Такая симфония светской и духовной власти согласно звучала до тех пор, пока бывшее Московское княжество не превратилось в общерусское государство. С каждым успехом в деле объединения русских земель великий князь все больше возрастал в собственном самосознании, а, став правителем громадной страны и освободившись от ига Орды, он стал по-иному смотреть не только на себя, но и на свое государство. Симфония с церковью уже отзвучала, и отныне в российском оркестре будет только один дирижер. Не давали великому князю покоя и огромные земельные владения церкви. Дело тут было не только в человеческой жадности Ивана III, но и в насущной государственной необходимости.
Разгромив новгородское ополчение и уничтожив новгородское боярство, которое было главной военной силой республики, великий князь вдруг понял, что западные рубежи его нового государства оказались незащищенными. Нужно было что-то срочно создавать взамен. Тут-то и родилась идея отобрать земли у новгородских монастырей и поместить на них детей боярских из московских и низовых земель в обмен на их военную службу. Так зародилось помещичье служилое дворянство, которое на несколько веков станет не только основой русского войска, но и главной опорой российского трона. И теперь великий князь хотел бы продолжить удачный опыт, но уже в масштабах всей страны.
Были у великого князя и личные причины для недовольства. Его все больше раздражало независимое поведение церковных иерархов. Митрополит Филипп едва не сорвал церемонию бракосочетания великого князя и греческой принцессы Зои Палеолог. Принцесса была униаткой, и Ватикан рассчитывал заполучить в ее лице своего «агента влияния» в деле подчинения Русской православной церкви папе римскому. На всем пути принцессу сопровождал облаченный в красную мантию и красные перчатки папский легат Антоний Бонумбре, перед которым несли литой серебряный «крыж», то есть латинский четырехконечный крест. Но когда поезд невесты приблизился к Москве, митрополит Филипп предупредил великого князя, что если легат Антоний с «крыжом» войдет в одни ворота, то он тут же покинет столицу через другие. Неизвестно, чем бы все кончилось, если бы не вмешалась сама невеста. Она приказала легату убрать католический крест, а затем по-тихому спровадила Антония назад в Рим. К великому разочарованию Ватикана, Зоя Палеолог сразу отказалась от униатства и перешла в православие. Она даже согласилась на перемену своего имени на Софию, поскольку имя Зоя была сочтено униатским. Скандальная ситуация разрешилась, однако между великим князем и митрополитом пробежала черная кошка.
Непросто складывались отношения Ивана III и с преемником Филиппа митрополитом Геронтием. Женившись на византийской принцессе, государь решил следовать традиции византийских василевсов, которые фактически возглавляли греческую православную церковь. На этом основании он все более бесцеремонно вмешивался в чисто церковные дела. Это явно не нравилось митрополиту, который хоть и поддерживал государя во всем, что касалось объединения русских земель, но при этом твердо соблюдал евангельский принцип: «Богу — богово, кесарю — кесарево».
Первая открытая ссора между Иваном Васильевичем и Геронтием разыгралась во время освящения Успенского собора, построенного Аристотелем Фиораванти. Когда крестный ход во главе с митрополитом стал обходить беломраморный красавец-собор, великий князь вдруг остановил процессию и приказал идти в обратную сторону — по солнцу. Возник богословский спор, причем на стороне великого князя выступил чудовский архимандрит Геннадий Гонзов. Оскорбленный Геронтий съехал со своего подворья, демонстративно оставив свой посох в Успенском соборе и пригрозив сложением сана. Великому князю пришлось униженно просить митрополита вернуться.
Все вместе это означало, что Русская православная церковь из главного союзника московского государя постепенно превратилась в его главного соперника. И теперь великий князь искал в своем окружении людей, на которых он мог опереться в этом нарастающем противостоянии. Благосклонно внимая «мудрованиям» еретиков, великий князь, надо полагать, мотал себе на ус, соображая, как приспособить их к своему государеву делу.
У Ивана Васильевича за многие годы выработалась своя тактика. Он никогда не лез на рожон, умел терпеливо ждать, когда в стане противника наметится трещина, будь это внутренняя распря или внешний конфликт. Узнав об этом через своих информаторов, он тотчас проникал в образовавшуюся брешь. Внешне это выглядело так, как будто все происходило само собой, и загранице оставалось только оторопело наблюдать за тем, как Московское государство растет как на дрожжах. Так было с Новгородом, с Тверью, с Казанским ханством, а впоследствии и с русско-литовскими землями.