Однако в начале сентября 1997 года неустойчивое равновесие в Афганистане оказалось нарушено. Изолированный на севере страны отряд движения Талибан начал наступление с захваченного ранее плацдарма в провинции Кундуз в направлении на Мазари-Шариф. 8 сентября талибы захватили город Ташкурган в провинции Саманган всего в 50 километрах от Мазари-Шарифа. Отрядам движения Талибан с помощью перешедших на их сторону местных пуштунов удалось окружить Мазари-Шариф. При этом немаловажную роль сыграл этнический фактор, приобретший доминирующее значение во внутриафганском противостоянии. Полевые командиры пуштуны в провинциях Саманган, Балх и вокруг Мазари-Шарифа в массовом порядке стали переходить на сторону движения Талибан. Фактор пуштунского национализма получил практическую реализацию в ходе событий на севере.
Руководители антиталибской коалиции создали Совет обороны и активизировали боевые действия с целью освобождения захваченных талибами населенных пунктов на севере страны. С целью оказать поддержку своим союзникам на севере, Ахмад Шах атаковал плацдарм талибов в провинции Кундуз с юга из провинции Тахар. Однако военные возможности Масуда были не безграничны. Он держал фронт против талибов под Кабулом и на востоке страны в провинциях Лагман и Кунар. Соответственно выделить серьезные дополнительные формирования для военных операций на севере Масуд был явно не в состоянии. Ситуация приобрела угрожающий характер для антиталибского альянса. Все успехи Ахмад Шаха и достигнутые летом 1997 года результаты оказались потерянными. В середине сентября талибам удалось захватить Хайратон, вытеснив оттуда части 70-й пехотной дивизии. 12 сентября из Турции вернулся Дустом. Авиация талибов 13–17 сентября перебросила туда около трех тысяч боевиков. В то же время в Кабул из Пакистана прибыли 1100 пакистанских военнослужащих. Формирования ИПА взяли под контроль магистраль Мазари-Шариф – Шибарган.
Лидеры ОНОФА провели ряд совещаний в Пули-Хумри и Кулябе (в том числе с участием президента Республики Таджикистан Имомалли Рахмонова, министра безопасности Хухуроева) по преодолению разногласий и выработке совместной линии на продолжение борьбы. Было принято решение, что пост председателя НИДА останется за Абдул Маликом Пахлаваном, а вернувшийся в Афганистан Абдул Рашид Дустом станет его заместителем.