К концу сентября подразделения ОНОФА овладели частью прибрежной зоны термезской излучины Амударьи, но Хайратон по-прежнему оставался в руках талибов. В Мазари-Шариф поступали значительные партии боеприпасов, материально-технических средств из Ирана, руководство которого официально заявило о поддержке антиталибской коалиции...
В начале октября от талибов полностью была освобождена провинция Балх, взяты в плен около тысячи человек, воевавших на их стороне. Причем боевики - граждане Афганистана расстреливались на месте, а пленные пакистанцы отправлялись в специальные лагеря. Жестокие бои развернулись в районах Кундуза, Хайратона, Ташкургана и на кабульском направлении. Подразделения правительственных войск начали теснить талибов, а ряд пуштунских племен, первоначально поддерживавших их, прекратили участие в боевых действиях. Антиталибские выступления отмечались даже в Кандагаре. В итоге правительственным войскам удалось освободить Кундуз и Хайратон, талибов стали изгонять из северных провинций. Руководство ОНОФА возложило ответственность на генерала Абдул Малика за поражение правительственных сил в сентябре–октябре в районах Мазари-Шарифа и Хайратона. Его обвинили в расколе руководства ОНОФА, предательстве интересов движения. Абдул Малик Пахлаван сначала отошел в Фарьяб, а затем вынужден был покинуть северные провинции Афганистана. Генерал Дустом быстро восстановил свое положение в НИДА, обосновался в Шибаргане, а в Мазари-Шарифе усилились позиции хазарейцев.
Возвращение генерала Дустома и появление узбекских формирований на фронте в очередной раз изменили расстановку сил на севере Афганистана. Талибы не имели возможности оказать широкомасштабную поддержку своей северной группировке. Изолированная на севере группировка талибов и местных пуштунов располагала только одной коммуникационной линией — аэропортом в городе Кундуз. Возможности транспортной авиации талибов все же были весьма ограниченны. Соответственно попытка талибов воспользоваться разногласиями в антиталибской оппозиции между узбеками и шиитами закончилась в целом неудачно. Талибы фактически вернулись на исходные позиции в провинции Кундуз, откуда они в то же время продолжали создавать угрозу с тыла как войскам Ахмад Шаха Масуда под Кабулом, так и Дустому и шиитам-хазарейцам в Мазари-Шарифе. Формирования Ахмад Шаха Масуда сохранили свои позиции к северу от Кабула на расстоянии 20–25 километров от столицы Афганистана и теоретически имели возможность для штурма.