К началу Великой Отечественной войны Военно-Морской Флот СССР как важнейшая составная часть Вооруженных Сил страны представлял собой организационно сложный механизм, состоящий из четырех оперативно-стратегических объединений: Северного, Балтийского, Черноморского и Тихоокеанского флотов и трех отдельных флотилий: Амурской, Каспийской и Пинской, Дунайской 1-го формирования.
В составе флота насчитывалось более 900 боевых кораблей, в том числе 3 линейных корабля, 7 крейсеров, 54 лидера и эскадренных миноносцев, 22 сторожевых корабля, 5 канонерских лодок, 212 подводных лодок, 79 тральщиков, 272 торпедных катера, 3678 самолетов, в том числе 2773 боевых.
Большое значение придавал ГКО развитию военно-морского флота, так как он занимал положение самостоятельнного наркомата.
Но учитывая, что главные события войны развертывались на сухопутных театрах войны, ВМФ оставался как бы на втором плане.
Основными вопросами, требовавшими решения высшего государственного органа были:
— формирование отдельных флотилий и соединений;
— оперативно-стратегические перегруппировки сил флота;
— судостроение кораблей и ремонт;
— подъемно-спасательные работы;
— восстановление баз флота в завершающем периоде войны.
Основные формирования проводились попутно с созданием военных флотилий (табл. 9).
Азовская флотилия формировалась за счет судов Черноморского и Азовского пароходств. Нарком ВМФ адмирал Н. Г. Кузнецов издал директиву № 9/585 от 5 июля 1941 г., в которой требовал быть готовыми по решению правительства к образованию Азовской флотилии, с главной базой в Мариуполе и с маневренными базами в Ейске, Ахтари, Керчи, Ростове, Азове.
Задача флотилии — прикрыть плавание по Азовскому морю от авиации и мин, для чего необходимо получить суда Азовского пароходства: ледокол № 4, «Перванш», «Штурман», «Мариуполь», «Войнов»; Черноморского пароходства: «Рот Фронт», «Спартаковец».
20 июля 1941 г. появилось Постановление ГКО № 216сс
На основании этого постановления ГКО нарком ВМФ издал приказ № 00215 от 22 июля 1941 г., которым предписывалось Военному совету Черноморского флота сформировать Азовскую военную флотилию 1-го формирования. В приказе указан боевой состав флотилии, а также плавсредства. Вместо «Рот Фронта» и «Спартаковца» выделялся СКР ТЩ «Севастополь». АЗФ 2-го формирования была образована 3 февраля 1943 г. приказом № 00141 НК МФ.
Постановлением ГКО № 1211сс
После Сталинградской битвы корабли флотилии (две бригады траления) провели большую работу по разминированию русла реки Волги, а часть кораблей пошла на укомплектование Днепровской и усиление Азовской флотилий.
Дунайская флотилия была сформирована в июне 1940 года (приказ НКВ МФ № 00172 от 08.06.40 г.) во время освобождения Бессарабии и Южной Буковины. К началу войны в ее состав входили: дивизион мониторов (5 единиц), дивизион бронекатеров (22 единицы), отряд катеров-тральщиков (7 единиц), дивизия сторожевых катеров, авиаэскадрилья, 6 батарей береговой обороны, отдельный зенитный артиллерийский дивизион.
Моряки флотилии вели боевые действия на реках Дунай, Южный Буг, Днепр, у Керченского пролива. 20 ноября 1941 года после отхода войск из Крыма она была расформирована.
Второе формирование флотилии произошло в апреле 1944 г. (приказ НК ВМФ № 0088 от 13.04.44 г.). После чего она приняла участие в Ясско-Кишиневской, Белградской, Будапештской, Венской операциях. Высадила 20 тактических десантов.
Для усиления обороны на северо-востоке Ленинграда и содействия войскам Карельского фронта на основе Карельской ВМБ 7 августа 1941 г. была сформирована Онежская военная флотилия, которая подчинялась командующему морской обороной Ленинграда и Озерного района. Задача: поддержка фланга частей Красной Армии, обеспечение перевозок войск и боеприпасов и эвакуация раненых. 28 ноября 1941 г. была расформирована.
В апреле 1942 г. (приказ зам. НК ВМФ от 7.08.41 г.) на Онежском озере был сформирован отдельный Онежский отряд кораблей, преобразованный в декабре 1942 г. в Онежскую военную флотилию (приказ НК ВМФ № 00132 от 31.12.42 г., 2-е формирование).
Для защиты коммуникаций в Белом море, восточной части Баренцева моря и в Арктике в августе 1941 г. (приказ НК ВМФ № 00137 от 02.08.41 г.) была сформирована Беломорская военная флотилия. Она обороняла также проливы: Карские ворота, Югорский шар, порты и полярные станции вплоть до острова Диксон.