По смерти отца Софии Шарлотты положение Лейбница в Ганновере значительно ухудшилось. Преемник Эрнста Августа не умел ценить философа и относился к нему как к обыкновенному придворному чиновнику и официальному историографу брауншвейгского дома. Он надоедал Лейбницу, торопя его с окончанием труда, который должен был прославить его династию. Лейбниц стал с тех пор стремиться в Берлин. Различные соображения побуждали его к этому. Со смертью Эрнста Августа отношения между Ганновером и Бранденбургом стали улучшаться. В Ганновере влияла на дела герцогиня София, в Берлине все более приобретала влияние ее дочь, София Шарлотта. Последней удалось, наконец, восторжествовать над интересами временщика Данкельмана: всесильный министр пал, и с тех пор политика Бранденбурга по отношению к Ганноверу приняла мирный характер. Лейбниц увидел в этом первый шаг к осуществлению своих новых объединительных планов. Стараясь воспользоваться удобным моментом, он написал герцогине Софии и в то же время ее дочери, предлагая себя в качестве посредника между обоими государствами. Лейбниц просил Софию устроить его тайную миссию в Берлин, куда он должен был, по его плану, постоянно приезжать будто бы с научными целями, в качестве библиотекаря, заведовавшего книгохранилищами Ганновера и Вольфенбюттеля. По обыкновению, у Лейбница при этом появились сотни планов. Главным из них был давно задуманный им проект основания немецкой академии наук. Потерпев неудачу в Вене, он теперь желал основать академию в Берлине. Лейбницу сообщили, что София Шарлотта в беседе с придворным проповедником Яблонским выразила свою радость по поводу процветания Академии художеств и в то же время сказала, что желала бы устроить в Берлине, по примеру Парижа, астрономическую обсерваторию. Лейбниц тотчас написал своей бывшей ученице восторженное письмо. «Науку я ставлю выше всего в мире, – пишет он, – но для плодотворной научной деятельности необходима правильная организация. В связи с обсерваторией необходимо поэтому основать академию наук».
Это письмо Лейбниц написал в ноябре 1697 года. С тех пор его переписка с Софией Шарлоттой прекращалась лишь на время их частых и продолжительных свиданий. Известно 164 письма, написанных с обеих сторон в течение семи лет; на самом деле их было гораздо больше, потому что муж Софии Шарлотты (с 1701 года король прусский) по смерти жены приказал сжечь всю ее корреспонденцию. Уцелело лишь то, что было сохранено Лейбницем и ее матерью, которая на несколько лет пережила дочь.
Переписка Лейбница с Софией Шарлоттой представляет лишь бледное отражение той высокой взаимной любви, которая существовала между ними. В Берлине и в Лютценбурге Лейбниц проводил нередко целые месяцы вблизи королевы; он провожал ее также в Герренгаузен к ее матери. В письмах королевы, при всей ее сдержанности, нравственной чистоте и сознании своего долга перед мужем, никогда ее не ценившим и не понимавшим, – в этих письмах постоянно прорывается сильное чувство. «Надеюсь, что Вы сюда уже мчитесь, – пишет она в одном письме. – Я ожидаю Вас с нетерпением». «Вы не можете себе представить, как я желаю Вас видеть, как я ценю беседы с Вами; я жду Вас с невообразимым нетерпением», – сказано во втором письме. Немного погодя, Лейбниц получает третье письмо уже от Пёлльниц, фрейлины и подруги королевы. «Умоляю Вас, скорее приезжайте, – пишет Пёлльниц. – Помимо того, что Ваше присутствие приятно мне, умоляю Вас как преданная слуга Ее Величества. Вы сделаете доброе дело, здесь у королевы нет живой души, с которою можно было бы перекинуться словом». Новый ганноверский курфюрст, брат Софии Шарлотты, даже иронизировал над отношением своей сестры к Лейбницу и досадовал, замечая, что королева отвлекает Лейбница от составления истории его династии. В 1703 году он пишет: «Господин Лейбниц, по которому так страдает королева, не здесь, хотя я велел устроить для него квартиру. Если его спрашивают, отчего его никак нельзя видеть, у него всегда готово извинение, что он будто бы работает над своей невидимой книгой».
У Лейбница действительно появились занятия более интересные, чем история брауншвейгского дома. Кроме забот об устройстве Берлинской академии наук, он занимался важными политическими вопросами. Когда началась война за испанское наследство, прусский король, муж Софии Шарлотты, и курфюрст брауншвейг-люнебургский, ее брат, были на стороне императора, тогда как южногерманские курфюрсты и герцоги получали субсидии от Людовика XIV и готовы были напасть на Пруссию. Необходимо было предупредить опасность поспешным соглашением между Пруссией и Брауншвейг-Люнебургом. Этот так называемый «вольфенбюттельский вопрос» был решен королевою с помощью Лейбница – король почти не вмешивался в важнейшие государственные дела.