достигала 60 тысяч человек.
Ядром всех сил, выступивших против вятчан, была московская рать во главе с Даниилом Щеней. В документах упомянут по имени еще один воевода — Григорий Васильевич Морозов, командовавший передовым полком.
В вятском походе перед Даниилом стояла сложная задача: увязать действия самых различных по происхождению и вооружению, по степени организованности и боеспособности отрядов. Другая трудность заключалась в своеобразии "театра военных действий" — лесное бездорожье, болота, малочисленное население. Трудно поверить, что Иван III поручил общее руководство вятским походом воеводе, незнакомому с местными условиями. Возникает вопрос: когда мог Даниил побывать в вятских лесах?
Ответом на этот вопрос может послужить такое предположение: еще юношей он сопровождал дядю, И. Ю. Патрикеева, в походе на Вятку в 1459 году. Видимо, это и был первый поход будущего знаменитого воеводы.
11 июня 1489 года, в четверг — день, считавшийся в Древней Руси благоприятным для всевозможных начинаний, — князь Даниил выступил в поход на Вятку. Устрашенные многочисленностью московских полков, вятчане уклонились от сражения "в чистом поле" и затворились в стенах своей главной крепости Хлынова.
Среди осажденных было немало сторонников Москвы. Вскоре они выслали к Даниилу своих бояр с дарами и изъявлением покорности великому князю. Однако Щеня потребовал от вятчан не только ритуальною обряда — "крестоцелования" на верность Ивану III, но и выдачи его врагов из числа местной знати. После двух дней раздумий осажденные отказались выполнить последнее, самое унизительное для них требование — выдать "мятежников". Тогда Даниил велел своим воинам готовиться к штурму.
Под стенами Хлынова москвичи соорудили особые деревянные "плетни", которые при штурме следовало поджечь. Пламя с них должно было перекинуться на городские стены. Для поджога "плетней" и городских стен воины готовили факелы из смолы и бересты. Устрашенные всеми этими приготовлениями, вятчане сдались, выдав на расправу своих "мятежников".
Следуя наказам Ивана III, Даниил отправил в Москву, на суд и расправу, не только откровенных врагов "государя всея Руси", но и многих других хлыновских жителей с женами и детьми. Такова была обычная политика московских государей в покоренных землях.
1 сентября 1489 года скорбная процессия "переселенцев поневоле" двинулась из Хлынова в Москву. Одних ждала здесь мученическая смерть — вначале наказание кнутом, затем виселица; другие были испомещены в южных пограничных городках Боровске, Алексине, Кременце.
На смену высланным в Хлынове и других городах вятской земли были поселены устюжане. Повсюду утвердились представители московской администрации.
Князь Даниил недолго был на Вятке. После успешного завершения похода Иван III определил ему в виде награды почетное и, вероятно, доходное назначение: известно, что уже в феврале 1490 года он исправлял должность наместника в Юрьеве-Польском.
Три года спустя Даниил вновь отличился как воевода. Зимой 1491/92 года война с Литвой приняла особенно острый характер. В ответ на вторжение литовской рати в "верховские" — то есть расположенные в верховьях Оки княжества, Иван III в начале 1492 года отдал приказ своим воеводам начать наступление на Литву одновременно на нескольких направлениях. На верхнеокском направлении у литовцев были отбиты Серпейск и Мещовск (юго-западнее Калуги). Но самый чувствительный удар был нанесен неприятелю в конце 1492-го — начале 1493 года на западном, смоленском направлении. Здесь войско под командованием Даниила Щени и его двоюродного брата В. И. Патрикеева осадило Вязьму. Напомним, что на протяжении всего XV столетия граница между владениями великого князя Литовского и московскими землями проходила не далее чем между Можайском и Вязьмой.
Осадив Вязьму. Щеня повел дело так, что вскоре город открыл свои ворота. Жители целовали крест на верность Ивану III и тем спаслись от погрома. Местная знать — как и после взятия Хлынова — была послана в Москву. Однако на сей раз "государь" был милостив: князья Вяземские сохранили свои вотчины, но уже под верховной властью Ивана III.
Известно, что в этот же период — вероятно, уже после взятия Вязьмы Даниил Щеня был послан в Тверь, где стоял с войсками сын Ивана III Василий. Эти силы не случайно были собраны именно в Твери. Отсюда резервные полки могли при необходимости быстро подоспеть и на северо-запад, к Новгороду, и на запад, к Смоленску. В войсках, находившихся в Твери, Щеня занял главную должность воеводы Большого полка