1501 год — Шейбани отвоевал у Тимурида Бабура Самарканд и сделал его столицей государства Шибанидов в Мавераннахре, а заодно захватил еще ряд городов и крепостей междуречья Аму-Дарьи и Сыр-Дарьи.
1503 год, конец весны — Шейбани нанес поражение объединенным силам моголов и их союзников во главе с Махмуд-ханом, его братом Ахмад-султаном и Бабуром, разбив их на голову в бою под Ахси, у г. Архиан, захватил Ташкент, Сайрам, Шахрухийе, Ура-Тепе, Дизак и другие города и крепости Туркестана.
1504 год, весна — кочевые узбеки Восточного Дешт-и Кипчака во главе с Шибанидами завоевали Фергану, совершили поход на Хорезм.
1505 год, август — после десятимесячной осады был взят Ургенч, который защищал Чин Суфи, в качестве наместника Тимурида Султана Хусайна; особенно выдающееся участие в десятимесячной обороне города принимало туркменское племя адак. Самое подробное описание завоевания Шейбани-ханом Хорезма принадлежит перу Мухаммада Салиха, участника похода, хорезмийца по происхождению [Шейбани-наме, изд. Мелиоранского].
1506 год, 4 мая — скончался Султан Хусайн, номинальный глава Тимуридов, его сын и преемник Бади аз-Заман не сумел организовать отпор Шибанидам и осенью того же года Балх сдался Шейбани-хану.
В мае 1507 года гератское войско было разбито и, согласно современнику тех событий Хондамиру, утром в пятницу 23 мая Шейбани вошел в Герат — другую столицу Тимуридов и потребовал от простых жителей города уплаты контрибуции в 100 тыс. и отдельно от знати — 35 тысяч тенгече (сумма огромная по тем временам). Город подвергся двухдневному грабежу. Кочевые узбеки во главе с Шибанидами захватили еще несколько городов Хорасана. Шейбани-хан все лето провел в Герате и лишь осенью 1507 г. направился оттуда на зимовку в Мавераннахр.
1508 год, весна — новый поход Шибанидов на Хорасан. Последний тимуридский правитель Средней Азии Бади аз-Заман бежал на запад, в Азербайджан, и после долгих лет скитаний на чужбине, наконец, скончался в Стамбуле в 1517 году.
Так Шейбани-хан стал владетелем обширного государства, простиравшегося от Сыр-Дарьи и низовьев Аму-Дарьи до Центрального Афганистана.
Завоевание государства Тимуридов Шейбани-ханом привело к окончательному уходу потомков Абу-л-Хайр-хана с частью племен и родов Узбекского улуса с территории Восточного Дешт-и Кипчака и к перенесению термина
Известно, что при распределении Чингиз-ханом уделов своим сыновьям Семиречье, Кашгар и Мавераннахр вошли в состав владений его второго сына Чагатая (ум. в 1242 г.), а в последние годы жизни Бату (ум. в 1255 г.), главы Джучиева Улуса, Мавераннахр входил в сферу влияния Джучидов. В этой связи небезынтересно отметить, что Тимур (правил в 1370–1405 гг.), происходивший из отюреченного монгольского племени барлас и создавший свое государство на территории Мавераннахра, представлен в официальной истории Шейбани-хана как безродный узурпатор, даже имена предков которого толком неизвестны. В источнике обыгрывается имя отца Тимура — Тарагай и созвучное этому имени тюркское слово
Сам факт завоевания Шейбани-ханом государства Тимуридов в источниках шейбанидского круга обосновывается так. Мавераннахр — владение Чингизидов. Но случилось так, что эта область оказалась в руках эмира Тимура и его потомков, «совершенно вышла из повиновения потомкам Чингиз-хана и имеет намерение быть независимым и полновластным в управлении государством…». «Если некоторые области мы и отняли из рук потомков Тимур-бека, — говорил Шейбани-хан историку Ибн Рузбихану, — то не из жажды царствовать и не из-за недовольствования малой страной, а скорее в силу божественного предопределения, которое требует, чтобы наследственное владение вновь вернулось в руки нашей власти и воли» [Ибн Рузбихан, с. 95–96].
Завоевание Мавераннахра и Хорасана кочевыми узбеками Восточного Дешт-и Кипчака под главенством Шибанидов подготавливалось по мере ослабления политической и военной мощи потомков эмира Тимура. Однако немаловажную роль сыграла здесь и личность самого Шейбани-хана.