Примечательно, что с самого начала планирования экспедиции ее участники оказались прочно связанными со всевозможными расовыми теориями, столь популярными в Третьем рейхе. Кроме антропологических исследований различных этнических групп, проживающих в Тибете, Гиммлер почти сразу же вменил в обязанность Шеферу провести расовое исследование разбойничьего племени нголок. Предполагалось выявить в антропологическом типе этих кочевников признаки западно-азиатского и даже нордического влияния. По этой причине антрополог, включенный в состав экспедиции, занимался бы расовыми замерами, фотосъемкой, исследованием межплеменных, а возможно, и межрасовых отношений. После обработки собранного материала он должен был сделать соответствующие выводы о значении и развитии нордической расы в данном регионе.
В Немецком исследовательском обществе считали, что осуществить подобную программу под силу только специалисту высокого уровня. По этой причине ученые обратились к весьма неоднозначной фигуре – берлинскому профессору Ойгену Фишеру, который в период с 1927 по 1942 год занимал пост директора Института антропологии, наследственности и евгеники имени кайзера Вильгельма. Начиная с 1920-х годов этот профессор был ярым поборником так называемого «расоведения». В своей главной работе «Учение о человеческой наследственности и расовая гигиена» (1921) он требовал от государства активного вмешательства в процесс воспроизводства людей, следуя принципам излюбленной им евгеники.
После изучения рабочего плана антропологических исследований экспедиции Ойген Фишер остался очень доволен. Для него проект Шефера стал возможностью получить сведения из малоизученных земель, которые подтвердили бы его расовые теории. Более того, полученные данные позволили бы, по его мнению, выяснить развитие расовых отношений между индийцами и индо-германцами, равно как и влияние окружающей среды на процесс расового смешения.
Что касается причин интереса Генриха Гиммлера к Тибету, то трудно говорить о них в каком-то определенном ключе, но, скорее всего, они были связаны с его мистико-оккультными воззрениями. В своей автобиографии Эрнст Шефер писал, что после возвращения из второй экспедиции он неоднократно встречался с рейхсфюрером СС и тот слегка приоткрыл завесу тайны над своими планами: