Из-за большой загруженности Вознесенского по руководству наркоматами, находящимися в его ведении, решение вопросов, связанных с войной, не было оперативным и не удовлетворяло потребностям действующей армии. Поэтому некоторыми вопросами военной экономики и базовых отраслей промышленности занимался непосредственно Государственный Комитет Обороны. А деятельность СНК была ограничена руководством наркоматами общего профиля и разработкой военно-хозяйственных планов.
В самом начале войны, с 23 по 29 июня, Госпланом был разработан «Мобилизационный народнохозяйственный план» на III квартал 1941 года, а 16 августа утвержден ГКО «Военно-хозяйственный план» на IV квартал, а также план на 1942 год по восточным районам Поволжья, Урала, Сибири и Средней Азии.
С образованием ГКО в его подчинение из состава СНК был передан ряд подразделений, и в частности, в 1942 году в состав ГКО были переданы рабочие группы:
— рабочая группа — при А. И. Микояне;
— группа боеприпасов — при Л. П. Берии;
— группа вооружения — при Л. П. Берии;
— группа авиации — при Г. М. Маленкове
— группа танков, военной химии, металлургии и др. — при В. М. Молотове.
И тем не менее в годы войны нагрузка на Совнарком не уменьшилась, а увеличилась, прежде всего, за счет внешнеторговых связей по закупке вооружений, боевой техники и других средств материально-технического обеспечения.
Только по ленд-лизу было получено из США, Великобритании и Канады орудий и минометов — 9,4 тыс., танков и САУ — 11,9 тыс., самолетов — 18,3 тыс. единиц
Необходимо было организовать переброску авиации через Аляску (авиабаза Фербенкс), Уэльнкаль, Анадырь и далее на Запад.
Другая техника, военно-техническое имущество и товары доставлялись морским путем из портов Англии в Мурманск и Архангельск, а из портов Северной Америки и Канады — в дальневосточные наши гавани.
Часть из них доставлялась комбинированным способом через Иран к нашим южным железнодорожным магистралям.
С большими трудностями была связана доставка грузов, средств ведения войны из-за обстрелов авиацией и флотом противника.
Проблем было множество, и одна из них состояла в управлении наркоматами и другими ведомствами, эвакуированными в города Заволжья, Урала, Сибири, Средней Азии.
Семьдесят с лишним наркоматов и главков, банков и других ведомств были эвакуированы более чем в 30 городов, в том числе в Горький, Куйбышев, Казань, Астрахань, Владимир, Иваново, Свердловск, Челябинск, Киров, Уфу, Чкалов, Омск, Новороссийск, Алма-Ату, Ташкент и другие.
Такая разбросанность важнейших органов экономики затрудняла управление как из Москвы, так и из Куйбышева, где размещалась временная комиссия СНК во главе с Н. А. Вознесенским. Она не имела необходимых средств связи, имеется в виду правительственных ВЧ линий, телеграфных узлов и конечных телеграфных станций на местах подразделений СНК. Даже с Москвой не хватало таких связей, использовалась служба фельдсвязи. Фельдъегеря следовали из Куйбышева в Москву и обратно на самолетах. На охрану государственной и военной тайн было задействовано большое количество личного состава, а главное, затрачивалось много времени на пересылку важных и особо важных документов.
И хотя ГКО принял решение об организации специальной линии связи и узла связи в Куйбышеве, трудности с руководством наркоматами, расположенными на периферии, так и оставались до конца эвакуации, так как на расстоянии более чем 2000 км от Куйбышева и Москвы находились ЦСУ Госплана в Томске, НК мясопрома, Наркомзем — в Омске, Наркомат торговли — в Новосибирске, Сельхозбанк — в Омске, Главное управление Севморпути — в Красноярске
Эти наркоматы и ведомства не играли первостепенной роли во время войны, но тем не менее они должны были быть в единой связи с Совнаркомом.
Еще хуже обстояло дело с взаимодействием между наркоматами. Конечно, всего не предусмотришь. И если кто-то мог тогда высказать мысль о возможности трагических событий, которые произошли в середине октября, а точнее 15 октября 1941 года, когда постановлением ГКО были эвакуированы Верховный Совет и правительство во главе с Молотовым, то такого человека могли бы расстрелять как паникера, согласно Указу Президиума Верховного Совета от 5 июля 1941 г. «Об ответственности за распространение в военное время ложных слухов, возбуждающих тревогу среди населения».