В 1929 году молодой Шефер экстерном закончил школу в Мангейме. После этого он почти сразу же перешел в университет Гёттингена, чтобы изучать орнитологию. Во время каникул он предпочитал не отдыхать, а работать на орнитологической станции, которая располагалась на островке Меммерт. Именно здесь честолюбивый юноша познакомился с американским студентом Бруком Доланом, поставившим перед собой грандиозную цель – найти и изучить «гигантскую панду», о которой в Европе знали только по скупым сведениям.
В марте 1930 года Эрнст Шефер вместе с Доланом отправились в свою первую совместную экспедицию. Долгое время они провели в поезде, который вез их по Транссибирской магистрали. На Дальнем Востоке участники экспедиции зафрахтовали японское суденышко, на котором направились в Шанхай. Тут они столкнулись с проблемой: правительство Гоминьдана фактически не контролировало значительную часть Китая и не выдавало разрешения на выезд в центральные районы страны. В итоге нетерпеливый Шефер в сопровождении нескольких местных отправился в путь, договорившись встретиться с Доланом уже в Сычуани. Путешествие по Янцзы было очень опасным. Кораблик, на котором находился Шефер, несколько раз обстреливали. После утомительного плавания он наконец достиг Чунцина и поселился в семье, глава которой хорошо знал Шефера-старшего. Несколько недель спустя в город прибыла и остальная часть экспедиции.
Во время путешествия Эрнст Шефер удачно охотился: в зоологической коллекции экспедиции появились золотой фазан и горал. Но главное – 13 мая 1931 года он стал вторым белым человеком в мире, который смог подстрелить панду. Сохранилась фотография: Шефер запечатлен с пандой на одной руке и мертвой птицей – в другой.
После нескольких месяцев путешествий Эрнст возвратился на родину, где продолжил свое обучение в Гёттингене. Его отчет о поездке, положенный в основу небольшой книги под названием «Горы, Будда и медведи», разошелся по всей Германии, принеся молодому студенту известность.
Тем временем в Берлине к власти пришел Адольф Гитлер. Политические события не обошли стороной и Эрнста Шефера. 1 ноября 1933 года по рекомендации обер-бургомистра Гёттингена он стал кандидатом в члены СС.
В январе 1934 года Шефер получил от Брука Долана приглашение присоединиться к небольшой экспедиции, которая направлялась в Центральную Азию. Много позже Эрнст напишет об этом:
Третьим участником экспедиции должен был стать английский миссионер Дункан, который в совершенстве владел китайским и тибетским языками. Целью почти двухлетнего путешествия должно было стать исследование малоизученной горы Амне-Мачин, которая располагалась на китайско-тибетской границе, а также разведывание истоков реки Янцзы. Однако начавшаяся Японско-китайская война поставила жирный крест на планах: националистическое правительство в Нанкине отказало трем иностранцам во въезде. В итоге исследователям пришлось отказаться от посещения Тибета и попытаться добиться разрешения хотя бы на изучение Янцзы.
Несмотря на то, что между Доланом и Шефером установились дружеские связи, они взяли на себя определенные договорные обязательства. Так, например, Долан должен был первым сообщать в США обо всех открытиях, которые сделает экспедиция. Именно так произошло в случае с неизвестным видом барана, который в декабре 1934 года был обнаружен Эрнстом Шефером. Однако пальма первенства досталась Долану. И лишь по возвращении в Европу Шефер получил возможность доложить о своем открытии в научных кругах. Не исключено, что в СС знали о существовании экспедиционного договора. Ведь только так можно объяснить тот факт, что в шанхайском представительстве немецкой фирмы «AGFA», в котором трудилось немало резидентов немецких спецслужб, были сделаны дубликаты всех снимков, полученных во время экспедиции, и тут же отправлены в Германию.
В городе Джекондо, расположенном в верховьях Янцзы, губернатор, поставленный на пост нанкинским правительством, на несколько недель задержал экспедицию. Из-за этого развалилось все предприятие. Долан направился назад, чтобы получить новые разрешения и доверенности, однако к своему другу так и не вернулся. Отныне брошенный Шефер должен был сам руководить остатками экспедиции. Невзирая на трудности и опасности, он все-таки продолжил путь.