Президент ИГА Бурхануддин Раббани перебрался в таджикский Куляб и обратился к руководству Таджикистана с просьбой о создании на таджикской территории афганского правительства в изгнании. Но ему в этом было отказано.
25 мая талибы вошли в Мазари-Шариф, но при попытке разоружить отряды Абдул Малика Пахлавана и силой установить жесткий исламский порядок в северных провинциях, формирования НИДА, восставшее местное узбекское население, увидевшее в талибах завоевателей-пуштунов, несущих исламский радикализм и межэтническую рознь, нанесли поражения отрядам ИДТ и вынудили их уйти из захваченных провинций.
Буквально через три дня в результате ответных действий 27–28 мая отрядам ИДТ было нанесено поражение, освобождены провинции Кундуз, Балх, Джаузджан и Фарьяб. В ходе боев талибы понесли потери: 1500 убитых, около 3000 человек захвачены в плен, в том числе командующий вооруженными формированиями ИДТ моулави Абдул Раззек, командующий гератской группировкой ИДТ мулла Абдул Вахид, а также граждане Пакистана. В последующие дни вооруженные формирования НИДА овладели Бадгизом и частично Гератом, придя на помощь восставшему населению провинций.
На кабульском направлении отряды талибов сделали попытку продвинуться на север через перевал Саланг, но были атакованы отрядами Ахмад Шаха и, понеся большие потери, были остановлены. Крупная группировка талибов, переброшенная ранее через Саланг для наведения порядка в северных провинциях, попала в окружение возле Пули-Хумри. Ахмад Шах перехитрил талибов, специально пропустив их через перевал, а затем отрезал пути снабжения, изолировав эту группу от основных сил, и разгромил ее по частям.
Формирования Масуда под командованием генерала Мухам-мада Фахима и лидера исмаилитов Саида Мухаммада Надери после захвата Пули-Хумри преследовали оставшиеся разрозненные отряды талибов в направлении Баглана и Кундуза. Часть группировки талибов сдалась в плен полевому командиру Баширу (ИПА), а остальные во взаимодействии с вооруженными отрядами проталибовской ориентации захватили аэродром и город Кундуз.
Вооруженные отряды Ахмад Шаха Масуда, удерживая Панджшерское ущелье и главный перевал Саланг, захватили важные административные центры Махмудраки, Джабаль-ус-Сирадж, Чарикар, а также авиабазу «Баграм». В последующем они также овладели районами Тагар и Ниджраб, а затем и Суруби, перерезав тем самым стратегически важную магистраль Кабул – Джелалабад. Талибы, получив подкрепление из Пакистана, восстановили свой контроль над магистралью. Но вскоре Масуду опять удалось овладеть Суруби. К тому же вооруженные отряды бывшего губернатора Нангархара Кадыра, выступающего на стороне антиталибовской коалиции, взяли под контроль участок магистрали Джелалабад – Пешавар, овладели Норангом. Масуд работал на износ. Вспоминает Фахим Дашти: