Вооруженные отряды, поддерживавшие Раббани, во главе с Масудом закрепились в своих традиционных районах. Талибы, овладев стратегической инициативой, попытались их оттуда выбить. В этот момент Ахмад Шах проявил себя зрелым военачальником: перегруппировав силы, заключив союз с Дустомом и хазарейцами против экспансии пуштунов, нанес контрудар и остановил продвижение талибов. Хазарейцы выступили с явно антиталибских позиций, обвинив своих противников в геноциде против них. Руководство исмаилитов-хазарейцев тоже вошло в антиталибский альянс. Российское руководство, рассматривая успехи талибов как угрозу для своих интересов в Средней Азии, установило связи с бывшими противниками — афганскими моджахедами во главе с Ахмад Шахом. Россия стала представлять «Северному альянсу» военно-техническую помощь, инициировала антиталибские санкции в ООН, а также оказывала другую поддержку Масуду.
В течение зимы–весны 1997 года бои носили очаговый характер, велись с переменным успехом. Обстановка в ИГА резко обострилась 19 мая 1997 года в результате вооруженного мятежа на севере страны, поднятого под руководством начальника управления по международным связям Национального исламского движения Афганистана (НИДА) генерала Абдул Малика Пахлавана против лидера этого движения Абдул Рашида Дустома. Войска Малика открыли талибам западный фронт в провинциях Бадгис и Фарьяб, вынудив к капитуляции формирования, верные генералу Дустому. Малик подло нарушил кодекс чести горцев, арестовав гостившего у него в доме бывшего губернатора Герата Исмаил-хана (позже ему с большим трудом удалось бежать из тюрмы в Кандагаре).
24 мая отряды Малика заняли Мазари-Шариф. Воспользо-вавшись этим, вооруженные отряды ИДТ развернули широкомасштабное наступление, захватив северные провинции Фарьяб, Джаузджан, Балх и Кундуз. Поддержку генералу Малику оказали отряды партии НИДА, контролирующие стратегически важный перевал Саланг. Это сделало возможным переброску через Саланг в город Мазари-Шариф крупного формирования талибов численностью до 3 тысяч бойцов во главе с командующим северным фронтом движения Талибан муллой Абдул Раззеком и министром иностранных дел в правительстве талибов муллой Гоусом. Дустом вынужден был бежать из страны через Узбекистан в Турцию.
Падение режима генерала Дустома на севере Афганистана в результате мятежа генерала Малика фактически поставило под сомнение существование антиталибской коалиции, созданной осенью 1996 года. Для Афганистана переход узбекской общины на сторону движения Талибан не выглядел чем-то необычным. В условиях гражданской войны в Афганистане смена союзников была обычным явлением. Союзы в гражданской войне, как правило, носят временный характер, когда каждая сторона руководствуется своими сиюминутными интересами.