11 июля того же года, в день рождения Фридриха, была торжественно открыта Берлинская академия наук и Лейбниц назначен первым ее президентом. Не обошлось без новых празднеств и маскарадов. На этот раз маскарад был совсем особенный. Маркграф Христиан Людвиг изображал торговца и открыл лавочку, в которой продавал колбасу и копченый язык, маркграф Альберт танцевал на канате, граф Солмс прыгал через веревочку, один из принцев изображал фокусника. Это была настоящая балаганная пародия на версальских маркизов и пастушек. На этот раз и София Шарлотта веселилась от души, изображая докторшу, и самого Лейбница хотели нарядить астрологом, но он уперся и был очень рад, когда эту роль принял на себя граф Виттгенштейн. Лейбниц описал все это празднество немного юмористически, но с восторженными отзывами о Софии Шарлотте, и ей так понравилось это письмо, что она послала копии матери в Ганновер и герцогине Орлеанской в Версаль.
Лейбниц написал по случаю открытия академии два мемуара, в которых выставил национальное значение этого учреждения для всего немецкого мира. Не мешает заметить, что к этому времени Лейбниц значительно повернул в сторону национальных течений, стал резко восставать против «прошлогодних французских платьев» и вообще всякого рабского подражания Франции. Любопытно, что в последние годы XVII века Лейбниц все чаще пишет по-немецки, слог его постепенно освобождается от варварских латинских и французских примесей, приобретая вместе с этим мужественность и силу. Хотя свои главные сочинения он продолжает писать по-французски и по-латыни, но и одних немецких сочинений Лейбница, написанных в XVIII веке, было бы достаточно для того, чтобы составить славу крупного писателя, особенно если принять во внимание, что многие письма Лейбница стоят ученых трактатов, а из этих писем немало есть и немецких.
В своей второй записке об академии Лейбниц говорит, что новое учреждение должно быть пропитано немецким духом. Он не желает, чтобы Берлинская академия была копией Парижской. Своеобразной чертой немецкой академии должно быть, по мнению Лейбница, гармоничное сочетание теории с практикой. Наука должна быть не оторванной от жизни, но примененной к нуждам гражданского общества. Лейбниц порицает науку, основанную на простом любопытстве и жажде к знанию ради знания. Не следует, говорит он, производить бесплодные опыты, не находящие себе применений, что мы часто видим в Париже, в Лондоне и во Флоренции. В академии теория должна идти рука об руку с практикой, надо заботиться не только об искусствах и науках, но и о сельском хозяйстве, ремесле, словом – об улучшении всякого рода средств к прокормлению. У самого Лейбница дело, было соединено со словом, теория с практикой. Едва вступив на пост президента Берлинской академии, он взялся за такой чисто практический вопрос, как разведение шелковичных деревьев. Лейбниц был убежден в возможности устройства в Пруссии шелковичных плантаций и предпринял ряд опытов, впоследствии забытых и возобновленных лишь Фридрихом Великим. Чрезвычайно занимали Лейбница также вопросы практической медицины. Он был невысокого мнения о тогдашних немецких врачах (в Пруссии были почти одни военные врачи и хирурги), но следил за каждым медицинским открытием. Так, Лейбниц один из первых занялся вопросом о целебных свойствах привезенной из Америки ипекакуаны. Он энергично оспаривал известного Сталя, проповедовавшего утрированный «психический принцип» и относившийся с презрением к анатомии. Лейбниц, наоборот, считал анатомию основанием медицины. В эпоху, когда военное искусство считалось благороднейшим из всех, Лейбниц заявил, что медицинская наука выше военной, и говорил, что если бы врачи были в таком же почете, как великие полководцы, то, конечно, медицина стояла бы высоко.
Вопрос о народных школах также занимал Лейбница. В этом, как и в некоторых других случаях, его опередил бывший его учитель, иенский профессор Вейгель, который в 1696 году объехал всю Германию, изучая положение весьма жалких в то время протестантских народных школ. Вейгель, однако, не обратился к Лейбницу, на которого разгневался за то, что Лейбниц не поддержал присланного им проекта переименования созвездий по гербам владетельных домов. Через третьих лиц Лейбниц, однако, узнал о новом плане Вейгеля относительно преобразования народных школ, отнесся к этой мысли чрезвычайно сочувственно и пожалел о том, что Вейгель не обратился к нему. «Впрочем, – сказал Лейбниц, – кто меня знает только по моим изданным книгам, тот меня не знает». Вейгель в том же году умер, но Лейбниц продолжил его дело и много содействовал улучшению народного образования и в Пруссии, и в Ганновере.