В апреле Генеральный штаб вплотную приступил к разработке плана Белорусской операции. Находясь на 4-м Украинском фронте, решавшем задачи освобождения Крыма, А. М. Василевский ежедневно передавал своему заместителю А. И. Антонову соображения по плану, возможным направлениям главных ударов советских войск, оценку обстановки на лето.
Около середины апреля в Ставке состоялся первый обмен мнениями. Г. К. Жуков и А. И. Антонов считали, что главной задачей на лето 1944 года должно стать освобождение Белоруссии. Верховный Главнокомандующий, хотя и знал, что А. И. Антонов выражает мнение начальника Генерального штаба, попросил секретаря соединить его с 4-м Украинским фронтом.
— Посмотрим, что предложит Василевский, — сказал он.
— Вы не могли бы прилететь посоветоваться о плане на лето? — спросил Сталин. — А что у вас под Севастополем?.. Ну хорошо, оставайтесь, тогда пришлите лично мне свои предложения на летний период.
Это, конечно, не было формальным вниманием к мнению А. М. Василевского. В коллективном полководческом опыте, на который опиралась Ставка при оперативно-стратегическом планировании военных действий, его мнение имело первостепенное значение. Высокий профессиональный авторитет начальника Генерального штаба создавал необходимые предпосылки для успешного руководства ходом вооруженной борьбы.
Прилетев в Москву, А. М. Василевский включился в разработку плана. Еще более детально вник в него, когда оказался на вынужденном постельном режиме после аварии под Севастополем. У Верховного на совещании с командующими были рассмотрены планы операций по каждому фронту.
В окончательном виде план, получивший название «Багратион», был утвержден 30 мая. Разработанная карта и приложенные к ней краткие пояснения были подписаны заместителем начальника Генштаба А. И. Антоновым.
План был грандиозен. Он отражал не только возросшие возможности страны, армии, но и высокий уровень военного искусства советского командования. Было задумано разгромить вражескую группу армий «Центр» мощными глубокими действиями четырех фронтов. Войскам ставилась задача освободить Белоруссию, выйти к побережью Балтийского моря и к Восточной Пруссии, рассечь стратегический фронт врага. Планировалось окружить группировку противника, уничтожить отступающие войска, форсировать водные преграды.
В ходе подготовки операции А. М. Василевскому пришлось заниматься большим кругом проблем. Много внимания уделялось, как всегда, увязке плана с материальным обеспечением войск. Генштаб успешно осуществил крупную перегруппировку войск.
Как только Ставка дала директиву о наступлении в Белоруссии, А. М. Василевский сосредоточил внимание на 1-м Прибалтийском и 3-м Белорусском фронтах. Это было не случайно. Их командующие И. X. Баграмян и И. Д. Черняховский, как пишет С. М. Штеменко, еще не имели достаточного опыта организации и ведения фронтовых операций большого масштаба. Помощь представителя Верховного Главнокомандования была кстати. И. Д. Черняховский с большой радостью воспринял прибытие А. М. Василевского. 4 июня А. М. Василевский уже находился в штабе 3-го Белорусского фронта, расположенном в лесу близ города Красное на Смоленщине.
Этот последний этап его работы в войсках по заданиям Ставки характеризовался исключительной напряженностью и конкретностью. Знакомство с подготовкой войск к операции он начал с 5-й армии генерала Н. И. Крылова, которой отводилась роль ударной силы в наступлении. Проверил решение командарма, практические меры начальников родов войск. Большое внимание уделяет использованию артиллерии и увязке действий пехоты, танков, артиллерии, авиации между собой.
Затем представитель Верховного Главнокомандования отправляется в штаб 1-го Прибалтийского фронта и в его 43-ю армию. Ее командующий генерал А. П. Белобородов вспоминает, что прибыл он под фамилией Васильев. Афанасий Павлантьевич интересно описал внешность Александра Михайловича: одет в комбинезон, скрывающий погоны, «статный, с открытым лицом, проницательными глазами». Начальник Генерального штаба ознакомился с ходом перегруппировки, сосредоточения войск, с боевой подготовкой, решением командарма о наступлении. Интересовался бытом войск, встречался с солдатами и офицерами, спрашивал, регулярно ли получают горячую пищу, письма, газеты, книги. Тут же ставил перед командованием армии задачи по устранению недостатков в организации фронтового быта солдат.
В 6-й гвардейской армии А. М. Василевский детально изучал оборону противника. Соблюдая требования военной тайны, он вместе с И. X. Баграмяном приехал в 154-ю гвардейскую дивизию под видом комиссии. Возглавлял ее командующий генерал И. М. Чистяков. А. М. Василевский и И. X. Баграмян были рядовыми членами. «Комиссия» составила акт, в котором отмечалась в целом высокая боеготовность личного состава. В то же время указывалось на плохие подъездные пути, отсутствие запасных позиций и т. д.